از آن زمان یا بهتر بگوییم از سال 1382 که دومین آیین نامه شورای صنفی به دانشگاه‌ها ابلاغ شد، هیچ‌گونه انگیزه ای برای تدوین آیین ‌نامه ای جدید در این خصوص وجود نداشت.
در این مدت اتفاقاتی در فضای دانشگاهی رخ داد که مسؤولان وزارت علوم را به سمت تجدید نظر در این آیین نامه و محدود کردن دامنه اختیارات شوراهای صنفی سوق داد.
شاید بتوان گفت، اولین آنها برگزاری چند اردو با حاشیه‌های مختلف بود. نشانه‌هایی برای اتخاذ تصمیم مدیران فرهنگی عالی‌ترین وزارتخانه آموزشی کشور برای خارج کردن برگزاری اردوها از اختیار دانشجویان بود و چندی بعد هم پس از مشاهده حاشیه‌های مختلفی که در برپایی جشن دانش آموختگی چند دانشگاه مشاهده شد، نوبت به سلب اختیار شوراهای صنفی در این خصوص رسید و به این ترتیب تمامی امور مربوط به برپایی این مراسم با ابلاغ آیین نامه دانش آموختگی به شورای فرهنگی دانشگاه‌ها واگذار شد.
آیین نامه ای که تکلیف دانشجویان و حتی محور برنامه هایی را نیز که قرار است در چنین برنامه‌ای اجرا شود، مشخص کرده و عملاً راه ابتکار و خلاقیت را از میان می‌برد؛ سخنرانی یکی از اعضای هیأت رئیسه، سخنرانی استادان دانشگاه، تقدیر از دانش آموختگان برتر در زمینه‌های علمی و فرهنگی، تقدیر از خانواده‌های همگام با دانشگاه، ترویج فرهنگ ایثار و شهادت، قرائت دسته جمعی سوگند‌نامه و تقدیر ویژه از استادان و دانش آموختگان هر رشته.
پس از این بود که صدای اعتراض دانشجویان در چند دانشگاه شنیده شد. مسؤولان دانشگاه‌ها می‌گفتند برپایی چنین جشنهایی افزون بر تحمیل هزینه‌‌های فراوان در شأن دانشگاه نیست. حجاب و چارچوبهای اخلاقی آن‌گونه که باید در این‌گونه مراسم رعایت نمی شود. می‌گفتند مجری‌های انتخاب شده در شأن دانشگاه نیستند و...
همین موضوع باعث شد دستورالعمل جدید دانش‌آموختگی به منظور بها دادن به شخصیت علمی و فرهنگی دانش آموختگان، همراهی دانشگاه‌ها با دانش آموختگان و تعامل و ارتباط آنها با دانشگاه‌ها تدوین و ابلاغ شود.
مسؤولان می‌گفتند جشن دانش آموختگی مراسمی است برگرفته از آداب ایرانی‌- اسلامی و نظارت بر حسن انجام آن توسط شورای فرهنگی و اجتماعی با عنوان ستاد دانشگاه صورت بگیرد. لباسها باید در شأن ارزشهای اسلامی و ملی طراحی شود و مسؤولیت اجرای مراسم هم بر عهده معاونت فرهنگی هر دانشگاه است.
دکتر میرزایی، استاد دانشگاه تهران که چند سالی نیز معاونت دانشجویی دانشکده علوم اجتماعی برعهده داشته و خود نیز در دوران دانشجویی جزو دانشجویان فعال بوده، تفکیک وظایف تشکلهای دانشجویی را ضروری می‌داند و می‌گوید: «با تعدد تشکلها، تفکیک فعالیتها و وظایف منطقی به نظر می‌رسد. با وجود چنین تقسیم کاری افراد با توجه به دغدغه‌ها و علایق خود می‌توانند انتخاب کنند که در کدام تشکل فعالیت کنند و این تفکیک لزوما آسیب نیست. این تفکیک وقتی مسأله می‌شود که لوازم و ملزومات نگاه سیستمی رعایت نشود و یکی یا تعدادی از این نیازها به هر دلیل کنار گذاشته یا مورد بی‌توجهی قرار گیرد. در این هنگام تشکلهای موجود به خود اجازه دخالت در فعالیتهای غیر مرتبط را نیز داده و بلکه آن‌را حق مسلم خود می‌دانند.
بنابراین ضمن ضرورت تأکید بر تقسیم منطقی و منعطف وظایف باید به ایفای تمام آن وظایف در یک نظام منعطف و پویا توجه داشت تا دانشگاه نقش اساسی خود را ایفا کند.»
طولی نکشید که مدیران وقت وزارت علوم از ابلاغ آیین نامه جدید شورای صنفی خبر دادند؛ آیین نامه ای که در آن خط و مرزها و محدوده‌ فعالیت شورای صنفی دقیقاً مشخص شده و محدوده فعالیتهای شورای صنفی، مباحث رفاهی دانشجویی و نه آموزشی و پژوهشی تعریف شده بود. آیین نامه ای که می‌گفت، دیگر شورای صنفی حق بردن دانشجویان به اردو را ندارد و برگزاری اردو جزو وظایف معاونت فرهنگی است. همچنین شورای صنفی نمی‌تواند مسایل آموزشی و پژوهشی را دنبال کند و این مباحث نیز مربوط به شورای تعامل دانشگاه است.
در این آیین نامه حتی شرایط عضویت دانشجویان مشروطی در شوراهای صنفی هم تغییر کرده بود. حالا دیگر دانشجویان برای عضویت در شورای صنفی - رفاهی باید به جای معدل 12 معدل 13 داشته باشند، حال آنکه پیش از این تا سه ترم مشروطی هم می‌توانستند در این شورا عضو شوند.
ضمن آنکه پیش از این دانشجویان به تعداد دانشکده‌ها و خوابگاه‌ها شورای صنفی داشتند که این تعداد برای دانشجویان مشکل ایجاد می‌کرد، اما هم اکنون این شورا انسجام بیشتری یافته است.
مهران حبیبی، دبیر شورای صنفی دانشگاه امیرکبیر در همین خصوص می‌گوید: شورای صنفی مرکزی دارد، از سوی دیگر در این آیین‌نامه وظایفی مانند تکثیر جزوه، شناسایی دانشجویان برای دریافت وام، امور ورزشی، امور مربوط به سایت و ... تعریف شده است، اما با وجود حذف شورای صنفی دانشکده، انجام تمام این امور در دانشکده‌های مختلف تنها توسط 9 عضو شورای صنفی دانشگاه امکان‌پذیر نیست.
وی می‌گوید: در سالهای گذشته شورای صنفی می‌توانست کارهای اجرایی و فرهنگی نیز انجام دهد که از حدود پنج سال پیش این کارها به امور صنفی محدود شد؛ این در حالی است که در آیین‌نامه جدید حتی دو بخش مهم آموزشی و خوابگاه‌ها نیز از اختیارات شورای صنفی حذف شده است.
مدیرکل دانشجویان داخل وزارت علوم در پاسخ به ابهامهای آیین‌نامه جدید شورای صنفی دانشگاه‌ها تنها به این نکته کفایت می‌کند که دستورالعمل اجرایی آیین‌نامه جدید از دو ماه پیش آماده شده است و تنها منتظر برگزاری جلسه‌ای نهایی برای ابلاغ آن هستیم.
بذرافشان مقدم از ارایه پاسخ به برخی انتقادها در خصوص حذف اختیارات شوراهای صنفی در امور خوابگاه‌ها و مسایل آموزشی خودداری کرده و می‌گوید: تمامی وظایف به صورت شفاف در آیین‌نامه ذکر شده و هیچ گونه ابهامی وجود ندارد.