شواهد نشان می‌دهد که موضوع پذیرایی زائران حضرت رضا(ع) در مهمانسرای حضرت، قبل از قرن نهم هجری معمول بوده است ولی مأخذ و مدارک به دست آمده نشانگر این است که از اوایل دوره‌ی صفویه به بعد، این امر رواج یافته است.
هزینه‌های مهمانسرای حضرت از محل عواید موقوفات و نذورات مربوطه تأمین می‌شود و هم‌اکنون روزانه بیش از 5 هزار نفر زائر و خادم در مهمانسرای حضرت پذیرایی می‌شوند.
علاوه بر پذیرایی روزانه، برنامه‌های دیگری بر اساس نیات واقفین و اجرای مفاد وقف نامه‌ها، در طول سال به مناسبت‌های مختلف به اجرا در می‌آید که از جمله آن می‌توان به پذیرایی از یک هزار طلبه در سالروز ولادت حضرت علی(ع)، پذیرایی از مدعوین در سالروز میلاد امام حسین(ع)، پذیرایی از هزاران نفر در سال‌روز میلاد امام رضا(ع) و پذیرایی در روز میلاد امام زمان(عج) و پذیرایی از زوار و کارکنان آستان قدس رضوی در شب‌های روضه‌خوانی و شهادت امام رضا(ع) اشاره کرد.
«عتیق علی بن احمد طوسی»، « شاه عبّاس صفوی»، «مهدی‌قلی خان میرآخورباشی»، «آقا کافور خزانه دار»، «مختار بیگ منشی و دیگران»، «برهان الدین محمّد»، «قمرنساء خانم دختر میرزا بدیع»، «محمود بیگا»، «جعفرقلی بیگا امیر شکار باشی»، «رقیه بیگم دختر میرزا عزیز الله فندرسکی»، «بی‌بی مرضیه خانم ملقّب به صدرالحاجیه»، «کارکنان و نواب سرکار علیه» و «حاجی تیمور پاشاخان» نام واقفان نیکو سیرتی است که رقباتی را برای مهمانسرای حضرت رضا(ع) وقف کرده اند.
«امیرحسین خان شجاع الدوله ایلخانی»، «میرزا حسین فرزند سیّد محمّد جعفر محرّر»، «مهدی قلیخان قرائی»، «میرزا فتحعلی خان صاحب دیوان»، «عبدالحسین تاجر تهرانی»، «میرزا محمود خان نوری»، «حاج محمّد جاغرقی»، «حاج غلامرضا تاجر تربتی»، «بانو کوچک آغا صنعی(افخم السلطنه)»، «محمود مکرّم»، «حاج کاظم غراب»، «حسین حجّاری زنجانی»، «حاج عباس برنجیان»، «مصطفی قلی رام و هوشنگ رام»، «مجدالدّین مدنی» و«فضّان غریبی لورون» از دیگر واقفان مهمانسرای حضرت رضا(ع) است.
گستره جغرافیایی موقوفاتی که برای مهمانسرای حضرت رضا(ع) وقف شده است شامل؛ مشهد، چناران، گرگان، بابل، یزد، خوی، تربت حیدریه، کاشمر، جاغرق، قوچان، نیشابور و اردبیل است که بیش‌ترین این موقوفات در شهرستان مشهد و چناران است.
قدیمی‌ترین و بزرگ‌ترین موقوفه‌ای که ویژه مهمانسرای حضرت رضا(ع) وقف شده مربوط به وقف نامه مرحوم «عتیقی» در سال 931 هجری قدیمی است که در فهرست موقوفات ثبتی آستان قدس رضوی این موقوفه از قدیمی‌ترین موقوفه‌ها است.
سه رقبه موقوفه‌ای که برای مصارف مهمانسرا وقف حضرت رضا(ع) شده است، در سال‌های بعد از پیروزی شکوهمند انقلاب اسلامی است، که آخرین وقف‌نامه مربوط به سال 1382 هجری شمسی است.
در بین واقفان نیکوکاری که برای مهمانسرا وقف حضرت رضا(ع) شده است، نام چهار واقف زن(قمرنساء خانم دختر میرزا بدیع، رقیه بیگم دختر میرزا عزیز الله فندرسکی، بی‌بی مرضیه خانم ملقّب به صدرالحاجیه و بانو کوچک آغا صنعی) به چشم می خورد.