امام محمدباقر(ع) پایه‌گذار نهضت بزرگ علمی بود. آن حضرت در دوران امامت خویش به نشر و اشاعه حقایق معارف الهی پرداخت و با تشریح مشکلات علمی جنبش علمی دامنه‌داری را به وجود آورد. حضرت(ع) در علم، زهد، عظمت و فضیلت سرآمد و مقام علمی و اخلاقی ایشان مورد تصدیق دوست و دشمن بود.

روایات و احادیث بسیاری در زمینه مسائل و احکام اسلامی، تفسیر، تاریخ اسلام و انواع علوم از حضرت نقل‌شده و به یادگار مانده است. رجال و شخصیت‌های علمی و همچنین یاران پیامبر اکرم(ص) که هنوز در حال حیات بودند خود را از دریای علم حضرت سیراب می‌کردند.

آوازه علوم و دانش امام محمد باقر(ع) چنان در جامعه اسلامی پیچیده بود که ایشان را باقرالعلوم یعنی گشاینده دریچه‌های دانش و شکافنده مشکلات علوم می‌دانستند. حضرت(ع) در مباحث علمی خویش اغلب به آیات قرآن کریم استناد کرده و می‌فرمودند: هر مطلبی که گفتم، از من بپرسید که در کجای قرآن کریم است تا آیه مربوط به آن موضوع را بیان کنم.

امام باقر(ع) شاگردان بزرگی را در زمینه‌های فقه، حدیث، تفسیر و دیگر علوم اسلامی تربیت کرد که هرکدام از آن‌ها وزنه بزرگی به شمار می‌رفت به‌قدری که حضرت(ع) فرمود مکتب ما و احادیث پدرم را چهار نفر زنده کردند که آن چهار نفر عبارت از زراره، ابوبصیر، محمد بن مسلم و یرید بن معاویه عجلی. آثار درخشان علمی امام محمدباقر(ع) و شاگردان برجسته ایشان جامعه اسلامی را متحول و از انحراف نجات داد. امام محمدباقر(ع) مؤسس حوزه علمیه بود. در دوران حضرت طالبان علم و دانش به شهر مدینه می‌آمدند و از محضر حضرت کسب علم می‌کردند برای مثال جابر سال‌ها در مدینه ساکن شد تا از دریای علم حضرت استفاده کند.

 به دنبال انحراف‌های عمیقی که پس از رحلت پیامبر اکرم(ص) در جامعه اسلامی به وقوع پیوست حادثه اسف‌انگیز دیگری نیز رخ داد که آن عبارت از جلوگیری از نقل و نوشتن و تدوین حدیث بود که جلوگیری از نقل و تدوین حدیث یک ضایعه بزرگ فرهنگی به شمار می‌رفت که در دوران امام محمدباقر (ع) این ممنوعیت برداشته شد. حضرت(ع) به خاطر اقداماتی که عمر بن عبدالعزیز در خصوص رفع ممنوعیت نوشتن حدیث، برداشتن سب امام علی(ع) از روی منبرها و بازگردان فدک به ایشان انجام داد او را نجیب بنی امیه خواند؛ حضرت(ع) نیز از این فرصت به‌دست‌آمده استفاده کردند و دستور داد هر فردی حدیثی را شنیده و یا در ذهن دارد بنویسد و این توصیه را هم به شاگردان داشت که نتیجه آن کتاب‌های دست‌اول حدیثی بود که امروز در اختیار ما است.

علاوه بر آن در دوران امامت حضرت باقر(ع) فرقه‌های مذهبی و گروه‌های سیاسی و مذهبی متعددی چون معتزله، خوارج و مرجئه فعالیت می‌کردند و حضرت همواره با عقاید باطل آنان مبارزه می‌کرد و با مناظرات علمی و فکری که با سران آنان انجام می‌داد همانند سدی استوار مانع نفوذ افکار انحرافی‌شان به جامعه اسلامی می‌شدند.

امام محمد باقر(ع) با برگزاری این مناظرات پایگاه‌های فکری و عقیدتی آنان را در هم می‌کوبید و بی‌پایه بودن عقایدشان را با دلایل عقلی و علمی آشکار می‌کرد. برای مثال در مناظره‌ای که حضرت با نافع بن ازرق که از سران خوارج بود با استدلال قرآنی و روایی بدعت و بهتان مارقین را در ماجرای حکمیت اثبات کرد.