نزاع میان باکو و ایروان از ابتدای استقلال از شوروی ایجاد شده و تاکنون هم ادامه دارد.

در قبال مسائل این حوزه، ایران همواره تلاش کرده حسن نیت و بی‌طرفی میان باکو و ایروان را در دستور کار قرار دهد. اما رویکردهای سکولار مقامات باکو سبب شد نفوذ آمریکا و رژیم صهیونیستی در این کشور تقویت شود.

در می‌ ۲۰۰۹، اتاق مشترک بازرگانی جمهوری‌آذربایجان و رژیم صهیونیستی در تل‌آویو آغاز به کار کرد. اسرائیل با خرید نفت از این کشور نیز توانست روابط خود را توسعه دهد.  

البته ذکر این نکته هم لازم است که در درگیری‌های اولیه باکو و ایروان، در سال ۱۳۷۱،  ایران برای آتش‌بس میانجیگری کرد. مرحوم هاشمی رفسنجانی در خاطرات خود می‌گوید برای حل بحران در دیدار با حیدر علی‌اف، وی، از او تقاضای ورود ایران به جنگ به نفع آذربایجان را داشته است و پیشنهاد می‌کند که ایران اداره جمهوری آذربایجان را بپذیرد.

هاشمی‌ پس از مشورت، ورود ایران به جنگ را نمی‌پذیرد، درضمن در صداقت علی‌اف تردید می‌کند. در سایر درگیری‌های آذربایجان به‌خصوص در قره‌باغ ایران همواره خویشتنداری کرده است.  اما رفته‌رفته روابط به‌دلیل گسترش دامنه اختلافات با افت محسوسـی مواجه شـد .

در سـال ۲۰۰۶ دیدارهای رسـمی و توافقـات دو کشور افزایش پیدا کرد و  الهـام علـی‌اف بـا محمـود احمدی نـژاد در تهـران دیـدار کـرد. مسئله دیگر در تضعیف روابط دو کشور، روابط حسنه تهران-ایروان بوده است. اما این روابط حسنه هیچ‌گاه به معنای عدم حمایت از مردم شیعه آذربایجان نبوده. مـاه می‌۲۰۱۵ هم سـفیر ایران در آذربایجـان در حمایتی آشکار اعـلام کـرد ایـران جمهـوری خودخوانـده ناگورنـو - قره‌بـاغ را به رسمیت نخواهـد شناخت.

 باوجود این قانون‌مداری روابط دو کشور با اقدامات تروریستی مرتبط با باکو افت چشمگیری کرد. ترور شهید فخری‌زاده تا مدت‌ها بر روابط دو کشور سایه انداخت. 

در ماه‌های اخیر رویکرد علی‌اف در قبال ایران کاملاً خصمانه شده و باکو عزم خود را جزم کرده به هر قیمتی، کریدور زنگزور را احداث کند. کریدور زنگزور و حذف ایران از مسیرهای ترانزیتی منطقه ارتباط ایران را با اروپا مسدود خواهد کرد.

نگاهی به این تاریخ پرفراز وفرود مشخص می‌کند ایران باید در سیاست بی‌طرفی خود تجدیدنظر کند؛ چراکه تاکنون توفیقی نداشته است. به‌جای آن تهران باید سیاست رقابت در عین همکاری را در دستور کار خود قرار دهد.