به گزارش قدس آنلاین، از واژه «نظام» می‌توان استنباط کرد که سیستمی در حال اجرا است، سیستمی است که پیرامونی دارد، از انسجام برخوردار است و تحت تأثیر عوامل بیرونی قرار دارد. بنابراین وقتی صحبت از سیستم می‌کنیم، باید مراحل کار، نهادها، فرایندها، جنبه‌های حقوقی، جنبه‌های اخلاقی و جنبه‌های محتوای علمی، منابع مالی و همچنین منابع اطلاعاتی را در نظر بگیریم و در یک قالب جدید ارائه دهیم.
هنگامی که بخواهیم یک سیستم ارائه خدمت در قالب نظام ارجاع و پزشکی خانواده اجرا کنیم، نیازمند ایجاد زیرساخت‌ها و تغییرات هماهنگ و منسجمی هستیم تا بتوانیم این سیستم را راه‌اندازی کنیم. قاعده «سطح بندی خدمات» نخستین بحث نظام ارجاع محسوب می‌شود و براساس آن لازم است در مسیر و زنجیره ارائه خدمت، روستاها و مراکز خدمات بهداشتی و درمانی به نحوی تعریف شوند که زنجیره، حدود وظایف و ارایه دهندگان خدمت مشخص باشند. به عنوان نمونه خانه بهداشت، مرکز بهداشتی و درمانی شهری، مراکز بیمارستانی عمومی، تخصصی، فوق تخصصی و... و.
به طور حتم هنگامی که این زنجیره تعریف می‌شود، باید شرح وظیفه داشته باشد تا صراحتاً مشخص شود کدام خدمت در کدام مقطع ارائه شود و همچنین کدام خدمت در کدام مقطع ارائه نشود. بنابراین لازم است راهنماهای خدمات بالینی، تجمیع شود، گایدلان‌ها و امثال آن‌ها شکل گیرد و خدمات انواع مراکز همراه با گایدلان (گایدلاین‌های بالینی مجموعه‌ای نظام مند از آخرین و معتبرترین شواهد علمی هستند که شیوه‌های برخورد بالینی با یک بیمار را به طور طبقه‌بندی شده با در نظر گرفتن اولویت‌ها، ‌ اثربخشی و هزینه اثربخشی بیان می‌کنند) تعریف شود. هنگامی که ما فردی را با عنوان بیمار یا مددجو به زنجیره ارائه خدمت هدایت می‌کنیم تا از ابتدا تا انتهای درمان مسیر دریافت خدمات را طی کند، لازم است اطلاعات مربوط به سلامت وی مرحله به مرحله کامل‌تر شود و هنگامی که به فصل آخر خدمات تخصصی و یا فوق تخصصی رسید، باید مجموع اطلاعات به مرکز اولیه ارسال تا پرونده کامل سلامت فرد تشکیل شود تا ارائه دهنده خدمت در سطح اول در جریان اقدام‌های درمانی سطوح مختلف درمان قرار گیرد و بتواند درمان را ادامه دهد چراکه براساس اصول پزشکی ترخیص به معنای پایان درمان نیست، بلکه به معنای این است که بیمار در سطح بستری یا تخصصی نیازمند دریافت خدمات سلامت نیست و می‌تواند ادامه خدمات درمانی خود را در سطوح پایین‌تر دریافت کند.
به این ترتیب اگر قرار باشد نظام ارجاع و پزشک خانواده را در سطح عمومی جامعه راه اندازی کنیم، باید تغییراتی جدی در نظام پرداختی خدمات درمانی ایجاد شود. به طوری که اگر بخواهیم بر مبنای شیوه جاری، یعنی پرداخت براساس ارائه خدمت انجام شود، این مسئله با مفهوم و فلسفه پزشکی خانواده منافات دارد چراکه در پزشکی خانواده، ارائه کنندگان خدمت در ازای سالم بودن افراد جامعه دستمزد دریافت می‌کنند، در حالی که در نظام پرداخت فعلی هرچه تعداد بیماران بیشتر باشد و خدمات تخصصی بیشتری فروخته شود سطح درآمد افزایش می‌یابد.  مسئله حقوقی درمان و اخلاق پزشکی نیز موضوع مهمی است که در نظام ارجاع سلامت مطرح می‌شود، براساس برخی نظریه‌ها در حوزه پزشکی بیماران حق انتخاب پزشک معالج خود را دارند و نمی‌توان این حق را از آن‌ها گرفت، درحالی که نظام ارجاع سلامت تا حدود زیادی این حق انتخاب را نادیده می‌گیرد و در واقع ارائه دهندگان خدمت و نظام ارجاع تعیین می‌کنند که بیمار چه موقع و به کدام خدمت تخصصی مراجعه کند، اما با توجه به اینکه منفعت جامعه مقدم بر منفعت فرد است، این چالش حقوقی قابل دفاع است و می‌توان تا حدودی حق انتخاب را از بیمار سلب کرد.  
نظام ارجاع طرحی است که تأمین زیرساخت‌های فرهنگی در اجرا و میزان موفقیت آن بسیار حائز اهمیت است و اگر بخواهیم این نظام را اجرا کنیم در درجه نخست لازم است اداره کنندگان نظام سلامت به این نظام اعتقاد داشته باشند، یعنی از کوچک‌ترین فرد جامعه تا رئیس دولت، بالاترین مقام وزارتخانه، نمایندگان مجلس و اعضای هیئت دولت یک پزشک خانواده داشته باشند و از طریق پزشک خانواده در نظام ارجاع هدایت شوند. در حالی که می‌بینیم صاحبان قدرت و یا افرادی که از تمکن مالی خوبی برخوردارند، از این امر اطاعت نمی‌کنند و تازمانی که اراده سیاسی و عمومی برای اجرای این نظام وجود نداشته باشد، ایجاد هرگونه تشکیلاتی بی فایده خواهد بود و این نظام به رغم مفید بودن برای جامعه شکل نخواهد گرفت.
بنابراین، اراده سیاسی مهم‌ترین عامل بازدارنده اجرای طرح نظام ارجاع بوده است چراکه حوزه‌های رفاهی بشدت تحت تأثیر تصمیم گیری‌های کلان کشوری هستند و هرگاه دولت با کمبود بودجه روبه رو می‌شود بودجه حوزه‌های رفاهی را کاهش می‌دهد، بنابراین با توجه به اینکه حوزه‌های بهداشت و درمان جزو حوزه‌های رفاهی محسوب می‌شوند، اجرای این طرح به تعویق افتاده است و تا زمانی که اراده سیاسی برای فرهنگ سازی نظام ارجاع نباشد، این نظام اجرا نخواهد شد. به این ترتیب اگر بخواهیم طی دو سال آینده این نظام را در کشور اجرا کنیم، فرهنگ مرتبط با آن از هم اکنون باید شکل گیرد تا مردم آگاهانه و با طیب خاطر از طریق سیستم نظام ارجاع خدمات درمانی خود را دنبال کنند.  
برخی معتقدند طرح تحول نظام سلامت مانع اجرای نظام ارجاع شده است، در صورتی که اینچنین نیست و طرح تحول نظام سلامت و طرح نظام ارجاع با هم متفاوت است. طرح تحول نظام سلامت برای رفع مشکلاتی نظیر توسعه امداد هوایی، کاهش آمار سزارین، کاهش پرداخت از جیب مردم و به طور کلی در پاسخ به معضلات حوزه بهداشت و درمان طی سال‌های ۹۲ و۹۳ طراحی و اجرا شد و در واقع به عنوان یک اصل و سیاست کلی برای نظام سلامت مطرح نشده و طرحی موقت برای برطرف کردن مشکلات حاد این حوزه بوده که با اتمام مأموریت خود منتفی خواهد شد و به رغم اینکه موجب کندی سرعت اجرای نظام ارجاع شده، منافاتی با اجرای آن نداشته، بلکه بخشی از پیش نیازهای آن نظیر سیستم اطلاعاتی را تهیه کرده و پیش بینی می‌شود تا پایان شهریور ماه تمام بیمارستان‌ها به صورت سیستماتیک به هم مرتبط شوند که این گام بزرگی در ایجاد زیرساخت‌های نظام ارجاع خواهد بود.  
ضمن آنکه با اجرای طرح تحول مشخص شد سیستم ارائه خدمات درمانی بسیار آسیب پذیر و وابسته به کمک‌های دولت است و این موجب می‌شود هر عاملی که منجر به نظم فرایند درمان و حذف هزینه‌های غیر ضروری شود می‌تواند در دقت و سرعت بخشیدن به اجرای نظام ارجاع سلامت تأثیرگذار باشد. به عنوان نمونه همیشه مطرح می‌شد نظام ارجاع موجب محدودیت پزشکان و بیماران می‌شود، اما طرح تحول نشان داد اگر عقلانیت حاکم باشد، چاره‌ای جز مدیریت و کنترل هزینه‌های غیر ضروری نداریم. بنابراین طرح تحول فضای مناسبی را برای استقرار نظام ارجاع و پزشک خانواده ایجاد کرده و امید می‌رود طی چهار یا پنج سال آینده این نظام با موفقیت اجرا شود.