وی با اشاره به جنایات رژیم عراق علیه مردم ایران، مسؤولیت مهم سازمان ملل متحد و شورای امنیت را در دفاع از مظلومان یادآور شد. رجایی همچنین درباره مسائل مهم جهان از جمله اشغال فلسطین به دست صهیونیست‌ها، تجاوز ارتش سرخ شوروی به افغانستان و… صحبت کرد.

نخست وزیر وقت ایران در این جلسه به طور نشسته و از جایگاه هیئت ایرانی و نه از تریبون پیش بینی شده، به سخنرانی پرداخت. وی در این سخنرانی نظام حاکم بر کشورهای جهان را به باد انتقاد کشاند و درباره شرایط وقت که اوج جریانات جنگ سرد میان آمریکا و شوروی را رقم می‌زد، اظهارنظر کرد.

رجایی در بخشی از سخنانش گفت که "ما در شرایطی به اینجا آمده‌ایم که کشورمان در میان آتش جنگ برافروخته از سوی دولت بعث و نامردمی عراق می‌سوزد و نیز در شرایطی هستیم که واقعه زلزله الجزایر به‌نوبه خود مردم و امام ما را سخت اندوهگین ساخته و بسیار متأسفیم که به‌علت شرایط جنگ نتوانستیم آن‌چنان که باید در جهت برآوردن نیازهای مردم برادر و مسلمان آنجا اقدام کنیم. "

نقطه عطف حضور شهید رجایی در سازمان ملل به کنفرانس مطبوعاتی وی برمی‌گردد، زمانی که نخست وزیر فقید ایران در برابر دوربین رسانه‌های جهان پای برهنه خود را روی میز گذاشت و گفت "من به مدت دو سال در زندان‌های رژیم شاه معدوم، زندانی کارتر و آمریکا بودم. آثار شکنجه و سختی‌هایی که در زندان بر من روا شد، بعد از چهار سال هنوز بر بدنم نمایان است. من دو سال تمام ضربات شلاق‌های کارتر را بر پای خود احساس کردم و این در حالی است که ما با گروگان‌ها در جاسوس‌خانه، رفتاری کاملاً انسانی داریم. "

این اقدام نخست ‎ وزیر ایران، از اتفاقات کم سابقه در سازمان ملل بود. پس از این سخنرانی و با بالا گرفتن حملات عراق علیه ایران، فرصت حضور در نشست‌های مجمع عمومی سازمان ملل در سال‌های بعد از مقامات ایرانی گرفته شد و مقامات کشورمان به مدت هفت سال امکان حضور در این نشست را نیافتند.

سخنرانی محمدعلی رجایی از سخنرانی‌های به یاد ماندنی مقامات ایرانی در سازمان ملل متحد است. وی در نطق خود با تاکید بر تجاوز عراق به ایران به عنوان آغازگر حمله و تحمیل‌کننده جنگ میان دو کشور، تاکید کرد که "پایان عادلانه جنگ جز با سرکوب و مجازات تجاوزگر امکان‌پذیر نخواهد بود. "

شهید رجایی اولین مقام بلندپایه ایرانی بود که بعد از انقلاب اسلامی به سازمان ملل رفت. البته وی نه برای شرکت در مجمع عمومی که برای شرکت در جلسه شورای امنیت سازمان ملل به نیویورک سفر کرد.

بخشی از متن سخنرانی محمدعلی رجایی در جلسه شورای امنیت سازمان ملل متحد بدین شرح است:

بسم‌الله‌الرحمن‌الرحیم

لا یحب‌الله الجهر بالسوء من‌القول الا من ظلم

خداوند دوست ندارد کسی سخن درشت را فریاد بکشد مگر وقتی‌که مورد ستم قرار گرفته باشد.

ما در شرایطی به اینجا آمده‌ایم که کشورمان در میان آتش جنگ برافروخته از سوی دولت بعث و نامردمی عراق می‌سوزد؛ و نیز در شرایطی هستیم که واقعه زلزله الجزایر به نوبه خود مردم و امام ما را سخت اندوهگین ساخته و بسیار متأسفیم که به علت شرایط جنگ نتوانستیم آن‌چنان که باید در جهت برآوردن نیازهای مردم برادر و مسلمان آنجا اقدام نمائیم.

من دیروز مستقیماً از جبهه جنگ عازم اینجا شدم. کشته‌ها و مجروحینی را که دیدن آنان دل هر انسانی، هر چند کم احساس را به درد می‌آورد، به چشم خود نظاره کردم. موشک‌های ۹ متری زمین به زمین که به شهر دزفول پرتاب شده، قسمت اعظم شهر را بر سر مردم شریف و قهرمان آن دیار خراب کرده است. در دزفول متجاوز از ۳۰ کودک مجروح کمتر از شش ماه را که هم‌اکنون در بیمارستان این شهر بستری هستند، دیدم. ارتش صدام حسین به بهانه‌های واهی که بهتر است حتی گفته شود بدون بهانه، به خاک ما تجاوز کرده، مراکز تولیدی و اقتصادی و بخصوص مناطق مسکونی ما از جمله بیمارستان‌ها و مؤسسات آموزشی را منهدم می‌نماید و مردم بی‌گناه ما را به قتل می‌رساند.

دنیا باید بداند که ارتش فریب‌خورده صدام به هیچ چیز رحم نمی‌کند و خاطرات حمله هیتلر را دوباره در یادها زنده کرده است. صدام برای ادامه چند روز بیشتر حکومت خود با دوازده لشگر و با متجاوز از ۲۵۰۰ تانک و صدها هواپیمای جنگی و جنگ‌افزارهای فراوان دیگر به مردم کشور ما که دوران بازسازی جمهوری اسلامی را شروع کرده‌اند، سبعانه حمله‌ور شده است...

پس از این سخنرانی بود که نمایندگانی از سوی دولت آمریکا، خواستار دیدار و مذاکره با نخست‏وزیر ایران شدند، اما شهیدرجایی به علت سیاست‌های سلطه‏جویانه آمریکا و جنایاتش در جهان، با این درخواست موافقت نکرد.

سرانجام پس از هفت سال از سفر رجایی آیت‌الله خامنه‌ای نخستین رئیس‌جمهور ایران می‌شود که گام به مجمع عمومی می‌گذارد، آیت‌الله خامنه‌ای هم مانند شهید رجایی، صدام را به هیتلر تشبیه می‌کنند و خواستار «استفاده از تجربه دادگاه نورنبرگ و طرح تنبیه عراق به عنوان متجاوز به منظور تضمین امنیت منطقه» می‌شوند؛ موضوعی که به گوش جهانیان نمی‌رود و بعدها خود را در جنگ کویت نشان می‌دهد.