تعطیلی و انفعال ستاد، انتقاداتی به همراه داشته است، به طوری که در آخرین مورد برخی از نمایندگان مجلس از جمله حسن کامران، نماینده اصفهان و حسینعلی حاجی دلیگانی نماینده شاهین شهر، برخوار و میمه خواستار تغییر اعضای ستاد و پاسخگویی مسئولان قوای سه گانه در این زمینه شدند. ستاد هماهنگی مبارزه با مفاسد اقتصادی بنا بر ضرورت‌ مبارزه با فساد و پیرو صدور فرمان رهبر معظم انقلاب در دهم اردیبهشت ۱۳۸۰، تشکیل شد. اجرای فرمان هشت ماده‌ای رهبر معظم انقلاب در ارتقای سلامت نظام اداری و مبارزه با فساد، شناسایی و سالم‌سازی گلوگاه‌های فسادخیز نظام اداری و اقتصادی کشور و ایجاد شفافیت و ارتقای نظارت در آن‌ها توأم با تسهیل فضای کسب و کار و برقراری زمینه‌های امنیت اقتصادی و رشد و توسعه اقتصاد، از جمله اهداف ستاد تعیین شده است. ستاد با عضویت رئیسان سه قوه تشکیل شد و مسئولیت اداره آن به معاونان اول سه قوه تفویض گردیده است. 

 وعده‌های سرخرمن معاون اول رئیس جمهور
در همین راستا، اسحاق جهانگیری، معاون اول رئیس جمهور سوم اردیبهشت ماه در مصاحبه‌ای گفت: حدود هفت ماه است که جلسات ستاد مبارزه با مفاسد اقتصادی را برگزار نکرده‌ام. در زمان خودش توضیح خواهم داد که چرا در این مدت جلسات ستاد مبارزه با مفاسد اقتصادی تشکیل نشده است. البته امیدوارم نخستین جلسه این ستاد پس از مدت‌ها تعطیلی، در ماه جاری تشکیل شده و بحث‌های جدی پیرامون آن مطرح شود. پس از این اظهارات جهانگیری، انتظار می‌رفت جلسات ستاد پس از وقفه هشت ماهه دوباره از سر گرفته شود. علاوه بر این مصاحبه، جهانگیری پس از پیگیری‌های اعضای ستاد وعده داد تا جلسات ستاد را برگزار کند. با تشکیل دولت دوم روحانی این ستاد در عمل تعطیل شد. به عبارت دیگر از مرداد سال گذشته که دولت دوم روحانی آغاز به کار کرد تا پایان سال، این ستاد تنها یک جلسه برگزار کرده است.

 ستاد مبارزه با مفاسد اقتصادی تعطیل است
عزت الله یوسفیان ملا، نماینده آمل در مجلس شورای اسلامی در سخنانی با بیان اینکه جلسات ستاد مبارزه با مفاسد اقتصادی دیگر برگزار نمی‌شود، گفت: ستاد در سال گذشته تنها دو جلسه برگزار کرد، این در حالی است که پیش از این هر دو هفته یک بار جلسات ستاد برگزار می‌شد.  وی با بیان اینکه رسیدگی به مفاسد، بویژه در حوزه اقتصادی باید در صدر اولویت‌های مجلس و دولت قرار گیرد، اظهارداشت: بنده به عنوان عضو ناظر مجلس در ستاد مبارزه با مفاسد اقتصادی وظیفه دارم کاستی‌ها، نواقص و چگونگی کیفیت برگزاری جلسات و هر آنچه که در این جلسات اتفاق می‌افتد را به رئیس مجلس گزارش کنم.
وی با گلایه از برگزار نشدن جلسات ستاد مبارزه با مفاسد اقتصادی افزود: چندی پیش در نامه‌ای به آقای لاریجانی اوضاع اسفناک ستاد مبارزه با مفاسد اقتصادی را گزارش کردم. خشکاندن ریشه فساد در کشور نیازمند عزم ملی و جدی از سوی تمامی نهادها و دستگاه‌ها، بویژه قوای سه‌گانه است، اما متأسفانه تنها مرجع رسیدگی‌کننده به پرونده‌های فساد که باید مسائل را به طور تخصصی بررسی کرده و شفاف‌سازی کند، به ریاست آقای جهانگیری، معاون اول رئیس‌جمهور یا تشکیل جلسه نمی‌دهد و یا جلسات آن غیرمنظم تشکیل می‌شود. عضو ناظر مجلس در ستاد مبارزه با مفاسد اقتصادی، یکی از آسیب‌های جدی تشکیل نشدن و یا نامنظم تشکیل شدن جلسات ستاد را ابتر ماندن بررسی پرونده‌ها دانسته و اظهارداشت: رویه فعلی در برگزاری جلسات ستاد مبارزه با مفاسد اقتصادی، موجب می‌شود فضا برای مفسدان امن شود.
یوسفیان ملا خاطرنشان کرد: اینجانب دو بار با آقای جهانگیری صحبت کردم و ایشان قول دادند تا جلسات ستاد را فعال کنند، اما هنوز اقدامی نشده است. اکنون هم هیچ امیدی به برگزاری جلسات ستاد نبوده و ستاد در عمل تعطیل شده و ما هم به عنوان نمایندگان قوه مقننه دلیل آن را نمی‌دانیم.