زنده یاد نادر ابراهیمی نویسنده در این کتاب کوشیده ابعاد مختلف شخصیتی ایشان را در قالب داستان روایت‌ کند. دوران کودکی امام و شکل‌گیری شخصیت وی در دامن پر مهر مادر و صاحبه خانم (عمه ایشان). فصل اول کتاب سه دیدار با نام «نخستین دیدار»، به نوعی پیش‌درآمد داستان است.

«دیدار دوم: ذرات خاطره در هوا معلق نخواهد ماند» فصل بعدی کتاب است که ابراهیمی طی آن، برش‌هایی از کودکی‌های امام را روایت می‌کند. «دیدار سوم: این شیخ را نگین کنید!» ماجرای دیدار امام است با آیت‌الله مدرس. ابراهیمی در فصل چهارم دیداری رویا گونه را شرح می‌دهد که بین یک پیر و مریدش روی می‌دهد. فصل پنجم، رجعتی است به کودکی‌های امام تا از آن جا نقبی بزند به گذشته‌های دور و ماجرای مبارزات آقا سید مصطفی  پدر امام را شرح دهد.

در همین فصل، نویسنده به گذشته‌های دورتر هم می‌رود و زندگانی و پیشینه اجداد و نیاکان امام را شرح می‌دهد. فصل ششم کتاب، روایتی است از بیرون افکندن همسر رضا خان و زنان درباری از آستانه حضرت معصومه (س) به رهبری امام. ابراهیمی در ادامه باز هم روایتی شاعرانه به دست می‌دهد از دیدار یک پیر با مریدانش. فصل بعدی کتاب، شرحی است بر درماندگی و آوارگی آنان که پدر امام را به شهادت رساندند. نویسنده آن‌گاه به فصلی می‌رسد که با ازدواج امام پایان می‌یابد. فصل آخر کتاب، بین شعر و نثر در نوسان است و روایتی است از عاشقانه‌های امتی با امامش.

جلد دوم سه دیدار به خاطراتی از پدر امام خمینی در زندان شاهی و شهادت وی در آنجا در ایام قبل از تولد امام «روح‌ الله»، استفاده از افکار و سخنان عمه «صاحبه خانم»، دوران مبارزه در جوانی، حضور با برادر جهت‌ تحصیل علوم حوزوی... می‌پردازد.

عنوان فرعی جلد دوم «در میانه میدان» است. نادر ابراهیمی اگر در جلد نخست بیشتر به کودکی و نیاکان «امام خمینی (ره)» عنایت داشت، در این جلد، رهبر فقید انقلاب را در میانه میدان سیاست و حوادث روزگار به تصویر کشیده است. البته در این جا هم بخشی به کودکی و نوجوانی امام اختصاص می‌ یابد؛ اما از فصل‌های کلیدی کتاب، دیدارهایی است که بین امام خمینی با آیت‌الله کاشانی و آیت‌الله بروجردی روی می‌دهد. دیدار امام و محمدرضا شاه نیز از بخش‌های خواندنی کتاب است.

ابراهیمی با آنکه در این کتاب، حوادث سیاسی مهمی، چون بیست و هشت مرداد ۳۲ و محاکمه مصدق را با بیانی دراماتیک و قصوی روایت می‌کند؛ اما از نوشتن در باب زندگی شخصی و احوالات امام نیز غافل نمی‌ماند تا اثری چند وجهی، دلچسب و البته مستند درباره منش و زیست رهبر انقلاب اسلامی فراهم کند. از جمله این اتفاقات، بیماری وبایی است که در زادگاه امام می‌آید و نیز رفتن برادران ایشان به اصفهان و تنها ماندن روح‌الله نوجوان.

ابراهیمی از ورای همه این رویدادهای گاه بسیار تلخ، چهره مردی بزرگ را ترسیم می‌کند که با صبوری و استقامت مومنانه‌ای از هر ورطه دشواری می‌گذرد. سپس پا به پای رهبر انقلاب، عقربه‌های زمان را به عقب‌تر می‌کشد تا برسد به نماز خواندن روح‌الله در ده سالگی. اما بعد دوباره زمان را به جلو می‌برد و امام خمینی را زیر درخت سیبی در نوفل‌لوشاتو به تصویر می‌کشد که در حال اقامه عارفانه نماز است. «در میانه میدان» با تصویری کوتاه، اما جانکاه از ارتحال بنیانگذار انقلاب به پایان می‌رسد.

نادر ابراهیمی در مقدمه کتاب می‌نویسد: من داستان می‌نویسم، تاریخ نمی‌نویسم. تاریخ‌های بسیاری قبل از من نوشته شده است و هم‌زمان با من و بعد از من نیز نوشته می‌شود و خواهد شد؛ امّا داستان فقط یک‌بار نوشته می‌شود؛ فقط یک‌بار. آن‌ها که واقعیت را می‌خواهند نه حقیقت را، و طالبِ واقعیات تاریخی هستند نه حقایق انسانی، می‌توانند بی‌دغدغه خاطر، به بهترین تاریخ‌ها مراجعه کنند.

وی در زمان حیاتش و پس از انتشار این کتاب و واکنش‌های متفاوتی که نسبت به آن ارائه می‌شود در چند مصاحبه به تشریح علل نگارش این کتاب می‌پردازد. در یکی از این گفتگوها  وی عنوان می‌کند: در باب قهرمان زنده نوشتن دل می‌خواهد، آن هم قهرمانی همچون امام خمینی(ره). در سال ۵۷ نوشتن کتاب کوچکی را درباره ایشان آغاز کردم به نام «دیدار با مردی که از فراسوی باور ما می‌آید» و هنوز تمام نکرده بودم که انقلاب به پیروزی رسید و کار را رها کردم. چند سال پیش حجت‌الاسلام زم، مرا به تجدید خاطره با این کتاب وادار کرد.

این نویسنده همچنین گفته است: به هر حال امام را دوست داشتم و باور داشتم و هنوز هم دارم و در تاریخ ایران هیچ کسی را نمی‌شناسم که همتا و همپای امام باشد. البته من پیش از سه دیدار، مردی در تبعید ابدی را نوشتم. آن داستان ـ همان مردی در تبعید ابدی را می‌گویم ـ مرا به قدر کافی خرد و خمیر کرد چرا که مصمم بودم به ادراکی از فلسفه ملاصدرا برسم و ساختمان داستان را بر اساس همان ادراک فلسفی بنا کنم. در این راه سختی‌های بسیاری کشیدم؛ به هر حال پس از آن که «مردی در تبعید ابدی» تمام شد قدری شفا یافتم و بر آن شدم که تا زنده‌ام، آرام آرام روی همین گروه از شخصیت‌های میهنم کار کنم؛ یعنی شخصیت‌های فلسفی، ‌ مذهبی که اسباب فخر فرهنگ ملی ما هستند. پس از مُلاصدرا متمرکز شدم روی شیخ اشراق که از جوانی به دلایلی با او انس و الفتی داشتم، ولی تا خودم را جمع کردم که خیز بردارم طرف شیخ اشراق، آقای زم، ‌ چنانکه گفتم، به من گفت که روی زندگی حضرت امام(ره) کار کنم که کاری است کارستان. به راستی خطر کردنی بود، غریب، و من هنوز مست اینم که قدمی در این راه برداشته‌ام یا خیر، فقط خیال می‌بافم و خواب می‌بینم که دو جلد از این داستان‌ِ ویران‌کننده را پیش رو دارم و هیچ نمی‌دانم که چند جلد دیگر خواهم نوشت.

ابراهیمی همچنین در مورد منابعی هم که برای نگارش این کتاب در اختیار داشته، عنوان کرده است: باید بگویم کار تحقیقات مقدماتی با من نبوده است، سوال کرده‌ام، آن گروه خوب و شریف و بی‌ادعا پاسخ داده‌اند. این طور که به رو به رویم نگاه می‌کنم و سر انگشتی می‌شمارم حدود یکصد و سی جلد کتاب در اختیار من گذاشته‌اند و کوهی از برگه‌ها و یادداشت‌ها که چون جلوی چشمم نیستند، نمی‌بینمشان ... یک بار باز هم سر انگشتی حساب کردم، بیش از پنجاه هزار صفحه در این باب خوانده‌ام...

سه دیدار با چنین پیشینه‌ای یادگاری شد از نویسنده‌ای که خود نیز این روزها با مخاطبانش از فراسوی باورشان به صحبت می‌نشیند گاه از دریچه چهل نامه عاشقانه، گاه با شهری که بار دیگر باید دوستش داشت و گاه با مردی از فراسوی باور ما.