برخی از پیامدها و تأثیرات حضور امام رضا(علیه‌السلام) در ایران را میتوان به شرح زیر برشمرد:

رشد علوم اهل بیت(ع) وشکل گیری مراکز علمی و گسترش تشیع

از جمله تکالیف الهی ائمه (ع) ارشاد و هدایت  عمومی مردم و رهنمون آنها به قرآن و سیره پیامبر (ص) است، تعلیم و تربیت مردم و توجه دادن آنان به علم و دانش و مبارزه با انواع نادانی‌ها، جهالت‌ها و شبهات و سرانجام تربیت شاگردان، عالمان و اندیشمندان بوده در زمره همین تکلیف الهی است.

امام رضا(ع) چه در مدینه و چه در مرو، فعالیت علمی وپاسخگویی به شبهات و سئوالات مردم را جدی می گرفت ، وبه مردم  فرمود: دانش ما را فراگیرید و به مردم یاد دهید، زیرا اگر مردم زیبایی سخن ما را بدانند، از ما پیروی میکنند. »  و فرمود: «من در روضه منوره نبوی می نشستم، در حالی که علمای بسیاری در مدینه حضور داشتند، هنگامی که یکی از آنان در پاسخ سئوالی در می ماند، همگی آنان، افراد را به نزد من می فرستادند و من پاسخگوی سئوالات آنان بودم. 

امام به محض حضور در مرو ضمن ادامه همین تکلیف، برای رشد فرهنگ و اعتقادات مردم خراسان بسیار تلاش نمود؛  مناظره های علمی با اهل کتاب و نحله های فکری گوناگون، موجبات تثبیت عقاید دینی مردم و اعتلای معرفت و بینش دینی جامعه مسلمین را  فراهم آورد. شمار مناظرات امام رضا(ع) با اهل کتاب و نمایندگان مسیحیان، یهودیان، مانویان، زرتشتیان، صابئین و فرق اسلامی بسیار است. 

با توجه به جوّ عقلگرایی که معاصر امام بوجود آمده بود و فرقه های گوناگون در منازعات فکری بودند و عقل گرایی در مسائل کلامی و دینی در اوج بود، حضور امام رضا(ع) برای تبیین و تحکیم مواضع شیعه و رفع شبهات از آن و رهنمون شیعیان بسیار ضروری و مفید می‌نمود. 

با شناخته شدن امام در مناظرات، انظار عموم مسلمین به سوی امام جلب شد ومردم برای پاسخ گرفتن در سئوالات وشبهات به آن حضرت روی آوردند ؛ دستگاه خلافت با مواجه این استقبال مشروعیت خود را در خطر دید ومردم را از ارتباط با امام منع کرد. 

حضور امام سبب گردید کانون‌های علمی درایران شکل گیرد چراکه دانشمندانی از خاندان امامت وسادات و علویان پس از هجرت امام، به سوی ایران رهسپار شدند، این موج مهاجرت نیز طبعا تاثیرات فرهنگی زیادی داشت مثلاً حرکت حضرت معصومه به سوی ایران و استقرار ایشان حضرت درقم سبب، زمینه‌ساز حضور دانشمندان زیادی در قم شده و قم در مسیر تاریخ مبدل به قوی ترین کانون علمی اسلامی گردید. براین اساس می توان گفت حضور امام رضا ع در ایران از نظر رشد علمی بسیار چشمگیر بوده است.

تأسیس و توسعه فضاها و موقوفات فرهنگی

بعد از شهادت امام(ع)، محل دفن حضرت مبدل به عبادتگاه بزرگ اسلامی و یکی از کانون‌های علمی در آن تاسیس شد؛ روضه مطهره رضویه از همان روز نخست خادم داشته و شخصی کلیددار حرم مطهر بوده است. پس از مدتی در کنار قبر آن حضرت مسجدی ساخته و در اختیار زائران قرار میگیرد. به موازات ساختن مساجد رباط هایی نیز جهت سکونت زائران امام(ع) ساخته و متصدیان در آنجا به فعالیت میپرداختند و برای رفاه و آسایش زائران کوشش می‌کردند؛ مشهد امام علی بن موسی الرضا(ع) محل مسکونی می‌شود و اندک اندک در آنجا سکونت می‌یابند و بعد از مدتی حالت یک قصبه را به خود میگیرد و به «مشهدرضا » معروف می‌گردد.

شاهرخ امیر تیمور که در هرات حکومت میکرد، به مشهد مقدس عنایتی بسیار داشت. در این ایام به دلیل وجود امنیت، مردم از گوشه و کنار، برای زیارت به مشهد مشرف می شدند. در این دوره فضاهای جدیدی برای عبادت و زیارت ساخته می‌شد و در اختیار زائران حضرت رضا(ع) قرار می‌گرفت ، گوهرشاد، رواق بزرگ دارالسیاده، رواق دارالحفاظ و رواق دارالسلام را ساخت و در همین زمان، مسجد مجلل و باشکوه گوهرشاد نیز بنا گردید. 

مسجد جامع گوهرشاد یکی از مهمترین و زیباترین مساجد تاریخی در بلاد و اماکن اسلامی به شمار میرود احیا وتاسیس موقوفات دامنه دار فرهنگی در پیرامون مرقد امام رضا (ع) وحضرت معصومه نیز بهترین بستر برای توسعه فرهنگی واقتصادی در ایران شد.  

تاسیس مراکز درمانی

براساس گزارش متون تاریخی همواره در جوار بارگاه ملکوتی حضرت علی بن موسی الرضا(ع) مرکز و محلی برای درمان بیماران و مسافران وجود داشته است که بعدها به شفاخانه و یا دارالشفاء شهرت یافت ، زائرین و مردم ساکن در جوار حرم از آن بهره مند می شدند.   به احترام آن حضرت وبرکت قبر مطهرش موقوفاتی نیز به این مراکز از طرف دوستداران اهل بیت (ع) اختصاص یافت وروز به روز این روند گسترش یافت که تا به امروز مبدل به مرکز درمانی بزرگ وقابل توجه با موقوفات خاص  گردیده است؛

تاسیس مدارس علمی و دینی

پس از اینکه مدفن امام تبدیل به زیارتگاه و سپس شهر گردید و موقوفاتی به آن اختصاص یافت از نظر تمدنی شهرهای بزرگ از جمله شهر فعلی مشهد شکل گرفت و پیرامون حرم، مدارس دینی وعلمی و کتابخانه های متعدد ساخته و تاسیس گردید و مدتها خراسان  بعنوان کانون بزرگ علمی شد و از هرات، ماوراء‌النهر، نیشابور، سبزوار و دیگر کانونهای علمی جویندگان علم جذب این مراکز شدند و همه آنها تحت الشعاع این مرکز قرار گرفتند و مدارس علمی ودینی در این منطقه مجتمع گردید .

در دوره تیموریان مدارس بزرگ با موقوفات ویژه در این شهر به فعالیت پرداختند  قبل از آن و در دوره صفویان و افشاریان همواره حاکمان به دیده احترام نسبت به این بارگاه نگریسته اند و همین بینش ها سبب شده که رونق فرهنگی و علمی وتاثیرات این بقع با کرامت روز افزون گردد که دراینجا به اختصار به بخش کوچکی از آن اشاره گردید. 

تبدیل شدن خراسان و شرق ایران به قطب علمی جهان

بدون تردید پس از حضور امام در شرق ایران و ممالک اسلامی  توجه دانشمندان به این نقطه و تمرکز دانش در این مناطق بیشتر شده است ؛ گوه این حقیقت این است که حضور امام در این منطقه و برگزاری جلسات علمی دانشمندان به این سوی گسیل شدند و پس از این در این بخش از قلمرو اسلام مدارس دینی بزرگ تاسیس می شود ودانشمندان فرهیخته از این دیار اعم از شیعه و سنی تربیت می شود ؛ از خواجه طوسی تا شیخ طوسی و ابوریحان و غزالی و افراد زیاد که همه برجسته و صاحب مکتب و روش و خالق آثار بزرگ علمی و تمدنی از این مناطق برخاستند که تا عصر حاضر ادامه داشته است از ادیبان تا شعران وفقیهان و دانشمندان دیگر که همه ذیل توجهات معنوی ووجودی حضرت بوده است.