او در پاسخ به سوالی مبنی بر این که آیا فرهادی پیشنهاداتی به اعضای کمیسیون داده که رای آنها را جذب کند گفت: من دراین باره اطلاعی ندارم به هر حال شاید این دوستان احساس کردند که مدیران وزارت علوم باید با نظر آنها انتخاب شود و این افراد اطمینان پیدا کرده‌اند که افراد مورد نظر خود را بر وزارت علوم به کار بگمارند،‌لابد چنین چیزی بوده که مجلس موضوع فتنه را مطرح نکرده است.

مطهری درپاسخ به سوالی درباره احتمال توافق نمایندگان و فرهادی بر روی موضوع بورسیه‌ها نیز عنوان کرد: من در جریان موضوع بورسیه ‌ها و روند بررسی آنها درآینده نیستم.

نماینده مردم تهران در مجلس در ارزیابی خود از مسیر وزارت علوم با حضور فرهادی گفت: فکر می‌کنم تنش در دانشگاهها کمتر خواهد شد و رایی که امروز مجلس داد یک گام به جلو بود یعنی نقطه مثبت از این جهت که معلوم شد مجلس یا بالاخره از این که فتنه خط قرمز ماست عبور کرده و یا این که برداشت درستی از این موضوع دارد.

مطهری ادامه داد: از این به بعد مجلس نامه‌نگاری و اعتراض به ظلمی که در آن ایام شده را فتنه تلقی نمی‌کند که این نقطه مثبتی است و باید از مجلس برای این گام به جلو تقدیر کرد در واقع یک گام از تندروی و افراطی گری به دور شده‌اند.

مطهری در پاسخ به سوال دیگری مبنی بر این که گفته می‌شود فرهادی به خاطر این که رای نمایندگان را داشته باشد، نامه‌ای را که در سال 88 امضاء کرده بود انکار کرد گفت: این که وی این نامه را نوشته شکی در آن نیست و اگر گفته که من امضاء نکردم یا خبری نداشتم طبق برخوردی که به موارد قبلی شد مجلس نباید سخنان وی را می‌پذیرفت چون قبلیَ‌ها نیز گفتند ما خبر نداشتیم اما مجلس گفت شما باید همان موقع آن را تکذیب می‌کردید.

وی گفت: اما این بار به راحتی حرف فرهادی را پذیرفتند که این نشان دهنده تناقض است ولی من آن را به فال نیک می‌گیرم. چون یک گام از افراطی گری دور شده‌اند، من این موضوع را فتنه گری نمی‌دانم بلکه نقطه مثبتی است که در اعتراض به ظلمی، نامه‌ای امضاء یا تحصن کرد.