آن‌گونه که بعدها روایت شد ضارب فردی ۲۱ ساله با نام عبدالطیف مرادی تبعه ازبک تبار افغانستانی ساکن مشهد بوده که تحت تأثیر القائات جریان تکفیری وهابی دست به این جنایت زده است. این ماجرا از همان ابتدا مورد توجه رسانه‌های ضد ایرانی بیگانه قرار گرفت و آن‌ها با تحلیل‌های جهت‌دار خود سعی کردند آن را به عامل اختلاف میان ایران، افغانستان تبدیل کرده و به دو قطبی شیعه – سنی دامن بزنند. در سوی مقابل اما مقامات و همچنین فضای مجازی کشورمان بر یک نکته تأکید داشتند؛ هشدار درباره اختلاف افکنی آمریکا و رژیم صهیونیستی و اینکه نباید جرم و حماقت یک فرد خارجی را به پای کل جامعه مهاجر نوشت.

واکنش رئیسی و قالیباف به این جنایت
سخنان رئیس جمهور در این باره هم بیانگر همین نکته بود، اینکه  نباید اجازه داد استعمارگران و منافقان بین مسلمانان اختلاف ایجاد کنند. حجت الاسلام و المسلمین رئیسی روز گذشته با ابراز تأثر و در واکنش به این جنایت، گفت: کسانی که دشمنی کردند از جریان تکفیری بودند و نباید اجازه داد استعمارگران و منافقان با سوء‌استفاده از موضوعات قومی و مذهبی بین مسلمانان و مردم کشورمان با همسایگان اختلاف بیندازند؛ زیرا اختلاف‌افکنی از روش‌های قدیمی استعمارگران است. رئیسی پیش از این ضمن صدور پیامی، وزارت اطلاعات را مکلف کرده بود با همکاری نهادهای ذی‌صلاح به سرعت تمامی عوامل مؤثر حادثه مشهد را شناسایی و تحت تعقیب قرار داده و نتیجه را به اطلاع عموم مردم برسانند. 
رئیس مجلس نیز در نطق پیش از دستور روز گذشته خود به این حادثه اشاره و تصریح کرد: باید هوشیار باشیم و بدانیم بسیاری از برادران افغان ما در راه دفاع از همین کشور در هشت سال دفاع‌مقدس در میدان‌های جنگ حضور یافتند و جنگیدند. برادران افغان همچنین در بسیاری از موضوعات دیگر از جمله جبهه مقاومت حضور داشتند و سینه سپر کردند.  قالیباف ادامه داد: همه ما باید هوشیار باشیم تا دشمنان و فرصت‌طلبان نتوانند از این جنایات جهت بر هم زدن دوستی و برادری میان ملت‌ها سوءاستفاده کنند. روز گذشته همچنین ۱۹۶ تن از نمایندگان مجلس، شورای هماهنگی تبلیغات اسلامی، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم و علی بهادری جهرمی سخنگوی دولت نیز در واکنش به سوءقصد به سه روحانی در مشهد، تأکید کردند: برخورد با عاملان حادثه حرم رضوی، مطالبه‌ عمومی است.

واکنش علمای اهل سنت
علمای اهل سنت کشور نیز پس از واقعه حرم مطهر رضوی آن را قطعه‌ای از پازل دشمنان برای برهم زدن وحدت مسلمانان برشمرده و این حادثه را محکوم کردند. جامعه علما و روحانیون اهل تسنن خراسان شمالی در بیانیه ای تأکید کردند: امروز آمریکا، رژیم صهیونیستی و گروهک‌های تکفیری از امنیت بی نظیر ایران و متلاشی شدن نقشه‌های شومشان در سوریه و عراق توسط سردار دل‌ها حاج قاسم سلیمانی عزیز به ستوه آمده اند و برای درمان شکستگی‌شان در پروژه‌های اسلام هراسی در جهان اسلام دست به چنین اقدامات ناجوانمردانه و غیر بشری می زنند. ما روحانیون اهل سنت خراسان شمالی ضمن محکوم کردن این اقدامات جنایتکاران، از دستگاه های نظامی و امنیتی و اطلاعاتی کشور خواستاریم هرچه زودتر عاملان این حادثه ناجوانمردانه را به اشد مجازات برسانند.
ماموستا ملا عبدالرحمن مرادی امام جمعه اهل سنت کرمانشاه نیز در پیامی هتک حرمت به حرم رضوی و ضرب و شتم و شهید شدن چند روحانی در این حرم را محکوم کرد و از مسئولان خواست در اسرع وقت عاملان این قضایا را به سزای اعمال ننگین‌شان برسانند. شماری از علما و امامان جمعه و جماعت اهل سنت استان بوشهر،  ماموستا فایق رستمی امام جمعه سنندج،ماموستا عبدالرحمن خدایی امام جمعه بانه، ماموستا لقمان محمدیان امام جمعه اهل سنت بیجار و ماموستا کلشی‌نژاد امام جمعه اهل سنت ارومیه از جمله افرادی بودند که با صدور پیامی این جنایت را محکوم کردند. آن‌ها ضمن تأکید بر هوشیاری مردم تأکید کردند دشمنان با این‌گونه اقدامات وحدت بین شیعه و سنی را هدف گرفته‌اند.

واکنش‌های کاربران افغانستانی؛ او از ما نیست
اما جنایت اخیر فارغ از واکنش‌هایی که در میان کاربران ایرانی داشت و بیشتر آن‌ها هم بر ضرورت درک شرایط و حفظ هوشیاری اسلامی تأکید داشته‌اند با واکنش و محکومیت کاربران افغانستانی همراه بود. آن‌ها با اعلام انزجار از شکاف میان ایران و افغانستان، بر ضرورت اتحاد مسلمانان در خنثی سازی فتنه دشمن تأکید و خود را در این غم با مردم ایران شریک دانسته و همدردی کردند.
اتباع افغانستانی و برخی شهروندان این کشور تأکید کردند حمله تروریستی در هرکجای جهان که باشد ماهیت پلیدی دارد و فرقی نمی‌کند چه کسی و با چه ملیتی آن را مرتکب شده باشد.  «نجیب بارور» شاعر و نویسنده مطرح افغانستانی نوشت: «ملت افغانستان با مردم ایران رابطه‌های تاریخی و عمیق دارد که در رگ و ریشه ما نفوذ دارد. شیاطین را نگذارید در بین ما فتنه‌های قدیمی را زنده کنند...». مسیح ارزگانی یکی دیگر از نویسندگان کشور افغانستان با اشاره به این حمله تروریستی و محکوم خواندن و همچنین قدردانی از میزبانی ایران از مهاجران افغانستانی، نوشت: «خانه امن‌تان آباد». طلاب افغانستانی مقیم خراسان رضوی نیز در پیامی ضمن محکومیت این حادثه تروریستی از عاملان آن با هر عنوانی که داشته باشند، برائت جستند. بسیاری از مردم افغانستان هم با انتشار عکس تروریست مورد نظر نوشتند: او از ما نیست.