سید جواد خامنه‌ای متولد جمادی الآخر 1313 در نجف اشرف بود. دو سه ساله بود که در بازگشت خانواده به آذربایجان به تبریز آمد. دوران نوجوانی را در جریان رخدادهای نهضت مشروطه گذراند و جنگ‌های محله امیرخیز، شهادت ثقه‌الاسلام و جنازه به دار کشیده او در روز عاشورا  و سخنرانی‌های پرشور و بلند شوهر خواهر خود، شیخ محمد خیابانی را که گاه تا 4 ساعت ادامه می‌یافت از نزدیک دید.
خانواده‌اش همه عالمان دین بودند و برای همین سر از حوزه علمیه درآورد. علوم مقدماتی را در مدارس تبریز خواند. حدود 9 ماه در مشهد توقف کرد. فضای معنوی و علمی شهر او را ترغیب کرد که اینجا بماند، اما مادرش امر کرده بود که به شهر خودشان بازگردد. نگذاشت حرف مادرش زمین بماند و به تبریز بازگشت. در این مدت مادرش از دنیا رفته بود. مدتی بعد با ناراحتی‌ای عمیق از مرگ مادر، تصمیم گرفت که برای همیشه مجاور 
امام رضا(ع)شود. می‌گویند در این زمان شاهراه (جاده تهران به مشهد) نا امن بود و راهزن‌های منطقه استرآباد مدام در تاخت و تاز به این جاده بودند.
 او به بادکوبه رفت و از طریق بحر خزر راهی عشق‌آباد شد و از آنجا به خراسان رسید. وی در مشهد نزد آقایان حاج سید حسن قمی، میرزا محمد آیت‌الله‌زاده خراسانی، حاج فاضل خراسانی و میرزا مهدی اصفهانی تلمذ کرد.
در مشهد به عنوان یک مجتهد و عالمی صاحب نظر به تشکیل حوزه تدریس اقدام نکرد. شاگردان خصوصی و گاه موقت داشت که غیر از فرزندان، می‌توان از حاج میرزا نصرالله شبستری از روحانیون تبریز و حاج میرزا حسین زاده عبایی از علمای مشهد یاد کرده و نماز صبح را با اندکی تأخیر و نیز تأنی می‌خواند از این رو مأمومین خاص داشت.
وی بسیار ساده زیست، قانع و زاهد بود و دلبستگی دنیوی نداشت. پیکری لاغر اما سالم داشت. کم غذا می‌خورد. بسیار قناعت‌پیشه بود و گذر زمان نیز کیفیت معیشت او را دچار دگرگونی نکرد. 
به نظر می‌رسد تن دادن به این نوع زندگی، نه از سر اجبار بلکه یک انتخاب بود، چون همسر او نیز به این گزینش زندگی احترام می‌گذاشت.
آیت الله سید جواد خامنه‌ای 15تیرماه سال1365 در مشهد درگذشت و پیکرش را در توحیدخانه به خاک سپردند. سی و دومین سالگرد فوت این عالم مردمی، بهانه‌ای شد تا سری بزنیم به محله‌ و مسجدی که او سال‌ها در آنجا زندگی کرد و نماز خواند.
 
■ کوچه حوض نصرت الملک
آخوندخراسانی12، کوچه آیت الله خامنه‌ای. آدرس نسبتاً سر راستی که قرار است ما را به خانه و حسینیه مرحوم سید جواد خامنه‌ای برساند. البته نشانی دقیقش این طور است. راسته بازار سرشور.کوچه حوض نصرت الملک. خیابانی قدیمی در محله‌ای تاریخی که بیشتر از خانه پدری مقام معظم رهبری، گرمابه سعدی‌اش معروف است که بعد از 80-70 سال هنوز چراغش روشن است و مشتری دارد. بافت کوچه نسبت به آن سال‌هایی که سید جواد در آن زندگی می‌کرد خیلی تغییر کرده است. فقط چند نمای قدیمی از خانه‌های تاریخی محدوده باقی مانده که همان‌ها هم معلوم نیست تا کِی دوام بیاورند. هیچ تابلویی هم وجود ندارد که نشان بدهد خانه و حسینیه آیت الله کدام سمت است.همین آدرس پرسیدن بهانه خوبی می‌شود تا با اهالی و ریش سفیدهای خیابان سر صحبت را باز کنیم و ببینیم که کدامشان آیت‌الله را می‌شناسند و خاطره‌ای از او دارند. سرتاسر کوچه که روزگاری جزو محلات فقیرنشین بوده است پُر شده از انواع و اقسام هتل و زائرسراهای مختلف. مثل دیگر کوچه و خیابان‌های اطراف حرم، همه قدیمی‌ها یا فوت کرده‌اند، یا اینکه حوصله شلوغی بیش از حد محله را نداشته‌اند و عطای خانه نزدیک حرم را به لقایش بخشیده وکوچ کرده‌اند. برای همین از هرکسی که نشانی می‌پرسیم، «مشهدی نیستم» و «نمی‌دانمی» تحویلمان می‌دهد تا اینکه سرانجام یک نفر ما را به حاجی عارفی معرفی می‌کند و می‌گوید از او بپرسید. حاجی آدرس نصفه ونیمه‌ای می‌دهد و وقتی از او در مورد سید جواد خامنه‌ای می‌پرسیم، بلافاصله جواب می‌دهد: بله. مگر می‌شود همسایه‌مان را نشناسیم. البته رابطه آن چنانی باهم نداشتیم و گاهی وقت‌ها که در کوچه می‌دیدمشان سلام و احوالی می‌کردیم. 
حاجی عارفی نشانی چند نفر دیگر از قدیمی‌ها را می‌دهد و می‌گوید این‌ها اطلاعاتشان بیشتر از من است؛ اما آن‌ها هم خیلی چیزی نمی‌دانند و تنها شناختشان از آیت الله سید جواد خامنه‌ای همان سلام و علیک موقع نماز ظهر است که ایشان از خانه بیرون می‌آمدند، یکی دو خاطره از کودکی‌های فرزندان آ سید جواد و نهایتاً اسمی است که برخی مردم سید جواد را با آن صدا می‌زدند و می‌شناختند. کربلایی آقا! لقبی که حتی ننه غلام هم در دیدار با رهبری آن را به کار می‌برد و می‌گوید: پدر شما کربلایی آقا بود. شما حاج آقایید. بعد هم آقا لبخندی می‌زنند و می‌گویند: نه، آقا هم که مکه رفته بودند.  ننه غلام هم با تعجب جواب می‌دهد که راستی؟ ما که می‌گفتیم کربلایی آقا. خدا رحمتش کند.  دست آخر هم رهبری می‌گویند که:{پدرم} این همه پول خرج کردند مکه رفتند، آخرش هم ننه غلام می‌گوید کربلایی آقا. 
 
■ هیچ تغییری نکرده است
سرانجام بعد از چندباری آدرس پرسیدن، خانه و حسینیه را پیدا می‌کنیم، هرچه زنگ می‌زنیم تا کسی در را باز کند و بگذارد داخل را ببینیم، فایده‌ای ندارد. هیچ کس نیست. همسایه‌ها هم نمی‌دانند که خادم و متصدی حسینیه کِی می‌آید. ساختمان حسینیه که داد می‌زند که سال ساختش مربوط به دهه هفتاد و همان حوالی است. بیت مرحوم اما درست پشت حسینیه است. از پشت درخت انجیر تنها چیزهایی که مشخص است، پنجره‌های چوبی و نمای قدیمی ساختمان است. معلوم است که ساختمان دست کم عمری70-60 ساله دارد و در طول این سال‌ها هیچ تغییری نکرده و فقط انگار دستی به سر و رویش کشیده‌اند. یکی از همان همسایه‌ها که چند دقیقه پیش گفته بود نمی‌داند مسئول حسینیه و بیت مرحوم چه موقع می‌آید، بیرون می‌آید تا از او درباره خودِ آیت الله و خانه‌شان سؤال کنیم. می‌گوید بعد از فوت کربلایی آقا در این محله ساکن شده‌اند و چیزی از او نمی‌داند، جز مطالبی که از زبان برخی هم محله‌ای‌ها شنیده و در کتاب‌ها خوانده است. درمورد خانه هم می‌گوید: «کل خانه هفتاد هشتاد متری بیشتر نیست و هنوز مثل همان قدیم‌هاست. فقط کمی برای روضه‌خوانی‌ها مرتبش کرده‌اند.» بعد هم ارجاعمان می‌دهد به صحبت‌های رهبری و ادامه می‌دهد که همه آن چیزی که در مورد این خانه گفته‌اند عین واقعیت است و هیچ تغییری نکرده. مقام معظم رهبری در خاطراتشان در مورد خانه پدری‌شان می‌گویند: «منزل پدری من که در آن متولد شده‌ام – تا چهار، پنج سالگی من – یک خانه 70 – 60 متری در محله فقیرنشین مشهد بود که فقط یک اتاق داشت و یک زیر زمین تاریک و خفه‌ای! هنگامی که برای پدرم میهمان می‌آمد (و معمولاً پدر بنا بر این که روحانی و محل مراجعه مردم بود، میهمان داشت) همه ما باید به زیرزمین می‌رفتیم تا میهمان برود. بعد عده‌ای که به پدر ارادتی داشتند، زمین کوچکی را کنار این منزل خریده به آن اضافه کردند و ما دارای سه اتاق شدیم.» 
درکتاب شرح اسم هم هدایت الله بهبودی می‌نویسد: «آیت الله سید علی حسینی خامنه‌ای، چهارشنبه ۲۹ فروردین 1318 در مشهد مقدس به دنیا آمد؛ در خانه‌ای محقر، در حوالی بازار سرشور. کوچه حوض نصرت الملک. این خانه، در میان کوچه‌ای که از سر آن صدای نخستین چاپخانه سربی مشهد، مطبعه خراسان، بلند می‌شد، ساخته شده بود. در جنوبی خانه به حیاطی کوچک باز می‌شود؛ در بعدی، به راهرو باریک و کوتاهی که در دوش راست خود آشپزخانه و در دوش چپ خود اتاقی دارد. پله ها. با یک پاگرد به طبقه دوم می‌رسد و اتاقی که صفه پدر است. تیرهای چوبی هر دو طبقه، اعیان این عرصه هفتاد متری را سر پا نگه داشته‌اند.» این توضیحات را که به او نشان می‌دهیم، می‌گوید: دقیقاً همین است و همان طور که گفتم خانه خیلی دست نخورده و حتی کابینت‌هایش را هم عوض نکرده‌اند. 
 
■ حتی جای نشستنش را هم عوض نکرد
آیت الله تا آخر عمر در همین خانه زندگی کرد و حتی جای نشستنش را هم عوض نکرد. سیدمحمدعلی قاضی طباطبایی وقتی در سال ۱۳۵۱ به مشهد رفت، هنگام ملاقات با آیت‌الله حاج سید جواد خامنه‌ای، خطاب به فرزندان او گفت: « من چهل سال قبل با پدرم،آیت الله حاج میرزاباقر قاضی طباطبایی از تبریز به مشهد آمدم و برای دیدن آقا، سری به ایشان زدیم. آقا در چهل سال پیش همان جایی نشسته بود که الآن نشسته و من همان جایی نشسته‌ام که پدرم نشسته بود؛ این اتاق و این خانه کمترین تغییری نکرده است».
کربلایی آقا حتی کاری نداشت که حالا چون پسرش رئیس جمهور شده، باید خانه را عوض کند و برود جای بهتر شهر. مقام معظم رهبری نقل می‌کنند: « بنده رئیس جمهور بودم و امکانات این کشور تا حدودی که در اختیار رئیس جمهور بود، در اختیار بنده بود؛ - اما این پیرمرد و پیرزن کوچک‌ترین توقعی نداشتند که این خانه را تبدیل به احسن کنند یا دستی به سروصورتش بکشند. پدرم تاسال ۶۵ و مادرم تا انتهای دوران ریاست جمهوری در همین خانه زندگی می‌کردند؛ اما این خانه کمترین تغییری در جهت کامل شدن پیدانکرد. این برای جمهوری اسلامی مایه افتخار و مباهات است. البته فضل این کار به من برنمی‌گردد. به آن دو بزرگوار برمی گردد که به معنای واقعی کلمه زاهد و به زخارف وظواهر دنیا بی رغبت بودند. برای آن‌ها اهمیتی نداشت که چگونه وکجازندگی کنند. وقتی پدر من فوت کرد، وسایل این خانه غیر از کتاب‌های ایشان که خودش باب جداگانه‌ای بود از صدر تا ذیل، حدود ۴۵ هزار تومان شد؛ در حالی که آن روز اگر می‌خواستند ۴۵ هزار تومان را مصرف کنند، نمی‌شدمثلاًیک یخچال ویک گاز بخرند؛ این در حالی بود که ایشان پنجاه سال در این شهر امام جماعت وروحانی موجه و دارای علاقه مندان زیاد بودند. گذشتگان ما این طور زندگی کردند.
 
■ مسجدی که نامش با کربلایی آقا گره خورده 
مقصد بعدی‌مان مسجد صدیقی‌ها یا همان آذربایجانی‌هاست. جایی که آقا از سال1311 امام جماعت آن شده بود که آن زمان یکی از مساجد بازار بود و کلی نمازگزار داشت. عده‌ای هم‌ولایتی‌ها و هم زبانان خودشان بودند و عده دیگر هم کاسبان بازار. مسجد صدیقی‌ها الآن درست روبه روی موزه مردم شناسی و صحن غدیر است. باساختمانی بازسازی شده وشیک. هیچ نشانی هم از آن روزهای قدیمی‌اش ندارد. نام این مسجد با آیت الله سید جواد خامنه‌ای گره خورده و برای همین قاب عکس بزرگ ایشان روی دیوار مسجد نصب شده است. نمازگزاران فعلی مسجد همه زائرانی هستند که از گوشه و کنار ایران برای زیارت آمده‌اند و اتفاقاً موقع ورود عکس آیت الله روی دیوار دیده‌ و متوجه شده‌اند که پدر رهبر انقلاب بیش از 50سال پیشنماز این مسجد بوده‌اند و برای بازاریان منبر می‌رفتند. مقام معظم رهبری سال ۱۳۶۱، در مصاحبه‌ای با مرکز اسناد انقلاب اسلامی، درباره پدرشان می‌فرمایند: «ایشان در ماه رمضان‌ها بعد از نماز، صحبت می‌کردند، منبر می‌رفتند. منبرِ اخلاقیِ خوبی بود، برای مردم مفید بود، آن عده مردمی که پای منبرشان می‌آمدند، خیلی مفید بود برایشان. و دوران سال هم، مدت طولانی‌ای ـ که من یادم است، چند سال ـ ایشان بعد از نماز مغرب و عشا روی منبر معارف می‌گفتند، باز برای مردم؛ جمع می‌شدند مردم، کسبه، بازاری‌ها، همان‌هایی که [در] نماز ایشان [حاضر] بودند، درس معارف ایشان می‌نشستند. ایشان معارف می‌گفت؛ توحید، نبوت، معاد. یادم هست محور بحث ایشان هم کفایه الموحدین [فی عقاید الدین] بود، که خب کتاب معروفی است و ایشان خیلی آن کتاب را دوست داشتند و به آن معتقد بودند، می‌گفتند کتاب خیلی خوبی است. بعدها من یک‌وقت‌هایی مراجعه کردم، همین‌طور هم بود، واقعاً کتاب پرمحتوا و پرمغزی‌ست. آن، محور بحث ایشان بود و زیاد تشریح می‌کردند برای مردم.»