در مظلومیت امام مجتبی(ع) همین بس که برخی از نزدیک‌ترین سرداران ایشان مانند عبیدالله بن عباس، خود را به ۷۰ هزار درهم فروختند و به نیروهای دشمن پیوستند. در حالی که امام(ع) مردم کوفه را به جهاد علیه شامیان فرا می‌خواند و آن‌ها را میان جهاد با عزت و تسلیم با ذلت مخیّر می‌کرد، کوفیان بر طبل خستگی و وادادگی می‌کوفتند و با بهانه‌های مختلف، از همراهی امام مجتبی(ع) خودداری می‌کردند. 
نیاز شیعیان به «جهاد تبیین»
هرچند که شیعیان و دوستداران امام مجتبی(ع) در اقلیت بودند، اما همچنان شیعیان دلسوخته متعددی در اطراف آن حضرت حضور داشت و اصولاً یکی از دلایل پذیرش صلح، نجات جان همین اقلیت مؤمن بود. با این حال، بسیاری از آن‌ها دلیل اصلی صلح را نمی‌دانستند. همین امر سبب شد سؤال بزرگی در ذهن آن‌ها ایجاد شود و حتی لب به اعتراض بگشایند. این اعتراضات از همان زمان انعقاد صلح آغاز شد و تا چند سال بعد هم، ادامه یافت. مورخان در این مدت، نام برخی از شیعیان را در کوفه و مدینه ذکر کرده‌اند که در برابر امام مجتبی(ع) به مخالفت و اعتراض برخاستند و ماجرای صلح را یک شکست قطعی تلقی کردند؛ افرادی مانند حجر بن عدی، قیس بن سعد، سلیمان بن صُرد خزاعی، مالک بن ضمره، جابر بن عبدالله انصاری، محمد بن بُشر هَمْدانی و عدی بن حاتم طایی. بنابراین، مسئولیت امام(ع)، برای تبیین ماجرای پیش آمده و نجات دادن مؤمنان از گرداب شبهات که بیم آن می‌رفت هر لحظه در آن غرق شوند، بسیار سنگین و البته، دشوار بود. از طرف دیگر، تبیین دلایل صلح و نیز تلاش برای رسوا کردن حکومت معاویه و امویان، بخش دیگری از جهاد تبیین امام مجتبی(ع) را تشکیل می‌داد؛ رویکردی که برای آشکار کردن حقیقت در جامعه و بیدار کردن ذهن مسلمانان، ضرورت داشت.
روش‌های تبیینی امام مجتبی(ع)
امام(ع) در مسیر «جهاد تبیین» از چند روش مختلف بهره برد. نخستین گام در مسیر جهاد تبیین، گنجاندن بندهایی در متن صلح‌نامه با معاویه بود؛ مفادی مانند به خلافت رسیدن امام حسن یا امام حسین(ع) بعد از مرگ معاویه، خودداری حکومت اموی از سبّ امیرمؤمنان(ع) و حفظ جان و مال شیعیان و افرادی که در رکاب امام علی(ع) و امام مجتبی(ع) جنگیده و شمشیر زده‌بودند. معاویه، بلافاصله بعد از انعقاد صلح و در سفری که به کوفه داشت، رسماً اعلام کرد: «من برای نماز و روزه با شما نمی‌جنگیدم. هدف من، حکومت بر شما بود.

آگاه باشید عهدنامه‌ای که با حسن بستم، اینک زیر پای من است!». با شکسته شدن عهدنامه از سوی معاویه، امام حسن(ع) این فرصت طلایی را بدست آورد با وجود رفتارهای تبلیغاتی و پیچیده معاویه که امر را بر بسیاری از مسلمانان مشتبه کرده‌بود، ماهیت اصلی حکومت اموی را برملا سازد و این مسئله، نقش مهمی در بیداری عموم مسلمانان داشت.

از سوی دیگر، امام(ع) در مسیر «جهاد تبیین»، اقدامات عملی و مهم دیگری را نیز برای نشان دادن موضع خود نسبت به معاویه و همچنین، اعلام به رسمیت نشناختن حکومت وی انجام داد. به عنوان نمونه، هنگامی که تصمیم گرفت از کوفه به سمت مدینه حرکت کند، از معاویه به وی پیغام رسید که خوب است قبل از رفتن به مدینه، فرماندهی سپاهی را بپذیرد و به جنگ خوارج برود. پاسخ آن حضرت به درخواست معاویه، بسیار زیرکانه و دقیق بود : «ما برای این تن به صلح دادیم که دیگر خونِ مسلمانان ریخته نشود». عدم پذیرش درخواست معاویه، به شیعیان و همه مسلمانان نشان داد آنچه موجب پذیرش صلح از سوی امام حسن(ع) شد، ناشی از تغییر موضع آن‌حضرت نسبت به حکومت امویان نبود، بلکه در پی کاهلی و سستی جبهه خودی و عدم همراهی مردم عراق با امام(ع)، رقم خورد و آن حضرت، به ناچار تن به این مسئله داده‌است. رویکرد دیگر امام مجتبی(ع) در مسیر جهاد تبیین، تلاش برای بیدار کردن ذهن شیعیان خاص و افرادی بود که در میان جماعت شیعه، از جایگاه ویژه‌ای برخوردار بودند. در این عرصه، گفت‌وگوهای علنی و سرّی بسیاری انجام گرفت. افرادی مانند حجر بن عدی، در خلال همین گفت‌وگوها به اصل ماجرا پی بردند و شک و شبهه خود را برطرف ساختند و این امر، نقش بسیار مهمی در تداوم فعالیت شیعیان خاص و تقویت جایگاه جبهه حق داشت که بعدها و در جریان قیام‌های متعدد علیه حکومت جائر اموی، نمود پیدا کرد.