این تالاب پیش از آغاز خشکسالی‌های اخیر، علاوه بر ایجاد فضای فرحبخش در شرق اصفهان، مأمن پرندگان مهاجر و جانوران آبی و منبع درآمد و آسایش ساکنان این منطقه بود؛ اما به دلیل کمبود منابع آبی و نرسیدن آب زاینده‌رود به آن در معرض خشکی قرار گرفت.
به گفته کارشناسان، ادامه این روند می‌تواند تالاب بین‌المللی گاوخونی را به کانون تولید گرد و غبار تبدیل کند و تا شعاع ۵۰۰کیلومتری خود را تحت تأثیر قرار دهد. بنابراین تأمین حقابه آن ضروری است.
شکایت قضایی اداره ‌کل حفاظت محیط زیست استان اصفهان به دلیل تأمین نشدن حقابه تالاب گاوخونی از شرکت آب منطقه‌ای، مدیر حوضه آبریز زاینده‌رود و شرکت مدیریت منابع آب سبب شد هشتم آذر سال ۱۴۰۲ آب از سد «رودَشتِین» به سمت تالاب بین‌المللی گاوخونی جاری شود و با پیگیری‌ دوباره اداره کل حفاظت محیط زیست و مجموعه مدیریت استان اصفهان برای رسیدن آب به تالاب، سد زاینده‌رود نیز به مدت چند روز باز شد. 
استمرار جریان رودخانه به‌ منظور تأمین بخشی از حقابه زیست‌محیطی تالاب گاوخونی به مدت ۱۷ روز در آذر پارسال موجب شد حدود ۱۰ میلیون مترمکعب آب به این تالاب برسد.

پیگیری قضایی 
مدیرکل حفاظت محیط زیست اصفهان از تفکیک حقابه تالاب گاوخونی با آب رها شده برای کشاورزی خبر داده و می‌گوید: ما توانستیم این حقابه را به صورت مستقل و به میزان ۱۷۶ میلیون مترمکعب که در منابع و مصارف پیش‌بینی شده بود، برای تالاب در نظر بگیریم.
لاهیجان‌زاده ادامه می‌دهد: پیگیری‌های قضایی در سال گذشته نیز به رهاسازی آب در پاییز برای تالاب گاوخونی منجر شد و مصمم به استمرار این کار به‌ منظور تأمین حقابه تالاب با همکاری شرکت آب منطقه‌ای هستیم.
 وی با بیان اینکه خشکی تالاب گاوخونی نتیجه‌ای جز طغیان ریزگردها به استان‌های اصفهان، تهران و یزد نخواهد داشت، می‌افزاید: از این رو حقابه این تالاب را به عنوان یک مطالبه مردمی و ملی دنبال می‌کنیم.
لاهیجان‌زاده با اشاره به همراهی کشاورزان شرق اصفهان و سازمان‌های مردم‌نهاد در تأمین حقابه تالاب گاوخونی اظهار می‌کند: انتظار می‌رفت بیش از ۲۰ میلیون مترمکعب حقابه تالاب گاوخونی تأمین شود که این مهم رقم نخورد؛ اما مرطوب شدن بستر تالاب نیز حرکت رو به جلویی بود که با پیگیری اداره کل حفاظت محیط زیست، انجمن‌های محیط زیست استان، نیروهای خودجوش مردمی و از خودگذشتگی کشاورزان شرق اصفهان رقم خورد.

تبعات زیست‌محیطی
یک بوم‌شناس و فعال محیط زیست نیز معتقد است آن‌هایی که حقابه را تعیین یا تأمین می‌کنند، باید حقابه تالاب گاوخونی را مانند یک دریاچه معتبر مثل دریاچه ارومیه تعیین کنند و بپردازند در غیر این صورت تبعات زیاد محیط زیستی به این تالاب، شهرستان‌ها و روستاهای اطرف آن وارد خواهد آمد.
اسماعیل کهرم ادامه می‌دهد: آثار زیانبار خشک شدن تالاب گاوخونی که درست در مرکز ایران قرار دارد، فقط منحصر به تالاب نیست بلکه یک محوطه بسیار وسیع که از رطوبت آن زنده نگه داشته می‌شود، محروم خواهد شد.
وی با اشاره به اینکه حق حقابه تالاب گاوخونی هم به لحاظ مادی و هم به لحاظ مسائل محیط زیستی بیش از حق کشاورزان است، می‌افزاید: متولیان تأمین حقابه گاوخونی باید این موضوع را لحاظ کنند که تبعات مرگ گاوخونی و خسارت‌های مالی و محیط زیستی‌اش به مراتب بیشتر از خسارت‌ها و زیان‌هایی است که به کشاورزان وارد می‌شود.
کهرم این نکته را نیز خاطرنشان می‌کند که وظیفه شرکت آب منطقه‌ای این است آب را به مقصدی که حقابه دارد برساند. اینکه آن‌ها می‌گویند آب را رها می‌کنند و آبی به تالاب نمی‌رسد، فرافکنی است. آن‌ها وظایفشان را فراموش کرده‌اند.

کانون جدید گرد و غبار
مدیرکل مدیریت بحران استانداری اصفهان  نیز از تالاب گاوخونی به عنوان یکی از کانون‌های جدید گرد و غبار یاد کرده و می‌گوید: لازم است اعتبارات ملی توسط سازمان منابع طبیعی و سازمان برنامه و بودجه برای تداوم کنترل کانون‌های فرسایش بادی استان در یک‌میلیون هکتار اولویت‌دار مطالعه شده اختصاص یابد.
منصور شیشه‌فروش خاطرنشان می‌کند: همچنین وزارت نیرو باید در راستای تأمین حقابه‌های زیست‌محیطی کشاورزی و فضای سبز زاینده‌رود اقدام و ۱۷۶ میلیون مترمکعب حقابه تالاب گاوخونی را که مطالعه شده، به استان تخصیص دهند.

بی‌تدبیری وزارت نیرو 
معاون محیط زیست طبیعی و تنوع زیستی اداره کل حفاظت محیط زیست استان اصفهان نیز وضعیت تالاب گاوخونی به لحاظ خشکی و عدم دریافت حقابه‌ها را بحرانی خوانده و می‌گوید: بر اساس ضوابط، وزارت نیرو موظف به تأمین حقابه تالاب‌هاست و ما رهاسازی آب به سمت تالاب گاوخونی را به جد پیگیری خواهیم کرد.
 حسین اکبری از عدم تعهد وزارت نیرو به حقابه این تالاب سخن گفته و خاطرنشان می‌کند:  ممکن است وزارت نیرو حقابه محیط زیست و تالاب بین‌المللی گاوخونی را روی کاغذ بیاورد؛ اما در عمل آن را حذف می‌کند.
وی شاهد این ادعای خود را بسته بودن سد رودشتین که تنها ۸۵کیلومتر با تالاب فاصله دارد، عنوان می‌کند و می‌افزاید: این نشان می‌دهد حتی وقتی آب در بستر زاینده‌رود برای کشاورزان شرق استان جریان داشته باشد، بازهم آبی به تالاب گاوخونی راه پیدا نمی‌کند.

حقابه تاریخی 
وی با بیان اینکه گاوخونی، حقابه تاریخی دارد؛ اما این موضوع مدت‌هاست نادیده گرفته شده، ادامه می‌دهد: امسال وضعیت بارش‌ها به خصوص در بهار مناسب بود. در نتیجه انتظار بر این است وزارت نیرو به وظایفش عمل کند و آب برای تالاب گاوخونی به صورت مؤثری رهاسازی شود.
اکبری تصریح می‌کند: وزارت نیرو باید در رهاسازی آب به منظور تأمین بخشی از حقابه تالاب گاوخونی، برنامه زمانی و میزان مشخص آب را به ما اعلام کند؛ اینکه در چه زمانی و چه مقدار آب مختص تالاب گاوخونی رهاسازی می‌شود.
وی خاطرنشان می‌کند: مطالعات دانشگاهی بر اساس حاکمیت شرایط خشکسالی، نرمال و ترسالی حداقل نیاز آبی تالاب گاوخونی و رودخانه زاینده رود را مشخص کرده و بر اساس این مطالعات، در شرایط خشکسالی هم امکان تأمین حدود ۸۰ میلیون مترمکعب آب برای تالاب گاوخونی وجود دارد.

پدیده بیابان‌زایی
معاون محیط زیست طبیعی و تنوع زیستی اداره کل حفاظت محیط زیست اصفهان تصریح می‌کند: متناسب با شرایط خشکسالی و ترسالی حقابه‌های کاربری‌های مختلف تغییر می‌کند؛ اما تأسف اینجاست که در شرایط خشکسالی به استثنای حقابه محیط زیست، حقابه سایر کاربری‌ها حذف نمی‌شود.
وی با بیان اینکه حداقل نیاز آبی تالاب در شرایط عادی بارش‌ها، ۱۷۶ میلیون مترمکعب در سال برآورد شده، اظهار می‌کند: برای تحقق این موضوع لازم است در زاینده‌رود، جریان دائمی و حداقلی برقرار باشد تا در ایستگاه شاخ کنار و ورودی تالاب گاوخونی، ۵/۵ مترمکعب آب بر ثانیه داشته باشیم.
به گفته اکبری، برای دریافت ۵/۵ مترمکعب آب بر ثانیه در ایستگاه شاخ کنار، باید آب بیشتری از سد زاینده‌رود رها شود و از شهر اصفهان بگذرد تا بتوان به این واسطه ۵/۵ مترمکعب آب در تالاب گاوخونی تحویل داد.
وی با بیان اینکه همچنان در شهر اصفهان و مرکز کشور شاهد تشدید پدیده بیابان‌زایی هستیم، ادامه می‌دهد: بیابان‌زایی از مخاطرات جدی این خطه محسوب می‌شود که بخش زیادی از آن مرتبط با خشکی زاینده‌رود و تالاب گاوخونی است.