عضو مجلس خبرگان رهبری در این همایش که با حضور استادان، علما و دانشجویان دانشگاه علوم اسلامی رضوی برگزار شد، به تاریخچه فتنه در تاریخ اسلام پرداخت .
وی ابتدا به بررسی تاریخ فتنه هایی که در طول دو قرن اخیر رخ داده است و نیز 25 ساله صدر اسلام پس از رحلت پیامبر(ص) اشاره کرد .
آیت الله خاتمی در ادامه به فتنه‌های ناکسین، مارقین، قاسطین، غلاط، زیدیه، ناقوسیه، فتحیه، اسماعیلیه، بنی عباس و واقفیه اشاره کرد.
وی همچنین به فتنه سامری در زمان حضرت موسی الرضا(ع) پرداخت که مطابق آیه 90 سوره طه هارون نام آن جریان را فتنه گذاشت؛ جریانی که لباس حق بر آن پوشانیده شد.
امام جمعه موقت تهران سپس به  شباهت فتنه‌های عصر ما با فتنه‌های صدر اسلام پرداخت و گفت: فتنه واقفیه شامل کسانی بود که روزی از خواص پیامبر(ص) بودند و روزی دیگر در صف مقابل و از دشمنان ولایت به شمار آمدند.
وی افزود: نقطه مشترک تمامی این فتنه‌ها در افتادن با ولایت است، چنانکه حوادث صدر اسلام همه موجب کنار زدن حضرت علی(ع) از خلافت بود  و روح و محتوای فتنه 88 نیز در افتادن با اصل نظام ولایت بود.
آیت الله خاتمی اظهار داشت : یک تحول بنیادین در حال شکل گرفتن است و تا پس از انتخابات هم ادامه خواهد داشت.  
وی  که در جمع روحانیون و دانشجویان علوم اسلامی رضوی سخن می‌گفت، بیان داشت: واقعیت این است که اگر درایت هوشمندانه رهبر معظم انقلاب و همراهی مردم نبود، اوضاع کشور ما نیز مانند کشورهای آشوب زده دیگر می‌شد .
 عضو هیأت رئیسه مجلس خبرگان رهبری تصریح کرد: تمام حرف‌های ما جز ادای دین و تکلیف نیست و مهم ماندگاری این انقلاب است. نهضتی که با خون 200 هزار شهید آبیاری شده است و اگر قاطعیت رهبری نبود، معاندان در فکر ایجاد ارتباط با دشمن بودند.
 وی سپس به نکته دوم ویژگی مشترک فتنه‌ها پرداخت و گفت: در تمام این جریان‌ها در طول تاریخ سردمداران فتنه از خواص رهبر پیشین بودند، کسانی که به رهبر پیشین عشق می‌ورزیدند و از خواص بودند .
خطیب جمعه تهران در ادامه، شعار القای شبهه و شعار تقلب در انتخابات را یکی دیگر از مصادیق فتنه گران برشمرد.
آیت الله خاتمی، منزوی کردن اهل فتنه را یکی از عوامل مهم خاموش نگاه داشتن فتنه دانست و گفت: شایسته نیست به آنان پست‌های کلیدی داده شود و یا از آنان حمایت شود.
عضو مجلس خبرگان رهبری اظهار داشت: در فتنه‌ها چراغ راه، حجت شرعی است، حجت شرعی فقط ملاک است و جز ولایت و پیروی از آن نیست.
وی با بیان اینکه روحانیت اسیر هیچ دسته و جناحی نیست، افزود: مراقب فتنه‌های بعدی باشیم و تا فتنه‌گران گرد و غبارشان را دارند، ما باید بیدار و بابصیرت باشیم .