اینجانب که ابتدا برای گذراندن دوره خدمت سربازی در سال ۱۳۸۱ مستقیم از دانشگاه وارد بنیاد پژوهش‌ها شدم، با دیدن اخلاق و رفتار مرحوم الهی و البته برخی همکاران ایشان در آن دوره، برای ادامه مسیر کاری و علمی خود در همین مرکز، متقاعد و مطمئن شدم.حجت‌الاسلام والمسلمین استاد علی اکبر الهی خراسانی را می‌توان نماد و نمود تلاش خالصانه در عرصه علم و پژوهش در خراسان معاصر دانست. کسی که با گرد هم آوردن نیروهای متنوع فکری از حوزه و دانشگاه، بنیاد پژوهش‌های اسلامی را بنا نهاد و شب و روز، ‌همانند یک باغبان به نگهبانی و نگهداری از این نهال نوپا اهتمام ورزید و آن را از یک مجموعه کوچک به یکی از بزرگ‌ترین مراکز پژوهشی ایران و حتی جهان اسلام در حوزه علوم اسلامی و انسانی تبدیل کرد. ایشان بنیاد پژوهش‌ها را همانند فرزند و حاصل عمر خود می‌دانست و هر روز برای رشد و بالندگی‌اش تلاش می‌کرد و راضی نمی‌شد حتی یک خشت از بنای آن کاسته شود.
بی‌گمان یکی از بارزترین شاخصه‌های اخلاقی و رفتاری استاد الهی خراسانی، داشتن سعه صدر بود که توانست افراد توانمند و حتی علاقه‌مند به پژوهش را جذب کرده و به‌کار گیرد.
وی مردی فروتن بود و در برخورد نخستین، ‌برخلاف بسیاری دیگر، از مرام و مسلک نمی‌پرسید، ‌بلکه توانایی‌ها و علاقه‌مندی‌ها را در نظر داشت. در نتیجه، مجموعه‌ای را شکل داد که در آن، اساتید و فضلای حوزه با فارغ‌التحصیلان و استادان دانشگاه‌های کشور و حتی برخی از اساتید از دیگر کشورهای مسلمان در کنار یکدیگر به فعالیت علمی بپردازند؛ یک نماد کاملاً عینی و عملی از اتحاد حوزه و دانشگاه.
تحمل دیگران، حتی منتقدان و مخالفان از دیگر ویژگی‌های بارز حجت‌الاسلام والمسلمین الهی خراسانی بود، به‌گونه‌ای که بارها از نزدیک شاهد بودم ‌برخی از پژوهشگران و یا دیگر کارمندان بنیاد با درشتی با ایشان سخن می‌گفتند و برخی شیوه‌های ایشان را رد می‌کردند، ولی ایشان هیچ گاه برخوردی تند یا اقدامی تنبیهی برای آن‌ها در نظر نگرفت. حتی یکی از دوستان را که با تندی با ایشان صحبت کرده بود،‌ به دفترش برده و به چای میهمان کرده بود.
تواضع و فروتنی ایشان به‌ویژه در عدم ستایش از خود بسیار مشهود بود. من به یاد ندارم هیچ‌گاه از فعالیت‌هایشان‌ که می‌دانستیم متنوع و متعدد بود و یا از داشته‌های علمی خود ‌سخنی بگوید؛ حتی در علومی که تخصص داشت.
یکی دیگر از ویژگی‌های اخلاقی استاد الهی، کم‌گویی بود. با وجود آنکه فرصت‌ها و امکانات بسیاری برای سخن‌پردازی داشت، حتی در جلساتی که سخنران اصلی بود، از زیاده‌گویی پرهیز می‌کرد.
ایشان بیشتر از آنکه بگوید، عمل می‌کرد و بیش از آنکه دیگران را به خدمت بگیرد،‌ سعی کرد باری از دوش دیگران بردارد. به خاطر دارم در سفری که برای شرکت در کنگره بزرگداشت ثقةالاسلام کلینی (سال۱۳۸۷) همراه چند تن دیگر از پژوهشگران به تهران رفته بودیم،‌ در یکی از اتاق‌های مهمانپذیر حرم حضرت عبدالعظیم(ع) مستقر شدیم و ‌استاد الهی خراسانی و مرحوم استاد واعظ‌زاده خراسانی در اتاق همجوار تشریف داشتند. مرحوم الهی در این مدت چند نوبت، با بزرگواری تمام نه در شکل و شمایل رئیس یا مدیرعامل، که چون پدری مهربان، احوالپرسی می‌کرد و پیگیر این بود که همه امکانات برای ما نیز فراهم باشد. خدایش بیامرزد و با اولیاء الله محشور کند.