معافیت‌های مالیاتی یکی از ابزارهایی است که دولت‌های معتقد به اقتصاد آزاد و کلاسیک  در راستای سهولت واردات و صادرات و تولید کالاهای مورد نیاز در سیاست‌گذاری‌های اقتصادی لحاظ می‌کنند. این دسته از دولت‌ها معتقدند کاهش یا معافیت مالیاتی انگیزه‌های تولید را افزایش می‌دهد و منجر به افزایش تولید در مناطق اقتصادی بنا به شرایط ویژه اقتصادی تعریف شده خواهد شد، بنابراین این مناطق همواره مورد توجه تولیدکنندگان قرار دارد.

در حوزه اقتصاد مسئله‌ای به نام پناهگاه مالیاتی حکایت از گریزگاهایی برای پرداخت مالیات وجود دارد. برخی از تولیدکنندگان یا فعالان اقتصادی برای فرار از پرداخت مالیات بر آن هستند تا به صورت صوری فعالیت‌هایی را در مناطق آزاد داشته باشند. دایر کردن دفاتری برای قانونی و موجه جلوه دادن این فعالیت‌ها یکی از ابزارهای قانع کردن دولت و ناظران اقتصادی برای حذف مالیات است؛ در حالی که فعالیت تجاری آن‌ها در خارج از مناطق آزاد تجاری رقم می‌خورد. موضوعی که برای اقتصاد ایران به ‌خصوص در شرایط کنونی که اخذ درآمدهای مالیاتی برای دولت اهمیت بسیاری دارد، مقرون‌به‌صرفه نیست.

دولتمردان در سال‌های گذشته به دلیل کسب درآمدهای نفتی توجه چندانی به اخذ مالیات نداشتند. در شرایط تحریم نفتی و کمبود منابع ارزی به نظر می‌رسد در بودجه سال آینده هر گونه افزایش یا کاهش یا معافیت مالیاتی باید مورد بازبینی قرار داده شود. زمانی می‌توان معافیت مالیاتی را برای ارگان‌ها و بنگاه‌های تولیدی و اقتصادی در مناطق آزاد موجه دانست که به لحاظ اقتصادی ثابت شده و در راستای سیاست‌های مطلوب اقتصادی کشور عمل کرده باشند در غیراین‌صورت لازم است همانند سایر ارکان اقتصادی و افراد جامعه مالیات پرداخت کنند و در اداره کشور سهیم باشند.

در مجموع می‌توان گفت پرداخت مالیات به نفع کشور است و مخالفت با آن معنایی ندارد. به‌روزسازی قوانین مالیاتی و بررسی چند و چون معافیت‌ها بسیار مهم است؛ اینکه کدام یک از بنگاه‌ها و واحدهای تولیدی مشمول مالیات خواهند بود یا خیر باید به درستی مورد بررسی موشکافانه‌ای قرار بگیرد تا فعالیت‌هایی غیر از فعالیت‌های تولیدی، اما به نام تولید معاف از مالیات نباشند و به صورت صوری از این مزیت استفاده نکنند و بار اداره کشور را روی بنگاه‌ها، افراد و سازمان‌های دیگر نیندازند. بنابراین بازبینی قوانین مناطق آزاد تجاری به ویژه مناطق اقتصادی بسیار ضروری است تا همانند سال‌های گذشته بر اثر فشار و لابی‌بازی برخی نمایندگان و صاحبان نفوذ و قدرت و سرمایه، مناطق آزاد اقتصادی عرصه و محلی برای رانت و سودجویی اقتصادی یا کارهای تبلیغاتی که بیت‌المال و منابع کشور را از دست می‌دهند، نشود.

سال 99 می‌تواند سال بازبینی قوانین مقررات و معافیت‌ها باشد؛ بازبینی توجیه اقتصادی  سازمان‌ها، نهادها و ارگان‌ها و اینکه می‌توانند در بهبود یا ساختار اقتصادی کمک شایان‌توجهی باشند یا خیر، مسئله مهمی است که باید مورد توجه دست‌اندرکاران قرار بگیرد.