ممکن است اشکال شود که در نهایت، «اعتبار» و «حجیت» گزاره‌های علوم انسانی اسلامی نیز باید به تأیید «تجربه» (یا عقل) برسد تا علم انگاشته شود، پس چه تفاوتی میان «علوم انسانی اسلامی» و «علوم انسانی سکولار» وجود خواهد داشت، جز اینکه علوم انسانی اسلامی در مقام «گردآوری» از «دین» بهره گرفته و در مقام «داوری» به اقتضائات و قواعد علوم انسانی سکولار تن‌ داده است؟ بویژه اگر توجه کنیم که مقام «گردآوری» یا «فرضیه پردازی»، مقوم علم نیست و اهمیت و منزلتی ندارد. این سخن با آنچه نگارنده در بحث مقومات ممیزات علوم انسانی اسلامی مطرح کرده است، تضاد دارد. اولاً، نگارنده مدخلیت اسلام در علوم انسانی را به مقام «گردآوری» خلاصه نکرده است، بلکه شؤون دیگری نیز برای آن قایل شده که آن‌ها نقش عمده را از نظر تکون بخشی و ماهیت زدایی بر عهده دارند. ثانیاً، آدمی می‌تواند (گاهی می‌باید) برای پذیرش اسلام به «استدلال عقلی» (برهان) رو آورد و «مدعیات اصلی دین» را به این واسطه بپذیرد، اما پس از این مرحله، حجیت «مدعیات فرعی دین» مستقلاً محرز و نیازی به مؤیدات بیرونی ندارند. پیمودن چنین مسیری برای انسان غیرمسلمان نیز ممکن و میسر است و ازاین رو، انحصاری یا شخصی نیست. ثالثاً، گزاره‌های صرفاً «نقلی» (دینی) علوم انسانی اسلامی مستقلاً برای انسان مسلمان اعتبار و حجیت دارند و نیازی به برخورداری از مؤیدات تجربی یا عقلی ندارند.
 رابعاً، چنانچه فردی تسلیم دعاوی اسلام نشد و ادله‌ تجربی یا عقلی طلبید، از آنجا که گزاره‌های اسلامی از عالم واقع حکایت می‌کنند و به سبب استناد به «وحی»، کمترین خدشه‌ای بر آن‌ها وارد نیست (به شرط صحت سند و قطعیت دلالت)، می‌توان آن‌ها را به‌واسطه شواهد «تجربی» یا «عقلی» نیز آزمون و تأیید کرد. در اینجا گام دوم (سنجش و اثبات گزاره‌های اسلامی بر اساس شواهد تجربی یا عقلی) به معنی دست کشیدن از «اعتبار استقلالی و ذاتی متون دینی» نیست، بلکه به منظور مطرح کردن ادله و استناداتی فراتر از مفروضات ایدئولوژیک (دینی) ما برای طرف مقابل است، در واقع، این گام دوم را باید «داوری دوم» خواند نه «گردآوری».
به عبارت دیگر، مباحث انسانی موجود در متن دین اسلام برای انسان مسلمان حجیت و اعتبار دارند و محتاج اقامه‌ استدلال یا ارجاع به شواهد تجربی نیستند؛ زیرا لازمه مسلمانی، باور و اعتقاد به حقانیت و صدق همین گزاره‌های دینی است، اما چنانچه انسان بخواهد از منظر برون دینی به این گزاره‌ها بنگرد و آن را با محک عقل و تجربه بسنجد، با مسیر بسته ای روبه‌رو نخواهد شد؛ زیرا اسلام مدعی است که چون از عالم نفس الامر حکایت می‌کند و با آن مطابقت کامل دارد، با یافته‌ها و دستاوردهای قطعی عقل و تجربه -که ابزارهای شناخت و تحصیل معرفت نسبت به واقعیت‌های خارجی‌اند- همسویی و انطباق دارند. بنابراین، این گزاره را که «ترک امر به معروف و نهی از منکر، موجب فروپاشی نظم اجتماعی می‌گردد»، اولاً، می‌توان به‌واسطه اینکه یک گزاره دینی است، حق و صادق انگاشت و پذیرفت. ثانیاً، می‌توان برای آن استدلال عقلی (ذهنی) اقامه و یا مؤیدات و شواهد تجربی (عینی) عرضه کرد. البته باز هم تأکید می‌کنم که در اینجا ملاک صدق گزاره‌های دینیِ فرعی از قبیل اجتماعیات، برخورداری از حمایت عقل یا تجربه نیست، بلکه خطاناپذیریِ وحی الهی است که ارزش معرفت شناختی آن -به شرط صحت سند و قطعیت دلالت- مطلق و فراتر از عقل و تجربه است.
اینکه غربی‌ها این روش شناسی [مبتنی بر استفاده از تجربه، عقل و وحی است] را نمی‌پذیرند، به این معنا نیست که ما حق نداریم از آن استفاده کنیم، بلکه دستکم می‌تواند با یک اعتبار داخلی برای خودمان معتبر باشد. ما در مقام یک مسلمان گاهی لازم است حکم اسلام را درباره برخی از مسائل بدانیم و این حکم برای ما معتبر است، چه آن‌ها آن را علم بدانند و یا ندانند. ما طبق اصطلاح خود، آن را علم و علم اسلامی ‌می‌دانیم و معتقدیم دایره دلایل علم اسلامی و روش‌شناسی آن گسترده‌تر [از علم غربی] است (مصباح یزدی، درباره پژوهش ص 94).
نکته دیگر آن است که چه‌بسا در آینده‌ای نه چندان دور، جهان اسلام بتواند در سایه بازسازی و احیای تمدن اسلامی دوباره در سطح جهانی سیطره فرهنگی یابد و به این واسطه زمینه اجتماعی برای پذیرش اصول موضوعه علوم انسانی اسلامی پدید آید:
بعدها اگر بتوانیم سیطره فرهنگیمان را در دنیا گسترش دهیم و هویت علمی خود را بیشتر اثبات کنیم، دنیا هم [رویکرد روش شناختی علوم انسانی اسلامی را] خواهد پذیرفت. عدم پذیرش کنونی، معلول ضعفی است که در سایه تسلط چند قرن بیگانگان بر فرهنگ جوامع اسلامی به دنبال تسلط سیاسی و اقتصادی در هویت ملی ما به وجود آمده است (همان: 97).