پس از سه سال، با یکی از طلاب پیاده از راه سبزوار و نیشابور عازم مشهد شد و در مدرسه «دو در» ساکن گردید. ادبیات و سطح را تا قوانین در مشهد آموخت. خود در کتاب سیاحت شرق گفته است: «در آن سال در مشهد با ماهی یک تومان امور زندگانی خود را ادامه دادم و ایام تابستان نیز در خارج از شهر در مزارع به کار می پرداختم». او بعد از سه سال و چند ماه توقف در مشهد، بر اثر اختلافی که در تحصیل با همدرسان خود پیدا کرد از ادامه تحصیل منصرف شد و به قوچان مراجعت نمود و بلافاصله به قریه خود بازگشت و از آن جا برای دیدار خاله اش به بجنورد رفت. در بجنورد با همفکری یکی از دوستان همدرسش مصمّم می شود که به مشهد برود و اثاثیه مختصر تحصیل خود را برداشته و برای ادامه تحصیل به اصفهان مسافرت کند. وی در سال ۱۳۱۳ ق. اوایل جلوس مظفرالدین شاه حدوداً در سن ۱۹- ۲۰ سالگی همراه دوستش با یک الاغ پیر که اثاثیه مختصرشان را می برد، پیاده طی طریق نموده و پس از عبور از تربت حیدریه و گناباد و طبس از راه کویر و بیابان لوت با تحمل مشقّات و مرارت های زیاد به شهر یزد و سپس به اصفهان می رسند. او در اصفهان نزد آخوند کاشی «منظومه حاج ملا هادی سبزواری» را خواند و درس «رسائل» را از شیخ عبدالکریم «گزی» فراگرفت و حکمت را نزد میرزاجهانگیرخان صوراسرافیل آموخت. و نیز فقه را نزد «آقانجفی» برادر ثقه الاسلام و قوانین را نزد شیخ علی بابا تلمّذ کرد.
او در سیاحت شرق می نویسد: «... در اوایل تحصیل، در اصفهان بسیار سخت گذشت به طوری که در مدت شش ماه اول، سه روز گرسنه به سر برده و ناچار شدم یکی از کتاب های خود را به نام معالی به دو قران فروخته سدّ جوع نمایم...».
در این حال نسبت به مراقبت و تزکیه نفس سخت مقید بوده است، او می گوید: «عمده چیزی که انسان را انسان حقیقی کند و صفای باطنی آرد و «طلبه» را چیز فهم کند، برحسب آنچه مفهوم و تجربه حاصل شد، دو چیز است: یکی ابتلائات بدنی و حیوانی و دیگر ابتلائات روحی و باطنی... سپس درباره آداب و رفتار طلاب علوم دینی می گوید: طلبه باید همیشه به یاد خدا باشد و توفیق فهم از او خواهد غذاهای غلیظ و زیاد نخورد و در برابر مشکلات بردبار باشد...».
مرحوم آقانجفی از علمای متظاهر و عوام فریب تعبیر به دین فروشان و راهزنان کرده و معتقد است که نباید به آن ها چیزی آموخت که سلاح به دست دزد و دشمن دین دادن است.
مار بد تنها همی بر جان زند_یار بر برجان و بر ایمان زند
آقانجفی قوچانی بعد از چهار سال توقف در اصفهان در روز شانزدهم ماه رجب سال ۱۳۱۸ ق. یعنی در سن ۲۳ سالگی وارد نجف اشرف شد و در حوزه درس آخوند ملامحمد کاظم خراسانی حاضر شد. در نجف نزد آخوند و آقاسیدمحمدکاظم یزدی و شریعت اصفهانی، فقه و اصول و خارج را تلمذ کرد. وی شرح هدایه ملاصدرا را نیز نزد شیخ محمد باقر استهباناتی آموخت و در سن سی سالگی قوه استنباط احکام اسلامی را پیدا کرده و به مقام اجتهاد نایل شد. آقا نجفی در شب هیجدهم ماه مبارک رمضان سال ۱۳۲۵ ق. با دختر یک خانواده ایرانی مقیم کربلا ازدواج کرد و از او صاحب یک پسر و دو دختر شد که فرزند ذکورش در عراق فوت کرد. پس از بیست سال و پانزده روز توقف در نجف از قوچان خبر رسید که پدرش فوت کرده است. بنا به تقاضای مردم قوچان به قصد زیارت ارش اقدس و اقامت در قوچان روز سوم ماه مبارک سال ۱۳۳۸ ق. به همراه همسر و دو دخترش نجف را به قصد خراسان ترک کرده، در قوچان نشیمن گزید. وی متجاوز از ۲۵ سال در قوچان به ارشاد خلق و امور دینی مردم و حوزه علوم دینی قوچان اشتغال داشته است. او در دوران حیات خود عالمی جلیل و وارسته و با فضیلت بود. زهد و تقوای او زبانزد خاص و عام و در مواقع سختی پناهگاه محرومان و مستمندان بود. وی در مواقع بیکاری در باغچه مقابل منزل خود کار می کرد. و در نزد مردم قوچان احترام زیاد داشت. این عالم بزرگوار در شب جمعه ۲۶ ربیع الثانی سال ۱۳۶۳ ق. مطابق با نهم اردیبهشت سال ۱۳۲۳ ش. در سن ۶۸ سالگی در قوچان وفات یافت و او را در حسینیه خودش دفن کردند. مرقد او مورد توجه و اعتقاد اهالی قوچان است.
آثار و نوشته های آقا نجفی قوچانی به شرح زیر است:
۱- سیاحت شرق که به قلم آن مرحوم نگاشته شده درباره سوانح عمر و سرگذشت زندگی و سفرنامه او از ابتدای کودکی و گزارش تحصیلات او در شهرهای قوچان، مشهد، اصفهان و نجف است.
۲- شرح ترجمه رساله تفاحیه ارسطو، وسیله بابا افضل کاشانی، تاریخ کتابت سال ۱۳۵۴ ش.
۳- رساله عذر بدتر از گناه؛ ممزوجی از نثر عربی و فارسی درباره مشروطیت ایران، مکتوب به سال ۱۳۲۸ قمری.
۴- شرح کفایه الاصول، خطّی، ظاهراً نسخه ای از آن در کتابخانه آیت الله مرعشی نجفی در قم موجود است.
۵- شرح دعای صباح که در سال ۱۳۲۷ قمری در نجف نوشته شده است.
۶- سیاحت غرب، (در کیفیت عالم بزرخ و سیر ارواح بعد از مرگ) در سال ۱۳۱۲ ش. نوشته شده.
۷- تحقیق رسالات دیگری مانند حیاه الاسلام فی احوال آیت الله الملک الاعلام و کتابی در رجعت و مکاتباتی چند از او باقی مانده است.

نویسنده: مصطفی لعل شاطری