در میان دانشگاهیان، سه واکنش اصلی نسبت به تحول علوم انسانی و عملکرد شورای تحول علوم انسانی وجود دارد. یک گروه کسانی بودند که اصلاً فعالیت شورای تحول را قبول نداشتند و آن را کاملاً مردود تلقی می‌کردند. تلقی آن‌ها این بود که شورای تحول آمده است که علوم را از ماهیت علمی خودشان خارج کند و علم را به یک علم ایدئولوژیک جهت‌دار تبدیل کند. بنابراین تعدادی از جامعه علمی، این موضع را داشتند و این فعالیت را قبول نداشتند. گروه دوم گروهی هستند که به فعالیت‌های شورای تحول نقد دارند؛ چه به‌لحاظ اندیشگی و چه به‌لحاظ تخصصی. این‌ها می‌گویند، کاری که شورای تحول دارد انجام می‌دهد، یعنی بازبینی دروس علوم انسانی، کار درستی است، ولی شورای تحول آن را بدرستی انجام نمی‌دهد؛ مثلاً یک گروه معتقدند، نوع نگاهی که شورای تحول به اسلامی کردن دارد، نگاه درستی نیست و باید عمیق‌تر، مطالعه‌شده‌تر و با در نظر گرفتن ابعاد گوناگون باشد. گروهی معتقد بودند، بعضی از برنامه‌هایی که در شورای تحول عملی می‌شوند، روزآمد نیستند.
روزآمدی، کارآمدسازی و بومی‌سازی سه شاخص جاری در شورای تحول بود که شاخص‌هایی لازم هستند و همه‌جای دنیا وجود دارند. اینکه علم باید روزآمد، کارآمد و بومی باشد؛ یعنی با نیازهای آن جامعه منطبق باشد، در همه‌جای دنیا وجود دارد و تردیدی در آن نیست، ولی عده‌ای معتقد بودند، این روزآمدی و کارآمدی در برنامه‌های مصوب یا در کارگروه‌های شورای تحول نیست. این گروه دوم نقدشان یک بُعد دیگری هم داشت؛ اینکه معتقد بودند شورای تحول فقط گروهی از استادان با تفکری خاص را به کارگروه‌های خودش آورده است، بنابراین بخشی از جامعه تخصصی و حتی بخشی از نگرش‌های اسلامی که در جامعه علمی کشور وجود دارند، عملاً از نقش‌آفرینی در شورای تحول بازمانده‌اند. گروه سوم کاملاً نگاه مثبتی نسبت به فعالیت‌های شورای تحول دارد و معتقد است، اقدامی که در شورای تحول انجام شده و یا دارد انجام می‌شود، اقدامی است که می‌تواند یک تغییر مثبت و بنیادین در حوزه‌های گوناگون علوم انسانی ایجاد کند. البته در این گروه سوم کسانی هستند که شورای تحول را اندکی کند می‌دانند و معتقدند، این فعالیت مثبتی که دارد انجام می‌گیرد، باید سریع‌تر، رادیکال‌تر و جدی‌تر در این حوزه پیش برود. این سه واکنش‌هایی است که من در جامعه دانشگاهی با آن‌ها مواجه شده‌ام. در درون شورای تحول نسبت‌به این سه جریان آگاهی وجود دارد و به نظر من شورای تحول هم به این نقدها بی‌اعتنا نیست. حتی شورای تحول به جریانی که به‌طور بنیادی کارهای شورای تحول را قبول ندارند هم بی‌‌اعتنا نیست. دیدگاه‌های آن‌ها را می‌گیرند و در برنامه‌ها لحاظ می‌کنند، حتی در ترکیب‌های جدیدی که برای کارگروه‌های شورای تحول تصویب می‌کنند، به‌نظرم تلاش شده است از همه نگاه‌های متفاوت، بویژه به‌لحاظ تخصصی استفاده شود. بارها و مکرر هم گفته شده کاری که شورای تحول شروع کرده، آغاز یک فرایند طولانی و بسیار عمیق است. خب کاری را انجام می‌دهند، برنامه‌ای را تهیه می‌کنند و سرفصلی را به وجود می‌آورند. بارها گفته شده که ممکن است در این برنامه‌ها ایرادهایی وجود داشته باشد. به همین دلیل، در مرحله اجرا به نقد گذاشته می‌شود تا اشکال‌هایش را پیدا و آن‌ها را رفع کنند. نکته مثبتی که در حال حاضر در شورای تحول وجود دارد، آگاهی نسبت‌به نقدهاست و اینکه به این نقدها بی‌اعتنا نیستند و تلاش می‌کنند، برنامه‌ها و منابعی که آماده می‌کنند، متناسب با این نقدها و بویژه نقدهای سازنده باشد. البته شایان ذکر است، گروهی از کسانی که با اقدام‌های شورای تحول مخالفند، معتقدند علوم انسانی بالذات خود تحول‌پذیر است و با وجود سطح دسترسی که اکنون به انواع منابع وجود دارد، دیگر به شورای تحول نیازی نیست. در پاسخ این گروه هم باید گفت، این مسأله به نوع عملکرد شورای تحول بستگی دارد. اگر شورای تحول، جمع بسته‌ای باشد که از بالا و به‌صورت دستوری بخواهد عمل کند، سرنوشت روشنی نخواهد داشت. اما اگر شورای تحول بخواهد در واقع با مشارکت بدنه استادان و صاحب‌نظران علوم انسانی عمل کند و با اندیشه پویای خودشان و با تعامل دایمی با جامعه علمی کشور این کار را انجام دهد، این می‌شود همان تحول درونی. به همین دلیل هم نقشی که دانشگاه‌ها در دوران جدید شورای تحول ایفا می‌کنند، نقش پویا و مؤثری است؛ در حال حاضر دانشگاه‌ها نقش پل رابط میان شورای تحول و بدنه جامعه علمی کشور را ایفا می‌کنند. نگاهی که در شورای تحول وجود دارد، یک نگاه دستوری نیست و تمام تلاش خود را دارد  که با بدنه جامعه علمی کشور مرتبط باشد و به‌ گونه‌ای برون‌داد شورای تحول همان برون‌داد بخش مهمی از جامعه علمی کشور باشد.