ناگاتومو در سال ۲۰۱۱ و با درخواست لئوناردو از چزنا به اینتر پیوست و علیرغم نارضایتی های عمومی از سوی هواداران اینتر، طی این سالها حتی بازوبند کاپیتانی نراتزوری ها را نیز بر بازو بسته است. اشتباه عجیب ابتدای هفته او برابر ناپولی روی صحنه گل مرتنس، انتقادها را از این مدافع به اوج رسانده است.

ناگاتومو گفت: "در لیگ ایتالیا اگر شما عملکرد خوبی داشته باشید مانند خدا با شما برخورد می شود اما اگر اشتباهی از شما سر بزند با شما همانند مجرمان برخورد می کنند. در چنین محیط خشنی معدود افرادی می توانند به کار خود ادامه دهند و من به خودم افتخار می کنم که ۷ سال است در این باشگاه به کارم ادامه داده ام. این شرایط به من قدرتی می دهد که نگاه خود را معطوف به آینده کنم."