متن مواضع مرجع عالیقدر که در بیانیه دفتر ایشان آمده، به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
ای زنان و مردان مومن، اینک عید سعید فطر، عید رحمت و آمرزش، پس از ماهی پربرکت از روزه‌داری، شب‌زنده‌داری و عبادت‌ها، بر ما طلوع کرده است. این روز، روز پاداش‌های الهی است؛ روزی که خداوند به شما بر فرشتگان خود مباهات می‌کند. پس بر شما مبارک باد قبولی اعمال، و از خداوند می‌خواهم که این عید را بر ما و شما و بر همه امت اسلامی با خیر و برکت و میمنت بازگرداند.

ای عزیزان، هرچند عید سرشار از معانی شادی و سرور است، اما دل‌های مؤمنان امروز از اندوه پاره‌پاره می‌شود، آنگاه که می‌بینند چه بلاها و مصیبت‌هایی بر برادران ما در دین و انسانیت وارد می‌شود. در حالی که ما با شادمانی به نعمت‌های الهی تکبیر می‌گوییم، فریاد کودکان بلند است، اشک مادران داغدار جاری است، و شعله‌های آتش بر فراز خانه‌های امن در ایران و لبنان زبانه می‌کشد، در حالی که تجاوز نظامی علیه این دو [کشور] ادامه دارد.

ما با شدیدترین عبارات، این جنگ ظالمانه را محکوم می‌کنیم و از همه مسلمانان و آزادگان جهان می‌خواهیم که آن را محکوم کرده و با ملت‌های مظلوم ایران و لبنان همبستگی نشان دهند. همچنین از همه طرف‌های مؤثر بین‌المللی و کشورهای جهان، به‌ویژه کشورهای اسلامی، می‌خواهیم که نهایت تلاش خود را برای توقف این جنگ به کار گیرند.

بار خدایا، ما با تضرع به درگاه تو روی می‌آوریم، و تو شنونده دعا هستی.خدایا، زنان و مردان مومن را هر کجا که هستند حفظ کن، بلا را از آنان برطرف ساز و کلمه آنان را بر حق متحد گردان.خدایا، شهدای آنان را که جان خود را در دفاع از سرزمینشان فدا کردند به تو می‌سپاریم، آنان را در عالی‌ترین درجات با پیامبران و صدیقان قرار ده.خدایا، به خانواده‌هایشان صبر و آرامش عطا کن، زخمی‌هایشان را شفا ده و اسیرانشان را آزاد گردان.خدایا، پشتیبان اهل ما در هر کجا باش و آنان را بر ستمگران پیروز گردان.

ای مؤمنان، ایمان تنها اقرار و عقیده نیست، بلکه عمل صالح و همدردی و یاری رساندن نیز هست. در این شرایط دشوار که رنج‌ها افزون شده و نیاز آسیب‌دیدگان و آوارگان بیشتر گشته است، وظیفه شرعی و انسانی ما ایجاب می‌کند که دست یاری به سوی برادران مصیبت‌دیده خود دراز کنیم.

در ادامه به نقل از دفتر حضرت آیت الله سیستانی آمده است:
مرجعیت عالی دینی، اجازه داده است که از حقوق شرعی برای کاهش آلام آسیب‌دیدگان در ایران و لبنان مصرف شود؛ باید این کار از راه‌های مورد اعتماد، مانند دفاتر مرجعیت عالی، انجام گیرد و چنانچه کسی شخصا مورد نیاز را می شناسد، می تواند مستقیما اقدام نماید.

ای عزیزان، عید فرصتی است برای تجدید عهد با خداوند، برای گذشت و آشتی میان خود و برای صله رحم و رسیدگی به فقرا و نیازمندان. و اگرچه دل‌های ما از آنچه پیرامون ما می‌گذرد اندوهگین است، اما رحمت خداوند گسترده است، گشایش او نزدیک است، و یاری او قطعاً خواهد رسید، اگر صبر کنید و تقوا پیشه سازید.