او در همان دوران معتقد بود که با تکیه بر ناسیونالیسم عربی نمی توان فلسطین را نجات داد چرا که حربه پوسیده ای بیش نیست. نسخه شفابخش او برای نجات فلسطین، ایثار و شهادت  و نگاه به آن به عنوان مسئله‌ای اسلامی بود. سوای همه اقداماتی که از همان زمان در علیه رژیم صهیونیستی در داخل ایران پاگرفت و در شکل گیری همه آن ها می شد ردپای نواب صفوی را دید، او اما تلاش کرد نوع نگاه به مسئله فلسطین را در بین اندیشمندان جهان عرب اصلاح کند. او در خصوص تجربه شرکت در کنگره «موتمر اسلامی» در اردن که در سال ۱۳۳۲ اتفاق افتاد، می گوید:« من فضای موتمر را به جای اینکه اسلامی ببینم، عربی دیدم. می دیدم که همه سخنران ها بر این موضوع تکیه می کنند که حمله اسرائیل به سرزمین عربی فلسطین صورت گرفته است. اما وقتی نوبت سخنرانی من فرا رسید...پشت تریبون رفتم و گفتم: اگر افتخار به عربیت باشد، من فرزند بهترین مرد عرب هستم. اگر پیغمبر را از عرب بگیرند، عرب هیچ ندارد. شخصیت عرب به پیامبر اسلام است و من فرزند اویم...حمله به سرزمین اسلامی فلسطین چه سرزمین عرب و چه غیر عرب، حمله به سرزمین اسلام است. »

محمدمهدی عبدخدایی ضمن نقل خاطره نواب صفوی از این کنگره، ماجرایی را در خصوص حضور او در مرز اردن و اسرائیل از زبان مفتی اعظم سوریه شیخ حسینی روایت می کند که جالب توجه است. شیخ حسینی این ماجرا را در دیدارش با محمدمهدی عبدخدایی، سال ۶۰ و زمانی که برای شرکت در جشن های انقلاب دعوت شده بوده، نقل کرده است. مفتی اعظم سوری آنقدر متاثر از شخصیت سیدمجتبی نواب صفوی در همان مدت کوتاه بوده که در این دیدار می گوید:«بعد از قرون اول هجری، شهیدی به عظمت نواب صفوی در تاریخ وجود ندارد». و بعد چرایی‌اش را به محمدمهدی عبدخدایی از اعضای فدائیان اسلام اینطور توضیح می دهد:«روزی که نواب صفوی به بیت المقدس آمد، من نوجوان بودم نام نواب صفوی را شنیده بودم و می دانستم که در خاورمیانه غوغایی بیا شده و مرحوم نواب پرچمدار مبارزات مذهبی سیاسی در ایران است. دلم می خواست این شخص را ببینم به همین جهت از سوریه به اردن رفتم. (به نظرم می آید که می گفت با پدرم یا با یکی از خویشانم) در مؤتمر (کنفرانس) همراه بودیم. در یکی از روزهایی که جلسة مؤتمر تمام شده بود به عنوان بازدید مرز اردن و اسرائیل، به مرز در بیت المقدس رفتیم . آن روزها بیت المقدس به دو قسمت تقسیم شده بود و مثل امروز نبود که تمام آنجا دست صهیونیستها باشد، نیمی از آن دست اردن بود و نیم دیگر دست اسرائیل.

فرمانده نیروهای اردنی «گلوب پاشا» بود. گلوب پاشا معروف به طرفداری و هواداری از انگلیس بود. حدود چهل نفر از اعضای مؤتمر در این بازدید بودند، مرحوم شهید «سید قطب»، استاد «حسن الهضیبی»، «دکتر سعید رمضان»، استاد «محمد محمود صواب» و از رجال سیاسی آن روز که مبارزه میکردند، آقای «احمد سوکارنو» -که بعدها رئیس جمهور اندونزی شد- اینها هم در مؤتمر شرکت کرده بودند. وقتی به مرز رسیدیم در آن طرف سیم خاردارها مسجد مخروبه ای در تصرف اسرائیل باقی مانده بود.

با دیدن این منظره، مرحوم نواب صفوی روی تخته سنگی پرید و گفت: «دوستان آماده هستید برویم و در آن مسجد که در اشغال اسرائیلیها و صهیونیستهاست نماز بخوانیم؟» او چنان با هیجان صحبت کرد که همه لبیک گفتند و نواب صفوی سیم خاردار را با دست و پایش پایین کشید و هر چهل نفر عبور کرده و رفتیم در آن مسجد به امامت نواب صفوی نماز جماعت خواندیم و برگشتیم. از احمد سوکارنو نقل می کرد، بعد از اینکه دو رکعت نماز تهیت در مسجد خواندیم و برگشتیم، گفت این پسر پیغمبر فکر نکرد اگر یک سرباز اسرائیلی با مسلسل هایی که دستشان بود ماشه را می چکاند همه ما هم کشته شده بودیم چون به سرزمین اشغالی قدم گذاشته بودیم نواب صفوی در جواب او لبخند ملیحی زد و گفت: «اتفاقاً آرزویم این بود که در اینجا شهید بشویم، ما نماینده ملتهای مسلمان منطقه هستیم، در حالی که دولتهای مسلمان منطقه مزدور هستند و ملتهای مسلمان منطقه را در خواب فرو برده اند و هنوز نمی دانند در این قسمت از دنیای اسلامی چه فاجعه ای اتفاق افتاده. دلم می خواست یک سرباز اسرائیلی ماشه را می چکاند و همۀ ما شهید می‌شدیم، شاید ملتهای اسلامی تحریک میشدند و با شهادت ما علیه اسرائیل قیام می کردند. »(منبع: پانزده خرداد، مجله بهار ۱۳۸۹، شماره ۲۳)