نسب او به حارث بن عبدالله اعور همدانی از یاران با وفای امام علی(علیه السلام) بر می‌گردد. شیخ بهائی، حکیمی عارف، فقیه، ادیب، ریاضیدان و مهندسی ممتاز بود؛ فقیهی به نام شیخ منشار که شیخ الاسلام وقت بود، او را به جانشینی خود انتخاب کرد و دخترش را به عقدش درآورد و پس از در گذشت شیخ منشار، شیخ بهائی به جانشینی او منصوب گردید.

گرمابه شیخ که با تهیه آبگرمکنی خاص بر اساس دانش خویش سبب تحیر آدمی شده است، در کنار تقسیم اصولی آب زاینده رود در آن زمان و در نتیجه پایان دادن به نزاع اهالی آن مناطق برای بهره برداری از آب و ساخت مسجد چهارباغ روی لجنزاری سست، اما به شیوه‌ای قرص و محکم که مورد توجه اروپاییان قرار گرفته و از آن الگو گرفتند، در کنار محاسبات ریاضی آن زمان که اکنون در علم رایانه به همان شیوه استفاده می‌شود، از فعالیت‌های شاهکار شیخ بهایی بوده است.

پدرش شیخ عزالدین حسین عاملی، استاد او در فقه و اصول، تفسیر، حدیث و ادبیات عرب بود و نجم بن شهاب، معروف به ملاعبدالله بهابادی مؤلف حاشیه ملاعبدالله، منطق و کلام و معانی و بیان و ادبیات عرب را به او آموخت.

ریاضی، کلام و فلسفه را از مولانا افضل قاینی مدرس سرکار فیض کاشانی درس گرفت و طب را از حکیم عماد الدین محمود، طبیب ویژه شاه طهماسب و مشهورترین پزشک ایران در آن دوره آموخت.

صحیح بخاری را نزد ابی الطیف مقدسی فرا گرفت و مدتی هم در علم حساب شاگرد ملامحمدباقر یزدی ریاضیدانان و مؤلف کتاب مطالع الانوار بوده ‌است.

و اما شاگردان وی نیز افراد شهیر و بنامی همچون ملاصدرای شیرازی، محمدتقی مجلسی، محقق سبزواری، نظام‌الدین محمد قرشی، ملا محسن فیض کاشانی، ملا خلیل قزوینی، ملا صالح مازندرانی و سید میرزا حسینی طباطبایی نائینی بوده‌اند.

تألیفات متعدد شیخ بهائی در حدود 95 مورد نقل شده است که برخی از آن‌ها عبارتند از مفتاح الفلاح، کشکول، حبل المتین، حدائق الصالحین، مثنوی نان و حلوا، عروة الوثقی، تشریح الافلاک، جامع عباسی، مشرق الشمسین و اکسیر السعادتین، خلاصة الحساب، حدیقة هلالیه، بحر الحساب، الزبده فی الاصول، صمدیه، اثنا عشریه و سر المستتر.

نان و حلوا و نان و پنیر دو مثنوی از شیخ بهائی می‌باشد که بر وزن مثنوی مولوی است. از نثر فارسی او تنها نمونه‌ای که در دیوان‌های چاپی آمده، رساله پند اهل دانش و هوش به زبان گربه و موش است. جدا از تبحر در ادبیات و شعر فارسی در ادبیات عرب نیز اشعار زیبائی سروده و در علم نحو عرب کتاب فوائد الصمدیه را دارد که به نام برادرش عبدالصمد کرده است و اکنون در سطح یک حوزه علمیه برای تعلیم طلاب تدریس می‌شود.

در مدت 75 سال عمرش چهار پادشاه صفوی بر سر کار آمدند که به ترتیب شاه طهماسب، شاه اسماعیل دوم، سلطان محمد خدابنده و شاه عباس صفوی نام داشتند و عمده فعالیت او در زمان دو پادشاه دوم بوده است. وی در 12 شوال سال 1030هجری چشم از جهان فرو بست و بنابر وصیتش در حرم رضوی به خاک سپرده شد.