از زمان مفقود شدنش در فاجعه منا تا چند ماه بعد که پیکرش بعد از پیگیری های بسیار در عربستان شناسایی شد، حرف و حدیث هایی بسیاری درباره نحوه فوت این دیپلمات منتشر شد اما حتی بازگشت پیکر وی به ایران و آزمایش های پزشکی قانونی هم فیصله بخش این ماجرا نبود و در واپسین روزهای سال ۹۴ رئیس سازمان پزشکی قانونی اعلام کرد بدلیل سپری شدن مدت زیادی از درگذشت آن مرحوم، عملا امکان مشخص کردن علت اصلی فوت وجود ندارد. در همین حال هفته گذشته
سایت« لبنان ديبايت» در گزارشی که نشان اختصاصی بر آن درج شده بود، از اسناد جدیدی درباره فوت دکتر رکن آبادی خبر داد، که بر اساس آن سعودی ها قلب وی را به بهانه جلوگیری از افساد بدن خارج کرده اند اما عملا با این کار امکان کشف علت مرگ را منتفی کرده اند.  

 ادامه ماجرای رکن آبادی
در این گزارش آمده است:«هنوز تبعات و عواقب موضوع  غضنفر رکن آبادی سفیر سابق ایران در بیروت که در جریان مراسم حج سال گذشته در عربستان سعودی جان خود را از دست داد، پایان نیافته است و همچنان آثار این حادثه بشدت بر روابط سعودی و ایران که از زمان حادثه ذکر شده، بحرانی شده، سایه افکنده است .
از آن زمان می توان فضای خشم‏آلود حاکم بر دولت و مردم ایران را به دقت ملاحظه نمود به نحوی که ایران به هیچ وجه از موضوع رکن آبادی کوتاه نیامده است و موضع شدیدی پیرامون این قضیه با عربستان سعودی اتخاذ کرده است. تشدید موضع ایران در این زمینه، زمانی که اعلام نمود «بر سر این موضوع به هیچ وجه کوتاه نمی آید» کاملا مشخص شد  تا آنجا که ایران آنچه برای رکن آبادی اتفاق افتاد را «دشمنی» (از جانب حکومت سعودی) تلقی کرد و اشاره هایی هم به احتمال ترور وی داشت.
فرضیه ترور رکن آبادی که بر زبان بسیاری از دولتمردان ایرانی جاری شده است بر
می‏گردد به گزارشات واصله به سایت دیبایت از طریق منابع بلند پایه دیپلماتیک.
منابع دیپلماتیک مذکور تاکید کرده اند که «در جریان تحقیقات مشخص شده است که رکن آبادی سه روز بعد از حادثه منا فوت کرده است و ادعای مقامات سعودی مبنی بر فوت وی در روز اول عاری از صحت است.
منابع مذکور با دروغ دانستن ادعای سعودی ها بیان می دارند که مقامات عربستان اظهارات متناقضی در این زمینه بیان کردند، یک بار گفتند در همان حادثه منا، رکن آبادی فورا فوت کرده است، بار دیگر فرضیه گم شدن را مطرح کردند و نهایتاً هم جسد متلاشی وی را به تهران تحویل دادند که شواهد نوعی قتل عمد را در خود پنهان نموده است. منابع دیپلماتیک برای اولین بار برای «لبنان ديبايت» اطلاعاتی در مورد جسد رکن آبادی که بعد از گذشت بیش از یک ماه از فوت ایشان به تهران رسید را فاش ساختند.  بنابر اظهارات منابع مذکور اعضای اصلی بدن از جسد (شهید) رکن آبادی خارج شده بود و جسد وی بدون اعضای ذکر شده با هدف پنهان نمودن دلایل این جنایت و از بین بردن نشانه های لازم برای دستیابی به حقیقت ماجرا به ایران ارسال شده بود.

 فرضیه های مشکوک پزشکی
منابع ذکر شده معتقدند دلیل جدا نمودن اعضای اصلی جسد بر این فرضیه پزشکی استوار است که بدون وجود اعضای اصلی بدن مانند قلب امکان تشریح و پی بردن به دلایل فوت امکان پذیر نیست. اطلاعات دریافتی توسط
«لبنان ديبايت» بر این موضوع تاکید دارد که قلب از جسد (شهید) رکن آبادی جدا شده بود و جسد بدون قلب بوده است. با این تفاصیل این فرضیه در اذهان قوت
می‏گیرد که اطلاعات ذکر شده دلالت بر امکان انجام عملیات ترور بر علیه دیپلمات ایرانی دارد. عملیاتی که در جریان آن کنترل از دست مقامات سعودی خارج شد و تبدیل به جنایتی شد که طی آن بر اساس گزارشات غیر رسمی 5 هزار نفر از حجاج از بین رفتند تا بتوانند این عملیات را پنهان کنند.»
در مجموع با عنایت به این گزارش و موارد مشابه دیگر این نکته قطعیت می یابد که فوت مرحوم رکن آبادی هنوز هم در هاله ای از ابهامات جدی قرار دارد و قطعا دستگاه دیپلماسی باید این موضوع را  تا حصول نتیجه متقن در دستور کار قرار دهد.