گفته می‌شود گورهای موجود در این محل در اصل مکانی برای جمع‌آوری آب باران بوده‌اند و به نوعی یکی از قدیمی‌ترین سیستم‌های جمع‌آوری آب شیرین به حساب می‌آیند.
در این مجموعه انواع گورهای متعلق به ادیان گوناگون وجود دارد که نشان‌دهنده آزادی اندیشه و تنوع فرهنگی در این منطقه بوده است.
رد پای ساسانیان
پیشینه گورستان صخره‌ای سیراف به دوره ساسانیان و اوایل دوره اسلامی در ایران بازمی‌گردد.
گورهای سیراف در ۶بخش مختلف از دره پراکنده شده‌اند و تعداد آن‌ها به حدی بالاست که قابل شمارش نیستند. در این گورستان علاوه بر گورهای مستطیل شکل که محل دفن استخوان‌های مرده‌ها بوده‌اند (استودان)، گوردخمه، چاه‌های آب و برج‌های سنگی بلند که به برج خاموش مشهورند نیز دیده می‌شود. طبق بررسی‌های انجام شده گورها تفاوت‌های عمده‌ای با هم دارند و هر کدام به شیوه یک دین ساخته شده‌اند، به همین دلیل باستان‌شناسان به این مجموعه «گور تمدن‌ها» نیز می‌گویند.
گور تمدن‌ها
مقصود از گور تمدن‌ها منظره کلی است که از گورستان باستانی سیراف می‌بینید، مجموعه‌ای از گورهای مستطیل شکل که در دل کوه به دست انسان کنده شده‌اند.
نکته مهم درباره قبرها، جهت ساخت آن‌هاست. بیشتر قبرها در جهت شرق به غرب ساخته شده‌اند که خارج از قاعده دین اسلام برای ساخت قبر است و همین امر نشان می‌دهد به احتمال بسیار زیاد این گورها متعلق به زرتشتیانی بوده که مرده‌های خود در آن‌ها قرار می‌دادند. زرتشتیان به احتمال زیاد مرده‌ها را در فضایی باز قرار می‌داده‌اند تا گوشت آن‌ها توسط حیوانات تجزیه شود، سپس استخوان‌های مرده را داخل استودان‌هایی که به صورت عمودی در دل کوه کنده شده بوده قرار می‌دادند که تاکنون نیز برخی از این استخوان‌ها باقی مانده‌اند.
برای شکل‌دهی منظم‌تر گورها از ملات ساروج استفاده شده و همین امر موجب شده طی زلزله‌های قدرتمندی که در طول تاریخ در سیراف اتفاق افتاده، هیچ ‌کدام از گورها آسیب نبینند.
وجود ساروج در گورها این احتمال را قوی می‌کند که قبرها در اصل گودال‌هایی برای جمع‌آوری آب بوده‌اند و بعدها به دلیل حوادث پیش آمده در شهر مثل زلزله و یا طاعون و نیاز به دفن تعداد بالای مردگان، کاربری اولیه خود را از دست داده‌اند.
سنگ قبرهای دوره اسلامی
در ابتدای ورود به منطقه‌ای که قبرهای دوره اسلامی در آن وجود دارد تابلو سبز رنگی مشاهده می‌کنیم که روی آن چنین نوشته شده‌ است: زیباترین آثار به جا مانده از دوره اسلامی سیراف سنگ قبرهای تابوتی شکل است که با خط کوفی به‌طور برجسته حک شده و گاهی کلماتی با آیاتی از قرآن مجید و نام صاحب قبر را در بر دارد.
نظریه وجود خانه سالمندان
طبق یکی از نظریه‌های باستان‌شناسی که درباره گورستان تاریخی سیراف بیان شده، این منطقه هم به عنوان محل دفن مردگان و هم به عنوان خانه‌ای برای نگهداری افراد سالخورده استفاده می‌شده است. بر اساس این نظریه، یهودیان این منطقه افراد سالخورده فاقد قدرت کافی برای ادامه حیات را در دخمه‌های این گورستان قرار می‌دادند تا روزهای پایانی عمرشان را آنجا سپری کنند! در دامنه کوهی که گورستان سنگی سیراف روی آن ساخته شده، دخمه‌های کوچکی وجود دارد که برای ورود به آن‌ها باید حتماً از نردبان استفاده کرد.