در گذشته دور مأموریت آستان قدس فقط متمرکز بر اداره حرم مطهر بوده است. ولی در دهه‌های اخیر به اقتضای تقاضای مردم و نیاز جامعه از یک سو و قابلیت‌ها و ظرفیت‌های آستان قدس رضوی، دایره خدمات آستان قدس به عرصه‌های متنوع فرهنگی، اجتماعی و... گسترش یافته است. به طور طبیعی ساختار توسعه این فعالیت‌ها نیز بتدریج حول ساختار قدیم و اولیه شکل گرفته و توسعه پیدا کرده است و افزوده شدن فعالیت‌های جدید حول ساختار قدیم، عوارضی را به همراه داشته است که فقدان تمرکز مدیریتی در حرم مطهر یکی از مهم‌ترین آن‌ها بوده است. 
علاوه بر آن، حکم رهبر معظم انقلاب به تولیت جدید آستان قدس رضوی بر حجم و کیفیت فعالیت‌های این آستان مقدس در همه عرصه‌ها افزوده و مأموریت‌های جدیدی را نیز مطالبه کرده است. طبیعی است که برای تحقق دوره جدید با مأموریت‌های ایجاد شده باید ساختار متناسب را ایجاد کرد. 
بر این اساس از ابتدای حضور تولیت جدید آستان قدس روند متناسب سازی ساختار آغاز شده است که تأسیس سازمان فرهنگی، معاونت امداد مستضعفان، معاونت علمی و معاونت برنامه‌ریزی برخی از همین اقدامات در راستای  ساماندهی ساختاری آستان قدس رضوی بوده است.  در این میان، حرم مطهر کانونی‌ترین نقطه خدمت رسانی آستان قدس رضوی به زائران و مجاوران بارگاه منور حضرت رضا(ع) است که در بند دوم حکم رهبر معظم انقلاب مورد تأکید قرار گرفته است. علاوه بر توجه به رفع برخی چالش‌ها همچون تمرکز مدیریتی در حرم مطهر، ضرورت داشت تا با نگاهی به آینده نسبت به بازنگری ساختاری نیز اقدام شود. 
روند حضور زائران در مشهد مقدس نشان می‌دهد که به طور طبیعی با گذشت زمان، حجم زوار افزایش می‌یابد. از سوی دیگر اراده آستان مقدس رضوی هم بر این است که برای توسعه زیارت و تسهیل آن تلاش نماید. فزون‌تر اینکه حجم و کیفیت خدمات فرهنگی به زوار محترم حرم مطهر باید افزایش یابد و آستان قدس رضوی در صدد ارتقای کیفیت زیارت است.
بنابراین تشکیل سازمان حرم مطهر اگرچه در نگاه اولیه با این هدف صورت گرفته تا چالش تکثر مدیریت در حرم مطهر را رفع و نوعی وحدت مدیریت ایجاد کرده و با ارتقای هماهنگی به ارائه خدمات با کیفیت‌تر به زائران گرامی منجر شود، اما محدود به این هدف نیست؛ بلکه خدمت بیشتر و با کیفیت‌تر به زائر و توسعه زیارت را نیز مد نظر دارد.
انتخاب الگوی «سازمان» محور به عنوان الگوی اصلاح ساختاری چند هدف راهبردی دیگر را هم به دنبال دارد. 
1. الگوی سازمان‌محور این زمینه را ایجاد می‌کند تا امور جاری در درون سازمان‌ها سامان بگیرد و با کاهش روندهای اداری سرعت ارائه خدمت افزایش می‌یابد. 
2. واگذاری اختیارات جاری به سازمان‌ها این زمینه را ایجاد می‌کند تا سطوح ارشد مدیریت آستان با فاصله گرفتن از امور جاری، بر امور راهبردی تمرکز کرده و زمینه راهبری هماهنگ آستان قدس را فراهم نمایند. 
3. تشکیل سازمان حرم مطهر زمینه رشد درون‌زای خدمات حرم و توسعه زیارت را فراهم می‌کند. اساساً توسعه خدمت باید مبتنی بر نهادهای درون‌زا شکل بگیرد و آستان قدس رضوی همین جهت گیری را انتخاب کرده است. 
با این حال تشکیل سازمان حرم قدم اولیه و نقطه آغازی برای تحقق این اهداف است که امید می‌رود با هم‌افزایی و اهتمام حداکثری به سرانجام مطلوب برسد.