در این خصوص اصل ۹۹ قانون اساسی می‌گوید: «شورای‏ نگهبان‏ نظارت‏ بر انتخابات‏ مجلس‏ خبرگان‏ رهبری‏، ریاست‏ جمهوری‏، مجلس‏ شورای‏ اسلامی‏ و مراجعه‏ به‏ آرای عمومی‏ و همه‏‌پرسی‏ را بر عهده‏ دارد».

اینک لازم است ماهیت این نظارت بیان شود. قانون اساسی در اصل ۹۹ که پیش از این ذکر شد، صرفاً ناظر بر انتخابات را معرفی کرده و از بیان ماهیت نظارت وی خودداری کرده است. بنابراین، باید برای پاسخ به پرسش فوق، به نظریات تفسیری شورای نگهبان یا قوانین عادی راجع به نظارت بر انتخابات مراجعه کنیم.

نظریه تفسیری شورای نگهبان: «نظارت مذکور در اصل ۹۹ قانون اساسی استصوابی است و شامل تمام مراحل اجرایی انتخابات از جمله تأیید و رد صلاحیت نامزدها می‏شود». براساس این تفسیر، نظارت شورای نگهبان بر انتخابات «استصوابی» است؛ یعنی نظارتی کامل و گسترده که شامل تمام مراحل انتخابات خواهد شد. این نظریه، چون از سوی مرجع رسمی تفسیر قانون اساسی بیان شده است، یک تفسیر قانونی بوده و در حال حاضر نیز همین نوع نظارت اعمال می‌شود.

از همین رو ماده ۸ قانون انتخابات ریاست جمهوری اسلامی ایران مصوب ۱۳۸۴/۰۴/۰۵ نیز در این زمینه مقرر می‌دارد: «نظارت بر انتخابات ریاست جمهوری به عهده شورای نگهبان است. این نظارت عام و در تمام مراحل و در کلیه امور مربوط به انتخابات جاری است».

بنابراین، با توجه به نظریه تفسیری شورای نگهبان و قوانین مصوب مجلس شورای اسلامی، نظارت شورای نگهبان بر انتخابات، «استصوابی» است. نظارت استصوابی به نظارتی گفته می‌شود که اقدامات مجری با تأیید و تصویب ناظر انجام می‌شود، بدون اینکه ناظر بتواند پیشنهاددهنده و اقدام‌کننده باشد.  بدین ترتیب، در این نوع نظارت، ناظر در همه مراحل تصمیم‌گیری حضور دارد و اقدامات انجام شده با تأیید وی نافذ خواهد بود.

اما یکی از موضوعات مهم مربوط به نظارت بر صحت انتخابات، مسئله بررسی صلاحیت داوطلبان نمایندگی یا انتخاب شوندگان است. این موضوع، یکی از مهم‌ترین مراحل هر انتخابات به شمار می‌رود. در مورد انتخابات مجلس شورای اسلامی، مجری انتخابات (وزارت کشور) به صلاحیت داوطلبان، رسیدگی می‌کند و شورای نگهبان نیز بر آن نظارت خواهد کرد. این مطلب در قوانین انتخاباتی و نظارتی به صراحت بیان شده است. در ماده ۳ قانون نظارت شورای نگهبان بر انتخابات مجلس شورای اسلامی آمده است:
«هیئت مرکزی نظارت، بر کلیه مراحل و جریان‏‌های انتخاباتی و اقدامات وزارت کشور در امر انتخابات و هیئت‌‏های اجرایی و تشخیص صلاحیت نامزدهای نمایندگی و حُسن جریان انتخابات، نظارت خواهد کرد». 

اما در مورد داوطلبان ریاست جمهوری و داوطلبان نمایندگی مجلس خبرگان رهبری، این ترتیب رعایت نمی‌شود. بر اساس قانون اساسی، صلاحیت داوطلبان ریاست جمهوری، پیش از انتخابات رأساً توسط شورای نگهبان مورد رسیدگی قرار خواهد گرفت. در بند (۹) اصل ۱۱۰ قانون اساسی آمده است: «... ‏ صلاحیت‏ داوطلبان‏ ریاست‏ جمهوری‏ از جهت‏ دارا بودن‏ شرایطی‏ که‏ در این‏ قانون‏ می‌‏‌آید، باید قبل‏ از انتخابات‏ به‏ تأیید شورای‏ نگهبان‏ ... ‏ برسد».

بر اساس این عبارت، شورای نگهبان بر امر بررسی صلاحیت داوطلبان ریاست جمهوری نظارت ندارد، بلکه خود به طور مستقیم به صلاحیت آنان رسیدگی می‌کند. در همین راستا، ماده ۵۷ قانون انتخابات ریاست جمهوری اسلامی ایران مصوب ۰۵/۰۴/ ۱۳۸۶ مقرر می‌دارد: «شورای نگهبان ظرف پنج روز از تاریخ وصول مدارک داوطلبان به صلاحیت آنان رسیدگی و نظر خود را صورت‌جلسه کرده و یک نسخه از آن را به وزارت کشور ارسال می‌دارد.

به این ترتیب باید گفت تاکنون اقدامات این مرجع رسمی دارای کمترین و حداقلی ترین اشتباهات در طول سال‌های تشکیل این نهاد است و به جرئت می توان گفت بالاترین سطح رعایت حدود و ثغور قانون توسط نهاد شورای نگهبان صورت گرفته و هیچ فرد و صلاحدیدی را فراتر از قانون قرار نداده و حتی تمامی تغییرات را با تکیه برقانون ایجاد کرده‌اند.