در خصوص شهر کوفه و همچنین محل حرم امام علی (ع) روایتی از امام صادق وجود دارد که به تاریخچه این محل و فضیلت هایش می پردازد. براساس روایتی از ایشان کوفه، زمین پاکیزه‌ای است که در آن، قبور پیامبران مرسل و غیرمرسل و اوصیای پیامبران قرار دارد... و از آنجا، عدل الهی آشکار می‌شود و در آن، قائم حق تعالی قیام می‌کند و عدالت را برقرار می‌نماید و در آن، خانه‌های پیامبران و اوصیا و صالحان بوده است. همچنین ایشان در روایت دیگری خطاب به مفضل بن عمر جعفی، نجف را قطعه‌ای از کوهی بیان کرده است که خداوند بر آن، با موسی (ع) تکلم کرد و عیسی (ع) را تقدیس نمود و ابراهیم (ع) را خلیل خود و محمد (ص) را حبیب خود برگزید و آن را مسکن پیامبران (ع) قرار داد.   بنا به روایتی دیگر ایشان نجف را همان کوهی خوانده اند که فرزند نوح به آن پناه برد.

برخی عنوان کرده‌اند که آرامگاه کنونی حضرت امیرالمومنین شامل رواق‌ها و ایوان‌های متعددی است که به دو بنای مختلف قدیمی و جدیدتر برمی‌گردند. اگرچه از لحاظ دوره و سبک مشابه هم‌دیگر هستند. برخی معتقدند که احتمال دارد بنای قدیمی‌تر، بنا و تغییرات شاه عباس اول باشد و بنای جدیدتر نیز همان بنای شاه صفی باشد.

پس از به قدرت رسیدن سلسله صفویه در ایران، شاه اسماعیل صفوی در سال ۹۱۴ه. ق، وارد بغداد شد و پس از آن، به زیارت امام حسین(ع) در کربلا و امیرمؤمنان(ع) در نجف، مشرف شد. او هدایای نفیسی را به خزانه آستان علوی داد. در سال ۱۰۴۷ه. ق، به دستور شاه صفی، نوه شاه عباس اول صفوی، حرم مطهر و صحن آن توسعه داده شد. برای این منظور، به دستور شاه صفی، خانه‌های مجاور حرم مطهر، از دو سمت شرقی و جنوبی، خریداری گردید و به صحن ملحق شد و بدین ترتیب صحن آستان از سه سمت توسعه یافت. بنای فعلی آستان مقدس علوی با برخی تغییراتی که در دوره‌های بعد ایجاد شد، مربوط به همین توسعه است. در سال ۱۱۵۶ه. ق، هنگامی که نادر شاه افشار به زیارت آستان علوی مشرف شد، دستور داد کاشی‌های سبزرنگی را که از دوره صفویه زینت‌بخش گنبد و گلدسته آستان بود، بردارند و به‌جای آنها، از خشت‌های طلا، استفاده کنند. بدین ترتیب، گنبد حرم علوی که تا پیش از این، دارای پوشش کاشی‌کاری بود، طلاکاری گردید. این کار با استقبال شیعیان مواجه گشت. تعدادی از شاعران شیعه به فارسی و عربی و حتی ترکی و هندی، اشعاری را به این مناسبت سرودند. نادر شاه اموال بسیاری را صرف تعمیرات آستانه کرد و هدایای فراوانی را به حرم امیرمؤمنان(ع) بخشید که بیشتر آنها تا به امروز، در خزانه آستان علوی باقی است. همسر نادرشاه، رضیه بیگم دختر شاه سلطان حسین صفوی نیز مبلغ بسیاری برای تعمیرات و بازسازی اماکن متبرک وقف کرد؛ به‌طوری که بیشتر کاشی‌کاری آستان علوی، از آن محل انجام گرفت.

 با توجه به تغییراتی که در بازسازی حرم حضرت علی (ع) در حال انجام است، ممکن است برخی تغییرات در اندازه برخی از بناها رخ داده باشد. به جز ضریح مطهر و روضه و صحن و سرا و رواق ها بناهای دیگری در حرم مطهر و اطرافش وجود دارند که اطلاع از بعضی از آنها مفید است.

مسجد الرأس

این مسجد در غرب صحن و متصل به رواق بناشده که در عصر ایلخانان بنا شده است. هم‌اکنون در طرح توسعه حرم قرار دارد. در نامگذاری آن دو احتمال داده‌اند.

• موقعیت این مسجد که در مقابل سر حضرت قرار دارد.
• روایاتی از امام صادق(ع) رسیده که دلالت بر دفن سر امام حسین(ع) در این مکان است.

مقام امام صادق (ع)

این مقام نزدیک درِ مسجد الرأس و سمت چپ کسی است که از باب الفرج (درِ جنوب غربی حرم) وارد می‌شود. روایت شده است که امام صادق(ع) هنگام زیارت امیرالمؤمنین (ع) در اینجا نماز خوانده است. این بنا حدود ۵۰ سال پیش گنبد سفیدی بر فرازش بوده و وسعتی برابر ۱۰۰ متر مربع داشته است. اما اکنون از این مقام، اثری نیست و در قسمت توسعه حرم قرار گرفته است.

ناودان طلا در حرم مطهر امام علی (ع)

وسط بالاترین نقطه ایوان‌های ضلع جنوبی، رو به قبله (دقیقاً روبه‌روی صورت مبارک)، ناودان طلا قرار دارد که تنها راه خروجی آب باران، از بالای گنبد و سقف ایوان و حرم مطهر می‌باشد. می‌گویند برخی از مردم، این ناودان را همانند ناودان طلای کعبه می‌دانند؛ به‌طوری که هنگام بارش باران، آب آن را به نیت شفا جمع می‌کنند. برخی از زائران نیز زیر ناودان، دو رکعت نماز بجا می‌آورند و با توسل به امام علی(ع)، حاجت خود را از خدا طلب می‌کنند. البته بدون شک و براساس روایات موجود، نماز به قصد قربت در حرم هریک از امامان (ع)، فضیلت دارد. اما درباره ویژگی ناودان طلای حرم امام علی(ع) و نماز زیر آن، هیچ روایت یا قولی از علما، وارد نشده است.