ساخت مدرسه در دوران صفویه

ساخت این مدرسه به سال ۱۰۵۹ هجری قمری باز می‌گردد، دوره‌ای که شاه عباس دوم صفوی حکومت می‌کرد، دو برادر به نام‌های میرزا محمدطاهر مشهور به وزیرخان و میرزا محمدجعفر مشهور به سروقد از فرزندان «میرزا تقی مشهدی» تصمیم به ساخت این مدرسه گرفتند.

سازندگان این مدرسه بعد از اینکه این مکان علمی را ساختند تصمیم گرفتند آن را برای تحصیل طلاب وقف کنند.

سال‌ها گذشت، مدرسه علمیه میرزا جعفر کم‌کم فرسوده شد، به طوری که در سال ۱۲۸۵  نیازمند تعمیراتی شد که منجر به مرمت این مدرسه توسط ظهیرالدوله والی شد.

این مدرسه در طول سالیان مرجع دینی و مرکز معنوی برای فراگیری فرامین مذهبی و دینی بود که امروزه با همین کاربری، جزئی از دانشگاه علوم اسلامی رضوی است، این مدرسه بزرگانی همچون: آیت‌آلله‌ صدرالدین جزایری، آیت‌الله غلامحسین محامی و حاج شیخ محمد باقر قاینی را پرورش داده‌ است.

وجود کتیبه هایی با نگارش روایاتی در باب علم و عالم

یکی از ویژگی‌های خاص و زیبای معماری این مدرسه، وجود کتیبه‌هایی با نگارش روایاتی در باب علم و عالم در ایوان آن است، همچنین، این مدرسه‌ کم‌نظیر مملو از خطاطی‌ها، کتیبه‌ها، تابلوها، طاق‌ها و سایر شکل‌های ساختمان‌سازی در گذشته‌ دور است و کاشی‌کاری‌های هفت رنگ و هماهنگ و یکدست زیبایی منحصر به فردی ایجاد کرده، طراوت خاصی را به بیننده می‌بخشد.

مساحت مدرسه حدود ۳۰۰۰ متر مربع و اطراف آن حجراتی در دو طبقه فوقانی و تحتانی ساخته شده، هر حجره دارای ایوان است، نمای داخلی مدرسه با کاشی‌های معرق تزیین شده است.

از جمله گنجینه‌های نفیس معماری این بنا، گچ‌بری‌های زیبای در ورودی مدرسه و ایوان شمالی مدرسه است، در قسمت درونی ایوان آیاتی از قرآن با خط ثلث سفید رنگ بر زمینه لاجوردی نقش بسته و سقف ایوان نیز با کاشی و مقرنس تزیین شده، در لچکی‌های ایوان از کاشی هفت رنگ استفاده شده و در وسط پیشانی ایوان عبارت «یا صاحب الزمان» نقش بسته بوده، در دوم مدرسه در شمال غربی، در بست طبرسی، دری «دولت» است و کمتر مورد استفاده قرار می‌گیرد.

تمام اتاق‌های تحتانی و فوقانی آن دارای ایوان هستند و نمای داخلی آن با کاشی‌های معرق بسیار ممتازی زینت داده شده، صحن مدرسه ۳۸ متر عرض و ۵۷ متر طول دارد و حدود ۸۰ اتاق دورتادور آن را پوشش داده‌اند.

وقتی مظفرالدین شاه دستور بازسازی و مرمت مدرسه میرزا جعفر را صادر کرد، معماران این مدرسه کتیبه‌هایی را در ایوان جنوبی و سردر ورودی آن نصب کردند.

وجود کتابخانه و سرداب در مدرسه میرزا جعفر با معماری ویژه

در این مدرسه دو کتابخانه وجود دارد، این کتابخانه‌ها که در ضلع غربی و در طبقه دوم این مدرسه قرار دارد از چشم معمارانش دور نماند و گچبری‌های نفیس و نقاشی‌هایی دارد که با آب طلا کشیده شده‌اند.

این کتابخانه‌ها به مرور زمان و در اثر بی‌توجهی به حوزه‌های علمیه در زمان رضا خان تخریب و بخشی از کتب آن به مدرسه نواب منتقل شد و پس از بازسازی و افتتاح مجدد به کتابخانه مسترد شد.

منابع این کتابخانه بیش از ۳۰۰۰ نسخه بوده و نسخ خطی آن، توسط کاظم مدیر شانه‌چی فهرست شده است.

این مدرسه سرداب هم دارد که در گذشته همواره مامن همیشگی بزرگان دینی و علمای اندیشمندی‌ بوده و این بخش از مدرسه میرزا جعفر یکی از دلایل بازدید علاقمندان به اماکن علمی و تاریخی شده است.

در گذشته از طریق پنجره‌ای که سرداب مدرسه میرزا جعفر را به صحن سقاخانه ارتباط می‌داد، روح معنوی مرقد امام رضا (ع) در این مدرسه جاری می‌شد و عاشقان آن حضرت از همین پنجره به زیارت امام رضا (ع) می‌پرداختند، اما بعدها یک ورودی اختصاصی از مدرسه میرزا جعفر به صحن انقلاب باز شد.

این مدرسه از جنوب به صحن انقلاب اسلامی، از غرب به بست شیخ طبرسی و از شمال و شرق به دانشگاه علوم اسلامی رضوی می رسد.