متن نامه چنین است:
 بسم‌الله الرحمن الرحیم
سردبیر محترم روزنامه جمهوری اسلامی
سلام علیکم
احتراماً جهت روشن شدن اذهان عمومی و جلوگیری از بعضی تحریف حقایق و حوادث تاریخی که اخیراً رواج پیدا کرده است مطالب زیر را بعرض می‌رساند:
1. اخیراً در روزنامه کیهان و هفته نامه پرتو سخن مطالب مجعولی در رابطه با محاکمه و یا صدور حکم اعدام فرزندان حضرت آیت‌الله محمدی گیلانی توسط معظم له و اقدام برای اجرای آن بدست خود ایشان درج گردیده که صرفنظر از ساختگی بودن آن، اهانت بزرگی به این عالم وارسته و معلم اخلاق که همواره مظهر عطوفت و مهربانی و هدایت و ارشاد متهمین در مسند قضا بوده‌اند می‌باشد.

حضرت آیت‌الله محمدی گیلانی دارای سه فرزند ذکور بوده‌اند که ارشد آنها مرحوم محمدجعفر در سال 1358 بر اثر تصادف و عفونت بیمارستانی دارفانی را وداع گفتند.

دو فرزند دیگر ایشان که از هواداران سازمان منافقین بودند بعد از قضایای سال 1360 و اعلان جنگ مسلحانه توسط آن سازمان، منزل پدری را ترک و به زندگی در خانه‌های تیمی پناه بردند و سرانجام موقع فرار از کشور در استان آذربایجان غربی دچار حادثه شده و از ترس شناسائی و دستگیری با خوردن قرص سیانور به زندگی خود خاتمه دادند و کارشان به دستگیری و محاکمه نرسید.

2. در طول تاریخ اسلام، علما و بزرگانی بوده‌اند که به عللی فرزندان و اقوام آنها دچار انحرافات فکری و عقیدتی شده و حتی عنوان مرتد به خود گرفته ولی پدران آنها جز ارشاد و نصیحت اقدام دیگری حتی بصورت تنبیه و تعزیر جزئی در مورد آنها نداشته‌اند و این روش و سیره همه علماء ربانی بوده است.

3. در میان انبیاء عظام الهی و ائمه اطهار سلام‌الله علیهم نیز مواردی بوده که همسر و یا فرزند آنها مثل فرزند حضرت نوح و یا جعفر کذاب از مسیر حق منحرف و در صف مخالفین قرار گرفتند ولی هیچگاه آن پیامبر و یا امام معصوم اقدام حادی در مورد آنها نداشتند که سرمشقی برای شیعیان و پیروان آنها باشد.

4. آقایان و بزرگانی که با شخصیت آیت‌الله محمدی گیلانی آشنائی دارند به خوبی می‌دانند که این عالم بزرگ و عارف الهی همواره از قلبی رئوف و مهربان و سلم برخوردار بوده‌اند و در محاکم انقلاب اسلامی قبل از اجراء حکم در مقام ارشاد و هدایت و نجات انسانهائی بر می‌آمدند که قابلیت هدایت و برخورداری از رأفت و رحمت اسلامی داشتند.

و بسیارند افرادی از وابستگان به گروهک‌های منحرف که با ارشاد ایشان توبه کرده و به دامن ملت بازگشته‌اند.

اینجانب شخصاً موارد زیادی را شاهد بوده‌ام که در مورد مجرمینی که مستحق تخفیف مجازات یا عفو و بخشش بوده‌اند مستقیماً معظم له از محضر مقدس حضرت امام قدس سره الشریف برای آنها درخواست عفو می‌کرده‌اند.

چگونه تصور می‌شود انسانی فقیه و عارف و واجد سجایای اخلاقی درصدد کشتن فرزندان خود بر آید آنهم به صرف هواداری از سازمان منحرفی بدون آنکه دستش به خون بیگناهی آغشته شده باشد و یا در عملیات نظامی شرکت کرده باشد؟ و اصولاً مگر همه هواداران منافقین که دستگیر می‌شده‌اند به اعدام محکوم می‌شدند که بر فرض دستگیری این فرزندان، اینها نیز محکوم به اعدام شوند؟

5. کلام آخر اینکه چه لزومی دارد برای بعض اهداف سیاسی چهره مهربان و عطوف بزرگان حوزه که همیشه موجب جذب جوانان به اسلام ناب محمدی(ص) و هدایت آنها بوده‌اند را خشن و زشت‌تر از شمر و نادر و مغول معرفی کنیم.!
5/7/1391
حسینعلی نیری