با این حال در نزاع سیاسی و نظامی میان صفویان و عثمانی‌ها، گاه پای اعتقادات مذهبی نیز از سوی دو طرف دعوا به میان کشیده می‌شد و این مسئله بر آتش اختلاف‌های مذهبی می‌دمید؛ موضوعی که می‌توانست دستمایه اروپایی‌ها - که تازه به مسیر استعمارگری پا گذاشته بودند و از اقتدار عثمانی‌ها به دلیل همجواری با آن‌ها بیم داشتند - برای برافروختن آتش جنگ‌های عقیدتی و سرگرم نگه داشتن دو دولت مسلمان در خاورمیانه باشد و آن‌ها از این مسئله به صورت گسترده سوءاستفاده کردند.

در این بین برخی از علمای شیعه با درک خطر ناشی از استعمار و اثرات بسیار منفی نزاع‌های مذهبی در زندگی و امنیت جامعه اسلامی، به جانب‌داری از مسئله اتحاد اسلام بر مبنای مشترکات مذهبی پرداختند. موضوعی که در قرن‌های بعد، توسط سیدجمال‌الدین اسدآبادی و شاگردان وی پی گرفته شد و تا امروز علمای روشن‌ضمیر شیعه و اهل ‌سنت در راه به ثمر نشستن آن تلاش می‌کنند. یکی از این عالمان که حدود ۲۸۰ سال پیش در شهر مشهد به دفاع از اتحاد مسلمین پرداخت، ملا رفیع‌الدین محمد بن فرج گیلانی مشهدی، مشهور به ملا رفیع‌الدین مشهدی است که در رواق امروز درباره او و زندگی‌اش بیشتر خواهیم گفت.

علامه دهر و فرید عصر
ملا رفیع‌الدین مشهدی، چنان که علامه شیخ آقابزرگ تهرانی گفته ‌است از علمای بزرگ زمان خود بود. مرحوم عزیزالله عطاردی در کتاب ارزشمند «فرهنگ خراسان» به نقل از عبدالله شوشتری، شاگرد ملا رفیع‌الدین درباره او می‌نویسد: «رفیع‌الدین عالمی محقق و متکلمی شیرین‌سخن بود و بسیار محکم سخن می‌گفت و من در میان فضلای عرب و عجم فاضل‌تر از او ندیدم. او مردی متواضع و باانصاف و خوش‌اخلاق بود». درباره زمان ولادت وی، اطلاعات دقیقی وجود ندارد اما می‌دانیم که او بیش از ۴۰ سال مجاور حرم رضوی بود، بیش از ۱۰۰ سال عمر کرد و در این مکان مقدس، مجلس درس برپا می‌کرد؛ بر همین اساس و با توجه به زمان درگذشت وی در سال ۱۱۲۶ خورشیدی، می‌توان هنگام تولد این عالم نامدار را حدود سال ۱۰۲۶ خورشیدی همزمان با دوران حکومت شاه عباس دوم صفوی تخمین زد. ملارفیع‌الدین اهتمام فراوانی به مطالعه و بررسی نهج‌البلاغه داشت؛ شرح وی بر این کتاب ارزشمند، یکی از شرح‌های قدیمی و مهم محسوب می‌شود. او طلاب را هم به مطالعه و بررسی نهج‌البلاغه ترغیب می‌کرد. ملا رفیع‌الدین از شاگردان برجسته مجلسی دوم بود و در زمینه علوم مختلف اسلامی تبحر فراوان داشت و از این رو شاگردان زیادی تربیت کرد. سیدحسین بن سیدمحمدابراهیم قزوینی، استاد سیدبحرالعلوم درباره ملا رفیع‌الدین می‌نویسد: «رفیع‌الدین محمد بن فرج از علمای روزگار خود بوده‌ است. او علامه دهر و فرید عصر و از شاگردان جمال‌الدین خوانساری بود. من زمان او را درک کردم، ولی به ملاقات او موفق نشدم».

دفاع از دیپلماسی وحدت
دوران حیات ملارفیع‌الدین مشهدی همزمان با قدرت گرفتن نادرشاه بود. در آن زمان فرمانروای دودمان افشار برای آنکه بتواند ساختارهای دیپلماسی خود را تقویت و تنش را در مرزهای غربی و شمال شرقی با عثمانی‌ها و ازبکان کم کند، بنا را بر روابط مسالمت‌آمیز مذهبی گذاشت و کوشید نظر علما را برای حمایت از این دیدگاه جلب کند. در این بین علمایی که به حمایت از این رویکرد برخاستند، زیاد نبودند، اما ملا رفیع یکی از آن‌ها بود. وی در این عرصه، اعتقاد به تقیه داشت و معتقد بود تا حد امکان باید در ارتباط با برادران اهل سنت، از ورود به مباحث تفرقه‌انگیز خودداری کرد. وی با این رویکرد کوشید تا ارتباطاتی با علمای اهل‌ سنت در ماوراءالنهر برقرار کند و از طریق آن‌ها زمینه آزادی اسیران شیعه را که گرفتار ازبکان بودند و حکومت قادر به خلاص کردنشان نبود، فراهم کند و در این راه از هیچ اقدامی فروگذار نمی‌کرد؛ تا جایی که برخی از متعصبان به وی تهمت‌های ناروا زدند و در تشیع وی تردید کردند؛ اما علمای اعلام می‌دانستند که ملا رفیع‌الدین، عالمی نیست که این تهمت‌ها بر دامن وی بنشیند. بیشتر این مخالفت‌ها از جانب اخباریون صورت می‌گرفت؛ چراکه ملا رفیع‌الدین از علمای اصولی مذهب بود. وی اعتقاد به وجوب نماز جمعه داشت و مدت‌ها در مشهد، نماز جمعه و جماعت برپا می‌کرد. تلاش‌های وی برای نجات شیعیانی که اسیر شده بودند به ثمر رسید و با مساعدت تعدادی از علمای اهل ‌سنت که ارتباطی صمیمانه با ملا رفیع‌الدین برقرار کرده ‌بودند، تعداد زیادی از اسیران از چنگ ازبکان خلاص شدند و به شهرهای خود بازگشتند. با این حال، روش ملا رفیع‌الدین چنان ‌که اشاره کردیم، نه در ایران و نه در عثمانی، طرفداران زیادی نداشت و زمان لازم بود تا مسلمانان بتوانند با درک واقعیت‌های تاریخی و شناخت چهره اصلی استعمار به اهمیت رویکردهای تقریبی امثال ملارفیع‌الدین پی ببرند. این عالم نامدار در سال ۱۱۲۶ خورشیدی دار فانی را وداع گفت و پیکرش در حرم مطهر امام رضا(ع) به خاک سپرده‌ شد.