در این حوادث گاه جان مردمان از دست رفته و گاه گنجینه‌های حرم مطهر تاراج شده است. مورخان و نویسندگان درباره تهاجم به حرم مطهر علی بن موسی‌الرضا(ع) قول‌های بسیاری دارند. داستان‌هایی که گاه مستند و مکتوب و گاه روایت‌های سینه به سینه‌ای است که بازماندگان به آیندگان رسانده‌اند. براساس این روایت‌ها می‌دانیم در حوادثی تلخ بخش‌هایی از حرم مطهر، ویران و گنجینه‌هایی از آن به یغما برده شده‌اند؛ اما این ابنیه مبارک دوباره مرمت و بازسازی و گنجینه به مدد موقوفات، جبران و جایگزین شده‌اند. در قول‌های به‌جا مانده از تهاجم به حرم مطهر علی بن موسی‌الرضا(ع) همواره دو طرف حضور داشته‌اند، یک طرف زائران و دوستداران امام رضا(ع) و در سوی دیگر، مهاجمانی که اگر اجنبی نبودند معمولاً از طبقه پادشاهان و امرا بوده‌اند. همان پادشاهانی که برخی به وقت منفعت به بازسازی صحن و سرا پرداخته‌اند و آن زمان که سودی برایشان نداشته یا خزانه‌شان خالی شده به گنجینه حرم مطهر چشم داشته و برخی در وقت غارت حتی از تزئینات زرین ضریح یا طلاکاری گنبد هم نگذشته‌اند.

مهاجمی که زیارت را ممنوع کرد

نخستین قول از تهاجم به حرم مطهر مربوط به دوره غزنویان است؛ زمانی که به دستور سبکتکین، سقف و قسمتی از دیوار بقعه ویران شد و شاه حتی زیارت را برای مردم ممنوع کرد. در این دوره هر چند مرقد تا مدت‌ها نیمه‌ویران بود اما زائران مخفیانه به زیارت می‌آمدند تا اینکه سلطان محمود به سلطنت رسید. آن‌طور که روایت‌های سینه به سینه نقل می‌کنند، سلطان محمود خوابی دید که به سبب آن منقلب شد و فردای آن روز دستور به بازسازی مرقد مطهر داد. بنا به نوشته تاریخ بیهقی، سال ۴۰۰ق ابوبکر شهمرد بنای بقعه را بار دیگر روی بازمانده دیوارهای گلین با آجر می‌سازد و مناره‌ای هم بر آن اضافه می‌کند که این بنا، هسته اصلی حرم مطهر را تشکیل می‌دهد.

ترک‌ها آتش زدند، مغول‌ها کشتند

شهر را تصور کن که سپاهیان به آتش کشیده‌اند و مردم هر کدام به سویی فرار می‌کنند. علما و بزرگان را در جوار حرم مطهر به قتل رسانده‌اند. در این میان معلوم است بنای حرم هم از آسیب دور نمی‌ماند. این شرح خونین و آتشین، مربوط به حمله غزهای ترک است؛ حمله‌ای که آسیبش سال بعد به دستور حاکم مرو در عهد سلطان سنجر بازسازی می‌شود. اما این واقعه خونین بعدها در برابر حمله مغولان رنگ می‌بازد. ابن‌ابی‌الحدید در شرح نهج‌البلاغه می‌نویسد مغولان سال ۶۱۸ق ابتدا به توس حمله آوردند، شهر را غارت کردند و مردم را به قتل رساندند. سپس وارد مشهدالرضا(ع) شدند و آنجا را هم خراب کردند. اگرچه بعضی منابع از خرابی بارگاه مقدس رضوی به دست مغولان سخن گفته‌اند ولی مؤلف تاریخ آستان قدس رضوی از قول ابن‌ابی‌الحدید می‌نویسد مغولان با آنکه به مردم رحم نکردند، اما بارگاه رضوی را تخریب نکرده و احتمالاً به غارت اموال و اثاثیه آن اکتفا کردند.

رونق داخلی، هجوم خارجی

دوره تیموری، دوره بازسازی و گسترش حرم مطهر است. در این دوره پادشاهان چه از روی ارادت و چه به سبب سیاست، برای بازسازی و ساخت‌وساز جدید در حرم مطهر سنگ‌تمام گذاشتند و حاصل کارشان به مدد هنرمندی معماران، مجموعه‌ای باشکوه بود که تا امروز مانا و برقرار است. پس از آن در دوره صفوی بر عظمت و شکوه حرم مطهر افزوده شد و مناره نزدیک گنبد که در عهد غزنویان به دستور ابن‌معتز، حاکم نیشابور ساخته شده بود، به امر شاه طهماسب مرمت و طلاکاری و سال ۹۳۲ق خشت‌های نفیس کاشی روی گنبد به خشت‌های طلا تبدیل شد. با وجود این، در این دوران هم همه روزها برای حرم مطهر و زائرانش خوش نبود. نمونه‌اش حمله وحشیانه ازبک‌ها به شهر مشهد و کشتار مردم در صحن و سرای علی بن موسی‌الرضا(ع) است. قول‌ها درباره این تهاجم و غارتگری از جاری شدن خون در روضه منوره و به اسارت بردن زنان و کودکان حکایت می‌کند. در این حمله، لشکر عبدالمؤمن خان ازبک قندیل‌های مرصع طلا و نقره و شمعدان‌ها و نیز میل طلای بالای گنبد و بسیاری از ظرف‌ها، فرش‌ها و کتاب‌های کتابخانه آستانه مبارکه را به غارت بردند. گفته می‌شود عبدالمؤمن خان سرانجام به سخت‌ترین وجه به دست اتباع خود به قتل رسید. پس از این واقعه، سال ۱۰۱۰ق که شاه عباس پیاده به زیارت آمد، دستور ترمیم گنبد را داد و آن را طلاکاری کرد.

دزدی نوه‌های نادرشاه

این بازسازی‌ها هرچند در دوران افشاریه هم ادامه پیدا کرد و ایوان طلای صحن عتیق (انقلاب) و مناره بالای آن و بنای مناره ایوان شمالی طلاکاری و تذهیب و سقاخانه اسماعیل طلایی صحن عتیق بنا شد، اما نوادگان نادر پس از او به گنجینه‌های حرم مطهر چشم داشتند و طمع‌ کاری کرد که در تاریخ نامشان به عنوان غارتگران آستان علی بن موسی‌الرضا(ع) ثبت شد. داستان این تاراج شاید به افسانه و اغراق هم آمیخته شده باشد اما روایت پرکشمکشی است که از رقابت دو برادر آغاز می‌شود. سال ۱۱۸۳ق شاهرخ فرزند رضا قلی میرزا فرزند نادرشاه افشار در خراسان حکومت می‌کرد. احمد شاه درانی به مشهد حمله کرد و نصرالله میرزا پسر شاهرخ که ولیعهد بود با او مقابله‌ای مردانه کرد و او را شکست داد و مجبور به سازش کرد. این امر موجب غرور او شد. گفته می‌شود پس از آن بود که به خیال جهانگیری افتاد. مسلم است لشکرکشی و فتح جهان با جیب خالی ممکن نیست. سال ۱۱۹۰ق که خزانه پدرش خالی و برای پرداخت حقوق سپاهیانش درمانده شد به تحریک برخی اطرافیانش طلا و جواهرات حرم مطهر رضوی را از قندیل‌ها و درها جدا کرد، مقداری را فروخت و مقداری را آب کرده و سکه ضرب کرد و به عنوان دستمزد به سپاهیان داد. نصرالله میرزا پس از مدتی خلع شد و برادرش نادر میرزا به جای او ولیعهد شد. راویان می‌گویند او در تاراج حرم مطهر روی دست برادرش بلند شد و به جز دستبرد به اموال موقوفه، از خشت‌های طلای روی گنبد هم چشم‌پوشی نکرد. نصایح مرحوم آیت‌الله میرزا مهدی مجتهد، تولیت وقت آستان قدس نیز مانع کارهای ناشایست و تجاوزگرانه او نشد. اما مردم به او اعتراض کردند و سکه‌های ضرب شده را که در بازار بود جمع‌آوری کرده و به میرزا مهدی مجتهد، جد سادات شهیدی مشهد برگرداندند. نتیجه نارضایتی مردم به شورش ختم شد و نادر میرزا هم که باعث و بانی این اعتراض را میرزا مهدی می‌دانست، دستور به قتل او داد و مرحوم میرزا مهدی مجتهد به «شهید رابع» معروف شد.

جسارت‌های سالار

پادشاهان قاجار به دنبال این بودند مانند شاهان صفوی یادگاری از خود در بقاع متبرکه به‌جا بگذارند و در این زمان هم به وسعت ابنیه حرم مطهر افزوده شد، اما در این میان بودند افرادی که از هرج‌ومرج در این دوره استفاده کردند. به‌طور مثال، محمدحسن‌خان سالار، فرزند الله یارخان آصف‌الدوله در سال ۱۲۶۳ق یعنی یک سال پیش از پایان پادشاهی محمدشاه قاجار در خراسان شورش کرد و پس از تصرف قلعه کلات، نزدیک به دو سال در خراسان حکومتی خودمختار داشت. در این مدت به فرمان او تمامی قندیل‌ها، چراغ‌ها و اثاثیه زرین حرم حضرت رضا(ع) را ذوب کردند و به نام او سکه زدند. مأموران او حتی از در مرصع و جواهرنشان اهدایی فتحعلی شاه نگذشتند و آن‌ها را کنده و ربودند. پس از دولت مستعجل سالار در سال ۱۲۶۸ ه.ق حسام‌السلطنه، عموی ناصرالدین شاه دستور داد دوباره در را با طلای ضخیم بپوشانند و با جواهرات تزئین کرده و در جای اولیه‌اش نصب کنند. سالار که مغلوب حسام‌السلطنه شده بود به حرم پناهنده شد، اما میرزا عسکری، امام جمعه مشهد او را به‌خاطر جسارت‌هایش به آستانه مقدسه، از روضه منوره بیرون کرد و سالار که تنها مانده بود در نهایت دستگیر و کشته شد.