مدارس علمیه علاوه بر برنامه‌های رایج خود، فعالیت‌های آموزشی، پژوهشی و تبلیغی دیگری نیز دارند. از جمله آن فعالیت‌ها سلسله نشست‌های هویت طلبگی با عنوان «امام فردا» ویژه طلاب سطح یک است که در مدرسه علمیه حضرت مهدی(عج) برگزار می‌شود.

حجج‌اسلام والمسلمین نظافت، مهدیان، عرب، محمد الهی‌خراسانی، فلاحتی و منتظری از اساتید دوره هستند که در روزهای ۲۹ و ۳۰ آذر به تبیین موضوع هویت طلبگی می‌پردازند.

دوره آموزشی دولت اسلامی هم به‌همت معاونت فرهنگی تبلیغی حوزه علمیه خراسان در مدرسه علمیه باقرالعلوم(ع) برگزار می‌شود.

دوره تخصصی حفظ قرآن کریم نیز برنامه‌ای است که از سوی واحد تربیتی و تبلیغی مدرسه علمیه حضرت رقیه(س) مشهد به اجرا در می‌آید.

این واحد تربیتی و تبلیغی همچنین «دوره پودمانی مهارت‌افزایی» را ویژه طلاب و مبلغان خواهر برگزار می‌کند.