امام هیچ‌گاه‌ در مناظرات خشمگین‌ نمی‎شد، حتی اگر سخنان باطل می‎شنید. با مبانی‌ طرف مقابل استدلال و انصاف را رعایت می‌کرد. از جمله دعوت عملیِ حضرت به اخلاق و دین، رها کردن مناظرات برای انجام‌ فریضه‌ نماز در اول وقت بود.

علاوه بر این، توجه به بعد تعالی‎بخشی‌ و آزاداندیشی‌ از دیگر ویژگی‎های مناظرات امام(ع) است. نمونه‌‎ای از این آزاداندیشی را زمانی می‌بینیم که ایشان با پایان یافتن مناظره، رو به رؤسای ادیان کرد و فرمود: «ای قوم، اگر در میان‌ شما کسی‌ مخالف اسلام است و سؤالی دارد، هر سؤالی که می‎خواهد بدون هیچ‌ خجالتی‌ مطرح کند». امام رضا(ع) در مناظرات علمی با بزرگان ادیان و مذاهب با احاطه‌ علمی‌ خود، افسار افکار را به دست می‎گرفت و با تکیه بر اصول مشترک‌ میان‌ ادیان‌ و استدلال‎های طرف مقابل، فرد را وادار به اعتراف می‎کرد. امام رضا(ع) از نقدهای نابجا و تخریبی پرهیز می‎نمود. نکته مهم در مناظرات حضرت رعایت اخلاق بود. امام‌ رضا(ع) در مناظرات خود هیچ‌گاه‌ به‌ «نقد شخصیت‌» نمی‎پرداخت‌، حتی اگر طرف‌ مقابل‌ این کار را می‎کرد، تنها استدلال‎های آن‌ها را مورد نظر قرار می‎داد. به‌عنوان‌ نمونه هنگام مناظره با جاثلیق، امام‌(ع) هیچ‌گاه‌ این‌ عالم‌ مسیحی‌ را نقد نکرد، اما او از تنها فرصتی که بدست آورد امام را نقد و ایشان را به جهل و ناتوانی علمی متهم کرد.

امام(ع) در هیچ جای مناظره مخاطبان خود را متهم به دروغگویی نمی‎کرد بلکه در همه موارد، نقاط اشتباه و انحراف آنان را تذکر می‎داد؛ همواره از «منابع مورد قبول طرف مقابل‌» استفاده می‎کرد و این نکته بسیار شگفت‎انگیزی است. از اصول اخلاقی و مهارت‎های مهم‌ مناظره‌ این است که انسان در مناظره علاوه بر استفاده از ادله عقلی، از منابعی استفاده کند که طرف مناظره هم آن را قبول دارد. به‌عنوان نمونه در مناظره‌ امام(ع)‌ با جاثلیق، وقتی عالم مسیحی به مأمون گفت: «چگونه با کسی بحث کنم که به کتابی استدلال می‎کند که من آن را قبول ندارم و به ‌گفتار پیامبری احتجاج‌ می‎کند که من به او ایمان ندارم؟» حضرت(ع) فرمود: ‌ای مرد مسیحی، اگر از انجیل برای تو دلیل بیاورم، آیا می‏‎پذیری؟ جاثلیق گفت: «آیا می‎توانم آنچه را انجیل فرموده، رد کنم؟ به‌خدا سوگند برخلاف میل باطنی‎ام، خواهم پذیرفت‌».

همچنین آشنایی و تسلط کامل بر منابع دینیِ طرف مناظره یکی‌ دیگر از اخلاقیات علمی و مهارت‎ها در گفت‌وگو است که در مناظرات امام رضا(ع) شاهد هستیم.

امام رضا(ع) به مناظره‎کنندگان فرصت دفاع می‎داد زیرا «فرصت‌ سؤال‌ و دفاع به طرف مقابل» از دیگر شاخصه‎های «مجادله نیکو» است. در جلسه مهمی که تمام سران ادیان و مذاهب حضور داشتند یکی از مسائلی که امام رضا(ع) کاملاً‌ رعایت می‌کرد، میدان دادن به‌ طرف‌‎های مقابل‌ بود. حضرت(ع) در مناظره هرگز حالت‌ تهاجمی نمی‌گرفت و شروع به پرسش نمی‌کرد بلکه با حوصله فراوان به مخالفان میدان می‎داد تا اگر خواستند، پیش‌قدم شوند.

اخلاق مناظراتی امام رضا(ع) و مناظرات اخلاقی ایشان شامل «اخلاق علمی» و «اخلاق عملی» بود. اخلاقی که شامل نداشتن خودستایی و خود برتربینی هنگام غلبه، رعایت انصاف، تکریم و احترام و زیرکی و کیاست امام(ع) می‌شد.