عملکرد منطقه آزاد انزلی تاکنون با انتقادات بسیارهمراه بوده و این منطقه  تا به امروز نتوانسته ایفاگر نقشی باشد که از آن انتظار می‌رفت. از سال ۱۳۸۴ که منطقه آزاد انزلی  فعالیت خود را با هدف توسعه اقتصادی استان، تسهیل تجارت خارجی و صادرات به کشورهای همجوار دریای خزر آغاز کرد؛ انتقادات زیادی از سوی کارشناسان اقتصادی درخصوص عملکرد این منطقه درعدم موفقیت در جذب سرمایه‌گذار به ویژه سرمایه‌گذاران خارجی، حجم مبادلات تجاری، درآمدزایی و ایجاد اشتغال به آن وارد شده است. به عقیده کارشناسان اساساً منطقه آزاد انزلی نه تنها منجر به تحول مثبتی در منطقه و توسعه پایدار استان نشد، بلکه سیاست خود را صرفاً در توسعه گردشگری منطقه قرار داده است.
تراز منفی
پیوستن ایران به پیمان‌های شانگهای و اوراسیا از جمله تبلیغات گسترده‌ای بود که نوید توسعه و رونق تجارت در مناطق آزاد به ویژه در منطقه آزاد چابهار و همچنین انزلی را داشت، اما اظهارات دبیر شورای عالی مناطق آزاد مبنی بر اینکه تراز تجاری این دو منطقه آزاد منفی شده است، جای تأمل دارد و خود گواه این موضوع است که این مناطق توفیق چندانی در پیشبرد اهداف صادراتی نداشتند!
پیش‌بینی‌ها حاکی از آن بود که این مناطق به قطب ترانزیت کالا تبدیل خواهند شد اما تاکنون نه تنها این اتفاق نیفتاده بلکه ضعیف‌تر از مناطق دیگر عمل کرده‌اند.
براساس سیاست‌های کلان در سال‌های گذشته مناطق آزاد کشور باید به مسیرهای اصلی تجارت کشور برای عبور از موانع تحریمی تبدیل می‌شدند، اما از نظر عملکردی این مناطق نتوانستند کمکی به تجارت سرزمین اصلی بکنند و حتی برخی از آن‌ها به مقصد کالاهای تولیدی سرزمین اصلی بدل شدند.
در حالی که پیش از این دبیر شورای عالی مناطق آزاد اعلام کرده بود منطقه آزاد انزلی هابی برای توسعه تجارت با روسیه و کشورهای حوزه اوراسیا خواهد بود، اما در شرایط کنونی آمارها حکایت از این دارد که بندر این منطقه به هابی برای واردات کالا تبدیل شده است.
کارشناسان اقتصادی اذعان می‌کنند مناطق آزاد کشور از نظر عملکرد کماکان شبیه هم هستند. البته در کیش هتل و متل ایجاد کرده‌اند و رونق آن بهتر از مابقی است. در قشم به دلیل کالای همراه مسافر و رونقی که از این راه بدست می‌آید، تقریباً مشابه کیش است. چابهار وضعیت مناسبی ندارد. در انزلی هم هنوز زیرساخت‌های آن تکمیل نشده و خیلی باقی مانده تا تکمیل شود.  
سبقت گردشگری از فعالیت‌های اقتصادی
تا زمانی که سطح مراودات با دنیا به‌ویژه از یک سو با کشورهای خاور دور و از دیگر سو با کشورهای اوراسیا و اروپا مناسب نباشد و نتوانیم راه‌های ریلی و مواصلاتی را به بندر متصل کنیم، نمی توانیم بهره‌گیری مناسبی از ظرفیت منطقه آزاد داشته باشیم و این موضوع فراتر از مدیریت مناطق آزاد و نیازمند تصمیمات سطوح بالای مدیریتی کشور است.
شواهد نشان می دهد تراکم جمعیتی و نزدیکی تهران و البرز به گیلان موجب شده مدیران مناطق آزاد انزلی فعالیت خود را بیشتر روی مقوله گردشگری و برگزاری جشنواره‌های فرهنگی معطوف کنند.
بنا بر گفته بسیاری از دغدغه‌مندان، مدیران منطقه آزاد وقت و انرژی خود را صرف ایجاد مال، پاساژ و تمدید پروانه و برگزاری جشنواره‌ها یا گرفتن هزینه از فروش زمین و پروانه ساختمانی کرده‌اند و متأسفانه باید اذعان کرد: سال‌هاست چرخ منطقه آزاد انزلی به همین طرق می‌چرخد.
 جای خالی کارکرد صادراتی                  
انوش رحام، یکی از کارشناسان حوزه بازرگانی در خصوص کارکرد مناطق آزاد در دنیا می گوید: مناطق آزاد در اکثر کشورهای دنیا کارکرد صادراتی داشته‌اند؛ چه در بخش صادرات چه در بخش صادرات مجدد و علت اینکه معافیت هایی برای ورود کالا قرار می‌دهند این است که کالاهای نیمه ساخته و مواد اولیه راحت‌تر وارد مناطق آزاد شوند و در نتیجه تولید و اشتغال ایجاد شود.
این کارشناس امور بندری می‌گوید: برعکس مناطق آزاد در کشورمان در هر جایی که ایجاد شد، عملاً روند تولید را کم کرده است. برخی مناطق آزاد مثل انزلی پویایی را که باید به عنوان پایلوت توسعه صادرات ایجاد می‌کردند، نکردند و همه‌شان تبدیل به پایلوت واردات شدند.  
وی می‌گوید: مناطق آزاد در کشور ابتدا به ساکن که برنامه‌ریزی شدند، باید در مناطقی جانمایی می‌شدند که به مسیرهای ترانزیتی نزدیک‌تر باشند اما در برخی موارد جانمایی، که این موضوع لحاظ نشده، توانایی ورود و خروج کالا کاهش پیدا کرده است.  
رحام با بیان اینکه اصلی‌ترین ویژگی مناطق آزاد، کارکرد آن‌هاست، تأکید می‌کند: دومین ویژگی مناطق آزاد، نحوه اداره آن‌هاست. یعنی مناطق آزاد به جای اینکه قرار بوده مناطق تجاری ـ اقتصادی باشند، بیشتر تبدیل به مناطق آزاد سیاسی شدند و محلی شده که مسئولان استان فکر می‌کنند از طریق منطقه آزاد می‌توانند محبوبیت‌هایی کسب کنند یا معافیت‌هایی وضع کنند که متأسفانه همه آن‌ها اشتغال و تولید را ازبین می‌برند.  
وی ابراز می‌کند: اگر خیلی بخواهیم در مورد منطقه آزاد انزلی اغراق کنیم، درنهایت یک منطقه آزاد ساده و بی‌کیفیت است و تولید آنچنانی ندارد؛ زیرا اولاً بدون هیچ مطالعه‌ای تعداد زیادی روستا به آن اضافه شد و درثانی منطقه آزاد باید طوری طراحی شده باشد که امکان قاچاق و پولشویی در آن نباشد. وی افزود: متأسفانه هر جا منطقه آزاد ایجاد شده، اولین محصولی که مردم دنبالش بودند خودرو بوده است. نخستین جذابیتش برای مردم خرید خودرو بدون عوارض بوده است.
ساخت پاساژ به جای رقابت در صادرات
این کارشناس اقتصادی تصریح می‌کند: این درست نیست که یک پاساژ تأسیس کنیم و اسم آن را بگذاریم منطقه آزاد یا مثلاً بشود محل ترانزیت کالا در شمالی‌ترین نقطه کشور و مردم بروند آنجا و گران‌ترین کالاها را بخرند در حالی که مناطق آزاد وظیفه فرهنگی و برپایی جشنواره را ندارند. آن‌ها وظیفه ندارند نمایشگاه لباس بچه و پوشاک رنگارنگ دایر کنند و فقط خریدار جذب کنند.
عملکرد منطقه آزاد این نیست که مرکز تجاری فروش کالا به شکل پاساژ یا غرفه یا نمایشگاه باشد. راهکار آن این است که بررسی شود در منطقه آزاد انزلی ارزش عرضه و صادرات کالا چقدر بوده و ارزش هر تن واردات چه میزان است؟ آیا تراز و تناسبی میان این دو وجود دارد یا اساساً صادرات ارزان و واردات بسیار گران انجام می‌شود؟ یعنی اختلاف ارزش صادرات با ارزش واردات نشان می‌دهد آن منطقه مؤثر در تولید بوده یا نه؟  
رحام اذعان می‌کند: در حال حاضر مناطق آزاد فقط مشغولیت ایجاد می‌کنند؛ یعنی واژه اشتغال حذف شده و به جای آن واژه مشغولیت جایگزین شده، یعنی فعالیت‌ها به گونه ای است که مردم محروم منطقه به شکلی مشغول باشند.
وی می‌گوید: مناطق آزاد بیش از حد سیاسی شده‌اند و مدیرانش فکر می کنند یک منطقه کاملاً مستقل هستند در حالی‌که نباید اجازه داده شود مناطق آزاد در کشور ما تبدیل به مناطق خودمختار اقتصادی شوند!
این کارشناس بیان می‌کند: به هر حال مناطق آزاد در راستای اهداف توسعه کشور ایجاد شدند و قرار نیست خودشان برای خودشان ایجاد درآمد بکنند؛ قرار نیست مدیرانش کاری کنند که منطقه انحصاری شود. چون هدف نهایی ایجاد رونق در کل کشور است اما متأسفانه مدیران مناطق آزاد چنین دید ملی ندارند و تمام تمرکزشان معطوف به منطقه تحت مدیریت خودشان است!