وی در تفسیر موضوعی قرآن، جلد ۱۷ صفحه ۲۴۱ در بحث «جامعه در قرآن» تصریح کرد: در بسیاری از آیات قرآن، خداوند به شدّت از رفتار اجتماعی منافقان انتقاد می‌کند و مؤمنان را از دوستی با آنان باز می‌دارد.

وی در ادامه به تبیین برخی ویژگی‌های منافقان پرداخت و اظهار کرد: منافقان با خدا و مؤمنان خدعه می‌کنند، آنها با کافران پیمان دوستی می بندند نه با مسلمانان، به همین جهت خداوند منافقین را با کافران در جهنم گردهم می‌آورد.

به گفته آیت الله جوادی آملی، این اجتماع در جهنم، موقت است و به معنای هم‌رتبه بودن نیست، زیرا درکات منافقان از کافران پایین تر است.

وی اظهار داشت: بدترین خیانت در جنگ‌های پیامبر اکرم (ص) در مدینه متعلق به آن‌هاست.

آیت‌الله جوادی آملی یادآور شد: از این رو خداوند به پیامبرش دستور «جهاد خاص» با آنان را صادر فرمود.