تعداد پرندگان مهاجر زمستان در سال‌هایی که تالاب گاوخونی پرآب بود و وضعیت نرمال داشت، به ‌طور میانگین ۲۰ هزار قطعه بود و حتی در اوایل دهه ۷۰ به ۱۵۰ هزار قطعه نیز رسید.
تالاب گاوخونی اصفهان مهم‌ترین تالاب در فلات مرکزی ایران است که تا دو دهه پیش از منبع اصلی و دائمی خود یعنی رودخانه زاینده‌رود تأمین می‌شد البته سیلاب‌ها و زیرحوضه‌های فصلی و موقت دیگری نیز در تغذیه این تالاب نقش داشته‌اند اما سهم آن‌ها کمتر از ۱۰ درصد بوده است.
تالاب گاوخونی در سال ۱۳۵۴ در فهرست تالاب‌های بین‌المللی کنوانسیون رامسر قرار گرفت و از این منظر رسیدگی دائمی به شرایط آن اهمیت جهانی دارد اما تصاویر ماهواره‌ای از اوایل دهه ۸۰ روند کم‌آبی این تالاب اکولوژیک را نمایان کرد.
در حال حاضر ۹۵ درصد تالاب گاوخونی خشک است. زندگی ۴۲ گونه گیاهی، ۱۶ گونه خزنده، ۱۵ گونه ماهی و ۳۴ گونه پرنده به‌صورت مستقیم و غیرمستقیم در گرو سلامت گاوخونی است.
حداقل نیاز آبی سالانه تالاب گاوخونی بر اساس مطالعات دانشگاهی ۱۷۶ میلیون مترمکعب است. در ۲۰ سال پیش که آب در تالاب جریان داشت، بیش از ۱۵۰ هزار قطعه پرنده سرشماری شده بود.  
پرندگان آبزی و کنارآبزی، حواصیل، مرغابی، فلامینگو و بیش از ۲۵ گونه پرنده در این تالاب وجود داشت، اما به دلیل اینکه آب زاینده‌رود به گاوخونی نرسید ۹۵ درصد آن خشک شده است.
قهر فلامینگوها 
همه ساله با فرا رسیدن فصل بهار تعداد بسیاری از فلامینگوها برای لانه‌گزینی و زادآوری به سمت این تالاب کوچ می‌کنند اما متأسفانه بهار امسال زادآوری فلامینگوهایی که در تالاب گاوخونی فرود آمده بودند، به دلیل استمرار نداشتن جریان آب در این پهنه، به ثمر نرسید.
اگر چه دوستداران محیط زیست و حیات وحش برای راضی کردن مسئولان وزارت نیرو با هدف رهاسازی چند میلیون مترمکعب آب به سوی گاوخونی و نجات پرندگانی که به این تالاب پناه آورده بودند تلاش کردند اما هیچ آبی به آن اختصاص داده نشد و تلاش حدود ۳۰۰ قطعه فلامینگو برای لانه‌گزینی و زادآوری در این تالاب به سرانجام نرسید!
متأسفانه به دلیل استمرار نداشتن جریان آب در گاوخونی و علاوه بر آن، افزایش وزش باد و قدرت تبخیر آب در دو ماه اخیر فلامینگوهایی که به سمت تالاب آمده بودند، دچار خسارت شدند و این پهنه را به مقصد دیگری ترک کردند.
قهر پرندگان
رئیس اداره حفاظت و مدیریت حیات وحش موزه تاریخ طبیعی و ذخایر ژنتیکی استان اصفهان در خصوص تبعات خشکسالی زاینده‌رود و تالاب گاوخونی اذعان می‌کند: ممکن است وقتی پرندگان در زیستگاه بخصوصی با یک خشکی روبه‌رو شوند، تصمیم به مهاجرت بگیرند و دیگر هرگز به آنجا بازنگردند.
مریم امیدی درخصوص اکوسیستم پرندگان، اظهار می‌کند: نه ‌تنها پرندگان بلکه تمامی زیستمندان و گونه‌های جانوری و گیاهی، حلقه‌های حیات هستند و به یکدیگر وابسته‌اند حذف هر گونه‌ای از اکوسیستم تأثیرات جبران‌ناپذیری بر محیط ‌زیست می‌گذارد. برای نمونه اگر در اکوسیستمی پرندگان شکاری از بین بروند، تعداد جوندگان زیاد می‌شود.
وی با تأکید بر تأمل در این نکته که جوندگان عامل انواع بیماری‌ها هستند، یادآور می‌شود: همین جوندگان می‌توانند بیماری سالک را به انسان منتقل کنند، حتی آفت محصولات کشاورزی محسوب می‌شوند. بی‌تردید «تعادل» اصلی حیاتی است و هر گونه کاهش یا افزایش گونه‌ها تأثیر و پیامدهای خاص خود را دارد.
امیدی در ادامه خاطرنشان می‌کند: حذف پرندگان گاهی به ‌علت خشک ‌شدن محیط زیستشان رخ می‌دهد.
 ممکن است وقتی پرندگان در زیستگاه بخصوصی با یک خشکی روبه‌رو شوند، تصمیم به مهاجرت بگیرند و دیگر هرگز به آنجا بازنگردند. وقتی یک پرنده به زیستگاه بخصوصی بازنمی‌گردد، یعنی این زیستگاه ناپایدار و از دست‌ رفته است. هر چه این تنوع زیستی از دست برود و نظم چرخه اکوسیستم بر هم بخورد، خود انسان هم ضرر می‌کند.
‌ زیستگاه‌ ناپایدار 
امیدی می‌گوید: هم ‌اکنون در ایران با کاهش نزولات جوی روبه‌رو هستیم. در واقع کشوری هستیم که درگیر تنش آبی بوده و بسیاری از پوشش‌های گیاهی از دست رفته است. ‌ در حالی که برخی از آن‌ها زیستگاه‌ گونه‌های مختلف از جمله پرندگان هستند. تالاب بین‌المللی گاوخونی و رودخانه زاینده‌رود از نمونه‌های‌ بارز آن است که حقابه آن به‌ علت کم‌آبی تأمین نمی‌شود.
او با اشاره به علل از بین رفتن زیستگاه‌ها تصریح می‌کند: یکی از دلایل خشکی به تغییر اقلیم و دیگری به سوءمدیریت و برداشت‌های نادرست از طبیعت و منابع آبی مربوط می‌شود. بهره‌برداری‌ بی‌رویه، خشکی‌ها را حاد و تنش را بیشتر کرده است.
وی اظهار می‌کند: از جمله عللی که موجب می‌شود پرندگان در فصل مهاجرت خود، از این اقدام خودداری کنند، استفاده از سموم برای محصولات کشاورزی، نورپردازی‌های متعدد در پارک‌ها و آلودگی صوتی است.  
پرندگان در چنین وضعیتی احساس ناامنی می‌کنند. این نبود امنیت می‌تواند بر زاد و ولدشان تأثیر بگذارد.
امیدی با اشاره به اینکه با از بین رفتن یک زیستگاه، منابع غذایی آن هم از دست می‌رود، اضافه می‌کند: همین تأمین ‌نشدن غذا نقش مهمی در بازنگشتن پرندگان دارد. شکار غیرمجاز نیز سبب شده پرندگان از گردونه چرخه حیات خارج شوند و در معرض خطر انقراض باشند.