یکی از اثرگذارترین مراجع تقلید در نیمه دوم قرن بیستم، هم پُرمقلدترین مرجع دوران خودش است و هم زندگی و پرونده مرجعیت‌اش، مملو از موضع گیری‌های ضد استبدادی و ضد استکباری است. با این همه، بیشترین شبهات تاریخی درباره مراجع مختلف نیز پیرامون شخصیت او شکل گرفته است.
دلیل اینکه شبهات و شایعات تا این اندازه، زندگی و شخصیت یک مرجع بلند مرتبه را محاصره می‌کنند و گاه آن را در لایه‌ای از ابهام‌های تاریخی می‌پیچند، بیش از همه به شرایط و اوضاع خاص سیاسی و اجتماعی در عراق و ایران و البته به مرام و منش سیاسی وی بر می‌گردد. بنابراین توقع داشته باشید که بخش زیادی از این گزارش، به جای اینکه به صورت مستقیم گزارش از شخص «آیت‌الله خویی» باشد، گزارش از موارد دیگری از کار در آمده باشد!

■ از «خوی» تا «نجف»
برخی‌ها اگرچه سعی کرده‌اند برای «آیت الله خویی» منش«سیاست گریزی» و پرهیز از دخالت در مسائل‌ حکومتی و سیاسی بتراشند اما نتوانسته‌اند این مرام و خُلق و خوی تراشیده شده را، خصیصه‌ای ارثی یا آموختنی از خانواده‌اش قلمداد کنند. یعنی وقتی «سید ابوالقاسم» در سال 1278 در شهر «خوی» به دنیا می‌آید، پدرش «سید علی اکبر خویی» از روحانیان بنام منطقه و از شاگردان «شیخ عبدالله مامقانی» و خیلی هم حساس به اوضاع سیاسی و اجتماعی ایران آن روزگار است.
«سید علی اکبر» در سال 1288 به دلیل مخالفت با مشروطه‌ای که معتقد است از مسیر اصلی منحرف و غیرمشروعه شده است، راهی «نجف» می‌شود. نوجوان آذربایجانی که علوم مقدماتی را در زادگاهش خوانده بود، دو سال بعد یعنی در 13 سالگی همراه برادر راهی نجف می‌شود و به پدر می‌پیوندد.
6 سال در مرحله نخست و 14 سال در مراحل بعدی، شاگردی علما و استادان بزرگ حوزه نجف را می‌کند و به اجتهاد می‌رسد. در این سال‌ها علاوه بر حکمت، فلسفه،کلام، تفسیر، فن مناظره، فقه و اصول و...، ریاضیات، حساب استدلالی، هندسه فضایی و مسطحه و جبر را نزد سید ابوالقاسم خوانساری (میر صغیر) فرا می‌گیرد. 

■ 70 سال تدریس
شاگردی عارف بزرگ «آیت‌الله سید علی قاضی» را هم کرده است. اگرچه برخی منابع نوشته‌اند پس از اینکه مدتی به درس «آیت‌الله قاضی» رفت، با مخالفت پدر روبه‌رو شد و در نهایت قید درس عرفان را زد.
سایت «ویکی شیعه» می‌نویسد: «آغاز مرجعیت آیت‌الله خویی به روشنی مشخص نیست، اما بسیاری از منابع، آغاز جدی مرجعیت او را پس از درگذشت آیت‌الله بروجردی دانسته و تأکید کرده‌اند که پس از درگذشت آیت‌الله حکیم، خویی بخصوص در عراق، مرجع برتر شناخته می‌شد و جایگاه مرجعیت او در میان شیعیان ایران هم مهم گزارش شده است. آیت‌الله خویی، از جمله مراجعی دانسته شده که در میان بیشتر شیعیان، اعم از عرب و غیرعرب، نفوذ چشمگیری داشته است.
14 نفر از مجتهدان نجف و سید موسی صدر از سوی مجلس اعلای اسلامی شیعیان لبنان، او را مرجع اعلم معرفی کرده‌اند... پس از درگذشت «میرزا محمد رضا کاظمی خراسانی» مجلس درس آیت‌الله خویی، برترین و پرجمعیت‌ترین حوزه درسی نجف معرفی شده است... او در مجموع 70 سال به تدریس دروس سطح و خارج در حوزه نجف پرداخته و بر اساس منابع، نزدیک 50 سال، مهم‌ترین مجلس درسی حوزه علمیه نجف را عهده‌دار بوده است.

■ ابزار رهبری سیاسی
مهندس «سید موسی خویی» نوه «آیت الله خویی» است که کارشناس مسائل‌ سیاسی عراق و جهان تشیع هم به حساب می‌آید. او بیشتر از 40 سال در کنار پدر بزرگش زندگی کرده است و شاید بهتر از هرکسی بتواند به شبهات پیرامون منش سیاسی آیت‌الله خویی و اینکه چرا از سال 57 برای 10 سال دور سیاست را خط گرفت، پاسخ بدهد. بخشی از سخنانش را بخوانید: «ایشان در سن ۱۴ سالگی به عراق رفته‌اند؛ یعنی زمان قیام علمای عراق علیه انگلیسی‌ها ایشان در حدود 20 سال داشتند...کم‌سن و سال و جوان بوده و در آن زمان آشنایی با شرایط سیاسی مقداری زمان‌بر بود... زمان بیشتری لازم بود تا بتوانند وارد فعالیت سیاسی در نجف شوند. البته پدرشان فعالیت سیاسی داشت و در قضایای گوهرشاد، رضاشاه ایشان را از مشهد تبعید کرد... دانش‌اندوزی و تلاش سرسختانه برای فراگیری علوم بخصوص علوم دینی، شاخص روشن حیات برکت‌بار ایشان بود. دائماً مشغول مطالعه و تحصیل بودند... معتقد بودند که رهبری سیاسی و ممارست‌های روزانه در امور سیاسی نیاز به ابزارهای مطمئن و کارآزموده در میدان سیاست دارد و این امر جزو چشمداشت‌های حوزه‌ها نبوده است. اما ایشان در ۱۵ خرداد در سطح وسیعی در قیام مردمی شرکت کردند. بیانیه‌های مختلفی علیه حکومت پهلوی صادر کردند و با اشاره به خطر فزاینده نفوذ صهیونیسم و بهائیت، حکومت پهلوی را تهدید به مجازات کردند».

■ نامه‌های انتقادی
اعتقاد به اینکه «رهبری سیاسی» نیاز به ابزارهای مطمئن و کار آزموده دارد خیلی فرق می‌کند با اینکه برخی‌ها تلاش داشته و دارند که او را «سیاست گریز» کامل قلمداد کنند. نه تنها نوه‌اش – مهندس خویی – بلکه دیگر منابع و اسناد هم نشان می‌دهد آغاز فعالیت‌ها و موضع‌گیری‌های محکم سیاسی آیت الله خویی به سال 1341 بر می‌گردد. وقتی در اعتراض به تصویب لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی به آیت الله بهبهانی نامه می‌نویسد و سپس نامه دوم را مستقیماً برای پهلوی دوم ارسال می‌کند: «… صدور بعضی از قوانین که تقلید بیگانگان در آن‌ها آشکار و مخالف قوانین اسلام و قانون اساسی می‌باشد از نظر اکثریت قریب به اتفاق ملت ایران فاقد ارزش است… امید است شخص اول مملکت از مقدسات اسلامی که از یک کشور مسلمان به ودیعه دارند نهایت درجه نگهداری را نموده و آرامش قلوب مسلمانان را تأمین نمایند». 
در نامه سوم هم می‌نویسد: «… به اولیای امور تذکر دهید که اینگونه اعمال بیش از پیش موجب تشنج مملکت و ناراحتی افراد خواهد شد و در صورتی که جمعی بتوانند با قوه قهریه صدای ملت را خاموش نمایند مدت آن طولانی نخواهد بود...».

■ هشدار به شاه و دولت
در ماجرای حمله به مدرسه فیضیه قم نیز آیت الله خویی همراه دیگر علما و مراجع موضع‌گیری محکمی علیه رژیم دارد.به جز نامه‌ای که برای امام(ره) می‌نویسد، نامه این بارش به شاه صراحت بیشتری دارد و زبان انتقاد هم تیزتر است: «… بسیار جای تأسف و تأثر است که سقوط و انحطاط مملکت اسلامی و یگانه مرکز تشیع به جایی برسد که زمامداران آن آلت و وسیله انجام مقاصد شوم آنان گردند. ما چندی قبل مفاسد تصویب‌نامه شوم و جعلی قوانین برخلاف مقررات اسلامی را تذکر داده و اعلام خطر نمودیم. با این حال شاه با کمال جدیّت از آن قوانین دفاع کرده...». 
به جز این به 24 نفر از علمای ایران درباره وضع موجود نامه می‌نویسد و در پایان نامه به رژیم هشدار می‌دهد:«اگر این‌گونه رفتارها ادامه یابد، علما به وظیفه خود عمل خواهند کرد... چنانچه از این قوانین رفع ید نشود آخرین وظیفه خود را انجام خواهیم داد و مسئول حوادث، شخص شاه و هیئت دولت خواهند بود».

■ دمیدن در کوره اختلاف
ماجرای دیدار «فرح»، اهدای انگشتری به شاه در سال 57، دیدار با صدام حسین و اختلاف نظر با امام(ره) از جمله شبهاتی است که تا مدت‌ها موجب جنجال پیرامون شخصیت او می‌شود و گاه کار را تا درگیری میان موافقان و مخالفانش در ایران و عراق پیش می‌برد. شواهد نشان می‌دهد بزرگنمایی بسیاری از این اتفاقات و همچنین دمیدن در کوره اختلاف با امام(ره) از یک سو به ساواک و عواملش و از سوی دیگر به نوعی توافق میان حکومت ایران و عراق برای از بین بردن محبوبیت و جایگاه آیت‌الله خویی میان شیعیان دو کشور دارد. رژیم صدام بابت انتفاضه شعبانیه از آیت‌الله خویی دل پری دارد و از همین بابت او را تبعید کرده و در فشار گذاشته و حکومت پهلوی نیز تلاش دارد با سوءاستفاده از اختلاف نظر میان او و امام(ره)، کار خودش را پیش ببرد. دیدار «فرح» با آیت‌الله خویی با هماهنگی رژیم صدام و بدون دعوت بیت آیت الله، انجام می‌شود و شایعه انگشتر عقیق هم بعدها ساخته و پرداخته و از سوی آیت الله تکذیب می‌شود. در واقع رژیم ایران در مقابل موج مخالفت مراجع و علما سعی دارد آیت الله خویی را موافق اقدامات خود نشان دهد.

■ چه کسی به شاه انگشتر عقیق داد؟
اختلاف نظر در برخی مسائل‌ با امام(ره) شایعه نیست. این را هم ناگفته می‌دانید آیت الله خویی و امام خمینی(ره) نخستین مراجعی نیستند که در برخی مسائل‌ با هم اختلاف نظر داشتند.
این اختلاف را نمی‌توان دشمنی یا حتی قبول نداشتن یکدیگر تلقی کرد. کمک آیت الله خویی به آزادی امام در سال 1341، دیدار این دو در نجف، اینکه امام(ره) نمازخواندن بر پیکر فرزندش – سید مصطفی– را به عهده آیت الله خویی می‌گذارد و... نشان دهنده رابطه‌ای محترمانه میان دو مرجع تقلید در ایران و عراق است. البته در میان طرفداران هر دو، باندهایی وجود دارند که سعی در تخریب این رابطه و سیاه نمایی دارند. نمونه‌اش نامه‌ای است که نشان می‌داد شاه از اهدای انگشتر توسط آیت‌الله خویی تشکر کرده است، اما جعل شدن آن توسط باند «مهدی هاشمی» بعدها افشا می‌شود. 
وقتی امام در سال 1360 در یک سخنرانی از کسانی انتقاد می‌کنند که به شاه نامه نوشته و به او انگشتر هدیه داده‌اند، خیلی‌ها این را به حساب کنایه به آیت الله خویی گذاشتند در حالی که منظور امام فردی به نام «شیخ بهاالدین نوری» بود.