مسئله‌ای که با واکنش مسعود معینی‌پور، مدیر شبکه چهار سیما نیز مواجه شد و او در توییتی با گلایه از منتقدان و پس از آنکه دیدگاه‌های موافقان این برنامه را ریتوییت کرده بود، نوشت: «به مدد خدا، پای ساخته و پخش شدن شوکران، زاویه، سوره و... همان کسی ایستاد که پای زندگی پس از زندگی ایستاده؛ آنان که سوگوار خرافه‌زدگی‌اند، نفوذ سکولاریسم و الحاد را نمی‌بینند؟! مانع طرح تجربه‌هایی که می‌تواند اعتقادات مردم را به مکتب اهل بیت و اسلام ناب تعمیق کند نباشید؛ کمک کنید به بهتر شدن کار».
واکنش‌های مدیر شبکه چهار زمانی به کف تایم‌لاین توییتر کشیده شد که حجت‌الاسلام رضا غلامی، رئیس مرکز پژوهش‌های علوم انسانیِ اسلامی صدرا در توییتی نوشته بود: «روایت‌های طرح شده در برنامه تلویزیونی زندگی پس از زندگی، از جهت علمی نه تنها ارتباط معناداری با مسئله روح و برزخ ندارد بلکه این روایت‌ها از جهت دینی قابل تأیید و استناد نیست» و همان زمان با توییت واکنشی معینی‌پور مواجه شد. او پس از «بلادلیل» خواندن نقد رضا غلامی این‌گونه پاسخ داد: «حضرات آیات جاودان و تحریری از علمای اخلاق،‌ استاد فیاضی استاد مسلّم فلسفه‌اسلامی و آیت‌الله‌ شب‌زنده‌دار فقیه ژرف‌اندیش برنامه را تأیید کردند. این‌ها بزرگان عرفان و برهان و فقه‌اند. آثار خوب برنامه نزد مخاطبِ عزیز هم مشهود است. نقدِ خوب کنید».
هر چند میدان نقد و نظر در خصوص این برنامه به اندازه‌ای پهن‌دامنه و وسیع است که نمی‌توان تمام دیدگاه‌ها را در چنین گزارشی پوشش داد، ولی سعی کردیم تا حد امکان گزیده‌ای از آن‌ها را به تناسب وزن طرفین این منازعه در ساحت اندیشه و علوم انسانی بگنجانیم. 

نقل و تحقیق در این شواهد و تجارب قدسی، در سنت دینی و حکمی ما همواره جایگاه ثابتی داشته است
دکتر سیدحسین شهرستانی، مدیر گروه حکمت هنر پژوهشکده فرهنگ و هنر اسلامی که باید او را در زمره موافقان رویکرد این برنامه به حساب آورد، زمانی که تیغ انتقادات به فصل دوم این برنامه زیاد شده بود، در یادداشتی با عنوان «نقدِ ابتذال و ابتذالِ نقد» با دفاع از برنامه زندگی پس از زندگی نوشت: «بنده بارها به نقدِ ابتذال در تولیدات هنری و رسانه‌ای دینی پرداخته‌ام اما وقتی می‌بینم خود «نقد» به ابتذال کشیده شده است دیگر نمی‌توانم سکوت کنم. آری، نوعی روشنفکرمآبی میان‌مایه در پهنه علوم انسانی و جامعه نخبگانی ما پرسه می‌زند و به سبب آن، نقادی به پرتاب‌کردن کلیشه‌های مبتذل به این‌سو و آن‌سو بدل شده است. نمونه‌اش برنامه بسیار خوب و محققانه زندگی پس از زندگی که یک سر و گردن از سایر تولیدات دینی تلویزیون بالاتر بود، با این کلیشه‌ها مورد تهاجم بی‌مبنا قرار گرفت. انگار عده‌ای نشسته‌اند تا کاری گُل کند و ناگهان خلاف پسند عموم و از موضع عالم و فرزانه یا عدالت‌خواه و افشاکننده‌ اسرار، دیگران را از خواب غفلت درآورند و باطن «سکولار» و «لیبرال» ماجرا را برملا کنند! آه که این برچسب‌های سکولار و لیبرال و اخیرا «نئولیبرال» مثل تفنگ اسباب‌بازی چگونه بین ما مصرف می‌شود! این «امر سیاسی» هم که به یک دالّ میان‌تهی ولی دهن‌پرکن تبدیل شده است!
برنامه یاد شده به واقعیتی تجربی که به مسئله حیات برزخی و به‌طور کلی آموزه معاد و ایمان به غیب بازگشت دارد می‌پردازد. این موضوع با درنظر گرفتن ملاحظات و به شیوه‌ای محققانه و با پشتوانه کارشناسی‌های دینی انجام شده که البته نقص و حدود خود را دارد. اما دلیل نفی مطلق چیست؟ تجربه‌ها دروغین است؟ بیایید اثبات کنید دروغین است و کدام؟ معتقدید محال است؟ چرا و بر چه مبنا؟ نباید به این تجارب پرداخت و باید آن را اظهار نکرد؟ چرا؟
عده‌ای هم مطلبی را طوطی‌وار تکرار می‌کنند: خواب و مکاشفه حجت نیست! معنی این سخن را می‌دانند؟ حجت شرعی در استنباط حکم عملی نیست! نباشد! مگر بنا بود باشد؟ شواهد و آیات حقیقت معاد است. بروید کتب حکمت اسلامی را بخوانید که در فصول آخر، بوعلی و سهروردی و صدرا و... «اسرارالآیات» و «نبوات و منامات» را طرح می‌کنند. نقل و تحقیق در این شواهد و تجارب قدسی، در سنت دینی و حکمی ما همواره جایگاه ثابتی داشته است، البته با رعایت اصول و موازین. علامه طباطبایی به آقای کرباسچیان گفته بود برو و تجارب غیبی را جمع و منتشر کن که این‌ها باید مستند شود. وقتی حکمای اصیل چنین می‌گویند، نقد چنین برنامه‌ای از موضع عقلانیت بی‌وجه است مگر آنکه فرق عقلانیت دینی و راسیونالیسم مدرن را لحاظ نکنیم.
می‌گویند این کار خطیر است و ممکن است سبب انحراف شود، هر حقیقتی خطیر است و می‌تواند چنین باشد. ارزش این برنامه برای من همین استقبال از خطر و عبور از پرداخت‌های روتین و مثلاً دعوت از منبری و پخش مداحی است، برنامه درعین شناخت این خطرات، راه خود را سنجیده، شریف و محکم طی کرده است. کار محکم و سنجیده، هرچه باشد امری را به جایی می‌رساند و آن را از بوته‌ مهمل‌گویی می‌رهاند. هر چیزی را باید در مقام خود سنجید، متأسفانه دو ویروس فراگیر در میان‌مایگی فضای نخبگان دینی رشد کرده است: یکی شبه‌غرب‌شناسی یا آنچه من «غرب‌شناسی‌زدگی» می‌نامم (غرب‌شناسی×غرب‌زدگی) که متأسفانه خود من هم در انتشار آن سهیم بوده‌ام و دوم عدالت‌خواهی رادیکال؛ این هر دو با هیچ گفتاری جز خود امکان گفت‌وگو ندارند.
باید دانست قلمرو فرهنگ وسیع و واجد ساحت‌های زبانی متنوع است. حکمای ما در قرون گذشته درک درستی از این لایه‌ها و اقتضائات آن داشتند و بدین سبب در عین نخبگی، مخاطبه ایشان با عموم جامعه مختل نمی‌شد. اما امروز منی که کمی فلسفه و علوم انسانی می‌خوانم، دیگر با هیچ فرم زبانی دیگر امکان همزبانی ندارم. قطعاً چنین برنامه‌ای نمی‌تواند هویت دینی و انقلابی را در همه ابعاد نمایندگی کند ولی مگر دیگر برنامه‌ها چنین‌اند. هویت دینی ابعادی دارد که اثبات یکی بالضروره مستلزم نفی دیگری نیست.
قوام دین در «بعد فردی» آن، به وجود چنین تجارب فراعرفی است
دکتر سید مهدی ناظمی قره‌باغ، پژوهشگر و مدرس فلسفه و مدیر مدرسه عالی علوم انسانی روزگار نو نیز امسال همچون سیدحسین شهرستانی که انتقادات را ناشی از یک نوع روشنفکرمآبی میان‌مایه دانسته بود، واکنش منتقدان را به پز و پرستیژ روشنفکریشان گره زده و نوشت: «هر دانشجوی فلسفه و الهیاتی اگر نه در ترم یک، حداکثر تا یکی دو ترم، منازعه‌ای را درباره تجارب دینی از جمله تجارب شبه‌مرگ می‌شنود که البته دیگر جزو اطلاعات عمومی و کوچه بازاری شده. خلاصه این نقد اردوگاه آتئیستی این است که تجاربی مشابه این تجارب را می‌شود با فلان قرص و دارو ایجاد کرد. پاسخ‌های زیادی به این نقد می‌شود داد. از جمله اینکه این تجارب مشابه، «یکی» نیستند. به ویژه‌ که در یکی مصرف‌کننده بعد از اتمام اثر مواد به توهمی بودن آن اذعان دارد و در دیگری تجربه‌کننده، آن را ساحتی از واقعیت می‌داند. گاهی این تجارب را با ادعاهای بیماران روانی مقایسه می‌کنند. خب این ادعا هم گزاف است چون مدعی باید بیمار روانی بودن تجربه‌کننده را اثبات کند، بدون آنکه دچار دور شود.
 از اردوگاه مؤمنان تجددزده هم گاهی مطرح می‌شود این تجارب چیزی را اثبات نمی‌کند. در پاسخ این دسته دوم باید گفت باید بین واقعیت تجربه شده و استدلالی که از این واقعیت برساخته می‌شود، تفکیک کرد. دومی را ممکن است انسان به نادرستی جمع‌بندی کند ولی اولی را به‌راحتی نمی‌توان انکار کرد. انکار واقعیتی این چنین پربسامد از مردمی با تنوع بالای فرهنگی، سخت و به هر حال برعهده منکر است نه بر عهده مدعی؛ او تجربه خود را بیان کرده و با برچسب‌هایی مانند بیمار روانی و دروغگو خواندن او، فقط فاشیست و بی‌منطق بودن خود را نشان داده‌ایم. البته این ظاهر کلاسیک توییتری شده ماجرا بود. چرندیات برخی طبق معمول ماقبل این حرف‌هاست. چرا؟ دوباره بروید بخوانید: فقدان استدلال برای مشاهدات که بدیهی است چون هیچ مشاهده شخصی را نمی‌توان برای دیگری «اثبات» کرد. آن را به منزله عدم این رویداد تلقی می‌کنند در حالی که برای وهمی و دروغ و... بودن آن هیچ استدلالی ندارند. گاهی اراجیف آتئیستی نت را به عنوان استدلال در اثبات، کپی‌پیست می‌کنند. در حالی که آن منابع در مبدأ خود نقد شده‌اند و کپی کننده نمی‌داند نظر فلان پزشک در بهمان کشور، اسمش استدلال نیست، اسمش کپی کردن است. اساساً چیزی به اسم اثبات تجربی بیشتر از یک قرن است در غرب نقد شده و به هیچ عنوان آن معنای سبکسرانه کپی کننده را ندارد. این دردها را کجا باید گفت؟ نکته آخر اینکه در همه ادیان چنین تجاربی وجود دارد و قوام دین در «بعد فردی» آن به وجود چنین تجارب فراعرفی است، اگر هیچ تجربه‌ای نداشتید پس دین نداشتید، ایدئولوژی داشتید. مثلاً کتاب داستان‌های شگفت مرحوم دستغیب صد برابر عجیب‌تر از این برنامه را با اسناد خودش بیان کرده است.

زندگی پس از زندگی، روشی متفاوت در آشکارسازی غیب برای مسلمان مدرن است
از دیگر واکنش‌های موافقان به این برنامه، حجت الاسلام حبیب‌الله بابایی، رئیس مرکز مطالعات اجتماعی و تمدنی پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی و پژوهشگر تاریخ تمدن و ملل اسلامی بود. او در توییتی در خصوص برنامه زندگی پس از زندگی نوشت: «برنامه زندگی پس از زندگی یکی از فاخرترین برنامه‌ها برای توسعه فرهنگ «مرگ‌آگاهی» و «مرگ‌باوری» است. اهمیت مرگ‌آگاهی فقط در ایجاد حس معنوی و حس بقا نیست، بلکه کارکرد آن در ایجاد «نظم معنوی» و مهم‌تر در مواجهه با باورهای پوچی، ناامیدی و بسندگی به دنیا (سکولاریسم) است». 
او همچنین در توییتی دیگر نوشت: «زندگی پس از زندگی» را نه یک «شوی ایمانی» یا «شوی الهیاتی» بلکه زبانی جدید و روشی متفاوت در آشکارسازی «غیب» (و ایمان به غیب) برای مسلمان مدرن می‌دانم، مسلمانی که آغشته به شک‌های پوزیتویستی و همزمان در پی «اطمینان قلبی» (لیطمئن قلبی) است. 

این برنامه ابداً شبیه به یک پژوهش نیست و قدرت توجیه نتایج را ندارد
دکتر حامد صفائی پور، دانش‌آموخته دکترای فلسفه علم و فناوری و مدرس مهارت‌های تفکر نقادانه است. او در یادداشت کوتاهی که منتشر کرد مهم‌ترین ایراد این برنامه را گزینش تجربه‌گران و به نوعی صرفاً انتشار نتایجی دانست که همسو با فرضیه محقق است. او در این خصوص نوشت: «در تیتراژ برنامه آمده است: این برنامه فقط یک برنامه تلویزیونی نیست بلکه شما در حال مشاهده یک پژوهش هستید. نخستین پرسش نقادانه این است که چرا یک پژوهش علمی، یک برنامه تلویزیونی است؟! در کار پژوهشی به‌خصوص پژوهش تجربی، ما می‌توانیم وابستگی هر دو متغیری مثلاً نقش فرزند سوم خانواده بودن را در خلاقیت فرد، یا نقش غذاخوردن در ظروف مسی را در کاهش یا افزایش عنصر الف با در نظر گرفتن همه‌ محدودیت‌های روش‌شناختی محاسبه کنیم و صد البته ممکن است دستاوردهای پژوهش ما با پژوهش دیگری تضعیف یا ابطال شود.‌ در این حال سؤال این است چرا یک پژوهش تجربی که به دلیل ماهیت تجربی آن در معرض رد و قبول است، به یک برنامه تلویزیونی و همگانی تبدیل می‌شود؟! به‌خصوص که در این پژوهش فقط نتایج همسو با فرضیه محقق در جریان برنامه تلویزیونی مطرح می‌شود. این امر با اساس روش علمی متفاوت است.
از طرف دیگر، آنچه ما در قاب تلویزیون می‌بینیم حتی با همه داده‌های پژوهشگر منطبق نیست. ساختار این برنامه چنین است که افراد تجربه‌گر، خود را معرفی می‌کنند؛ این تجربه‌گران خود را نمونه‌ خوبی از فرضیه پژوهشگر می‌دانند (و بنابراین به اصطلاح نسبت به فرضیه پژوهشگر کور نیستند) و در مرحله بعد، احتمالاً برخی از این تجربه‌گران به روی آنتن می‌روند. خب، در همین‌جا شرط تقارن شواهد، یعنی در نظر گرفتن همه‌ موارد مؤید و مبطل، روایی پژوهش و جهت‌دار نبودن شواهد انتخابی از بین می‌رود. به بیان دیگر این پژوهش به صورت آشکار دارای انواع خطاهای «مشاهده گزینشی شواهد» است.
توجه بفرمایید که من اکنون قصد ندارم بدون ارائه دلیل، دستاوردهای این پژوهش‌ را مورد مناقشه قرار دهم. اما به قدر یقین می‌توان گفت آنچه در قاب سیما نشان داده می‌شود، ابداً شبیه به یک پژوهش نیست و قدرت توجیه نتایج را ندارد. بلکه این برنامه تنها نمایشی از شواهد همسو و منطبق به سود تنها فرضیه مطرح شده است. به نظر می‌رسد همین تذکر کافی است تا شتاب‌زدگی در وزن‌دهی بسیار به این برنامه، قدری تعدیل شود».

آنچه در برنامه زندگی پس از زندگی می‌بینیم اغلب ساخته ذهن گزارش‌کننده‌هاست
حجت الاسلام دکتر امیرآقاجانلو، دانش‌آموخته فلسفه دین نیز در فرسته‌اش در صفحه مجازی خود سعی کرد با تکیه بر نقل یک تجربه شخصی، انتقاداتش را به این برنامه این‌طور بازگو کند: «این روزها نقل تجربه‌های نزدیک به مرگ در برنامه زندگی پس از زندگی رونقی دارد. من منتقد این برنامه‌ام و اگرچه منکر تأثیر آن نیستم اما آسیب‌ها و ضعف‌هایش را جدی می‌دانم. از این‌رو می‌خواهم یک تجربه واقعی نزدیک مرگ را که خودم داشته‌ام تعریف کنم. سال پنجم ابتدایی مننژیت گرفتم، همه بدنم عفونت بود و یک هفته توان بیرون رفتن از خانه را نداشتم. یکی از شب‌ها تب چنان شدید شد که هذیان می‌گفتم، پدرم محل کار بود. تب ۴۰ درجه و شاید بیشتر حالم را چنان کرد که مادر از ترس، خانم همسایه را صدا کرد و بالای سرم مشغول پاشویه و... بودند.
خلاصه کنم، ماجرا این‌طور در ذهنم هست که من خودم را از بالا می‌دیدم، هذیان‌ها را می‌شنیدم. هم خودم را می‌دیدم و هم مادر و همسایه را که بالای سرم بودند. جزئیات قابل توجهی از حرف‌ها و کارهایشان در ذهنم هست که برای دوری از اطناب عبور می‌کنم.
نکته اینجاست داستانی که گفتم واقعی است و من ماجرا را همین‌طور به یاد دارم اما یک واقعیت دیگر هم هست، آن ماجرا به دو شکل در ذهنم هست. شکل دیگرش این است که من در آن لحظه فقط هذیان می‌گفتم و به طور مبهم کسانی را که بالای سرم بودند به یاد دارم و هیچ نگاه از بالایی نبود.
امروز اما دو نحوه روایت از آن اتفاق در ذهنم هست. اولی آنکه فقط هذیان می‌گفتم و هوشیار نبودم دومی که از بالا همه این ماجرا را می‌دیدم .حالا باید این ماجرا را چگونه تعریف کنم؟ آن را تبدیل به کرامتی کنم که باب میل برنامه زندگی پس از زندگی هم باشد یا اینکه واقعیت را بپذیرم که روایت دوم را ذهن من از آن اتفاق ساخته؟
حقیقت این است که ذهن انسان آگاهانه و ناآگاهانه خاطرات و تجربیات را دستکاری می‌کند. این را روانکاوی به‌خوبی نشان داده است. گاهی خودمان داستان را تغییر می‌دهیم، گاهی در اثر گذر زمان ناخودآگاه ماجرا را متناسب با سلایق‌های ما دستکاری می‌کند.
بسیاری از خاطرات معمولی ما با کمی دستکاری می‌تواند تبدیل به کرامتی یا واقعه‌ای خاص شود! چیزی که به وضوح در این برنامه می‌توان دید. واقعیت این است که آنچه در برنامه زندگی پس از زندگی می‌بینیم اغلب ساخته ذهن گزارش‌کننده‌هاست.البته حساب عارفان و اهل معنویت را که با انجام تمرین‌هایی روح خود را ورزیده کرده‌اند و توانایی مشاهده اموری از عالم غیب را دارند باید از این تجربه‌ها جدا دانست. حساب آن مشاهدات و مکاشفات غیر از این تجربه‌های نزدیک به مرگ است و ربطی به هم ندارند. نسبتشان نسبت میان توهم و واقعیت است».