علامه طباطبایی زندگی پیچیده ای داشته است به نحوی که در دوران کودکی در سن پنج سالگی مادر دلسوز خود و چند سال بعد در سن نه سالگی پدر گرانقدر خود را از دست می دهد و از همان سنین خردسالی راهی مکتب می گردد و به کسب علوم دینی مشغول می گردد.

خود ایشان درباره ی دوران تحصیلش می نویسد:
«در اوایل تحصیل که به صرف و نحو اشتغال داشتم، علاقه زیادی به ادامه تحصیل نداشتم و از این رو هر چه می خواندم نمی فهمیدم و چهار سال به همین نحو گذراندم. پس از آن یک باره عنایت خدایی دامن گیرم شده عوضم کرد و در خود یک نوع شیفتگی و بیتابی نسبت به تحصیل کمال، حس نمودم. به طوری که از همان روز تا پایان ایام تحصیل که تقریباً هفده سال طول کشید، هرگز نسبت به تعلیم و تفکر درک خستگی و دلسردی نکردم و زشت و زیبای جهان را فراموش نموده و تلخ و شیرین حوادث در برابر می پنداشتم. بساط معاشرت غیر اهل علم را به کلی برچیدم. در خورد و خواب و لوازم دیگر زندگی، به حداقل ضروری قناعت نموده باقی را به مطالعه می پرداختم. بسیار می شد به ویژه در بهار و تابستان که شب را تا طلوع آفتاب با مطالعه می گذرانیدم و همیشه درس فردا را شب پیش مطالعه می کردم و اگر اشکالی پیش می آمد با هر خودکشی بود حل می نمودم و وقتی که به درس حضور می یافتم از آنچه استاد می گفت قبلا روشن بودم و هرگز اشکال و اشتباه درس را پیش استاد نبردم».

پس از پشت سر نهادن علوم مقدماتی علامه برای تکمیل علوم خود راهی نجف اشرف می گردد به نحوی که حمید احمدی جلفایی می نویسد:
سپس او به منظور تکمیل تحصیلات دینی خود، عازم نجف اشرف گردید و طی 11 سال اقامت در آن دیار مقدس و تحصیل علم و تهذیب نفس، از محضر اساتیدی همچون: آیت الله نائینی، ابوالحسن اصفهانی، سید ابوالقاسم خوانساری، سید حسین بادکوبه ای، محمد حسین غروی اصفهانی (کمپانی) و به ویژه میرزا علی آقا قاضی تبریزی، بهره مند گردید.
سپس به دلیل برخی مشکلات، در سال 1314 ش نجف اشرف را به قصد تبریز ترک نمود و در اواخر اسفند 1324 تبریز را به مقصد قم ترک کرد و تا آخر عمر خود در آن شهر، ماندگار شد.

زندگی در کوچه یخچال قاضی
علامه که پس از آن تا آخر عمر خود در قم ساکن گردید در آنجا زندگی بسیار ساده ای برای خود استوار نمود به نحوی که فرزند علامه طباطبایی در مورد روزهای ورود خود به قم می نویسد:
«هم زمان با آغاز سال 1325 وارد شهر قم شدیم... در ابتدا به منزل یکی از بستگان که ساکن قم و مشغول تحصیل علوم دینی بود وارد شدیم، ولی به زودی در کوچه یخچال قاضی در منزل یکی از روحانیان که هنوز هم در قید حیات است اتاق دو قسمتی، که با نصب پرده قابل تفکیک بود اجاره کردیم، این دو اتاق قریب بیست متر مربع بود.

طبقه زیر این اتاق ها انبار آب شرب منزل بود که، در صورت لزوم بایستی از درب آن به داخل خم شده و ظرف آب شرب را پر کنیم.
چون خانه فاقد آشپزخانه بود پخت و پز هم در داخل اتاق انجام می گرفت- در حالی که مادر ما به دو مطبخ (آشپزخانه) 24 متر مربعی و 35 مترمربعی عادت کرده بود که در میهمانی های بزرگ از آن ها به راحتی استفاده می کرد- پدر ما در شهر قم چند آشنای انگشت شمار داشت که یکی از آن ها مرحوم آیت الله حجت بود. اولین رفت و آمد مرحوم علامه به منزل آقای حجت بود و کم کم با اطرافیان ایشان دوستی برقرار و رفت و آمد آغاز شد.»

شهرت علامه
علامه که پس از چندی در قم شروع به تدریس نمود، همواره دارای شاگردانی بسیار مستعد بود به نحوی که حضور در کلاس های درس وی بدون اجازه ی خود ایشان برای هر فردی مقدور نبود. علامه علاوه بر تدریس دست به تالیف اثری گرانقدر به نام تفسیر المیزان نیز زد. این اثر که در 20 جلد و طی 20 سال و به زبان عربی تالیف شده است در آن از روش تفسیر قرآن به قرآن بهره برده شده است و علاوه بر تفسیر آیات و بحث های لغوی در بخش هایی جداگانه با توجه به موضوع آیات، مباحث تاریخی، کلامی، فلسفی و اجتماعی نیز نقل شده است.

شهرت و آوازه ی این عالم وارسته در دانش تفسیر، به قدری بلند است که نیازی به توصیف ندارد و چنانچه از شواهد برمی آید اکثر دانشمندان علوم اسلامی خوشه چین خرمن ایشان بوده و تفسیر شریف او المیزان از جمله تفاسیری است که همه ی اندیشمندان را به تعظیم واداشته است.

سرانجام این عالم بزرگوار پس از 81 سال عمر با برکت، در روز یکشنبه هجدهم محرم الحرام 1402 ق برابر با بیست و چهارم آبان ماه 1360 ش چشم از جهان فروبست و پس از تشییع و اقامه نماز توسط آیت الله سید محمدرضا گلپایگانی پیکرش در مسجد بالاسرِ حرم مطهر حضرت معصومه (ع) به خاک سپرده شد.

احترام من دلیل مخصوصی دارد!
با مروری کوتاه در زندگی شهید مطهری به ارادت وی به علامه طباطبایی آن هم بنا به دلایل مخصوص به خود پی می بریم. جلفایی در این باره می نویسد:
نقل شده است که یکی از فضلا به مرحوم استاد شهید مطهری گفته بود: این همه تجلیل شما از علامه طباطبایی و تعبیرِ «روحی فداه» (جانم فدایش باد) که به کار می برید، از برای چیست؟ ایشان فرموده بود:
من، فیلسوف و عارف، بسیار دیده ام، احترام مخصوص من به استاد، نه به خاطر این است که ایشان یک فیلسوف است؛ بلکه احترامم به این جهت است که او عاشق دلباخته اهل بیت است.
او در ماه رمضان، روزه خود را با بوسه بر ضریح مقدس حضرت معصومه (ع) افطار می کرد. ابتدا پیاده به حرم مطهر، مشرف می شد، ضریح مقدس را می بوسید، سپس به خانه می رفت و افطار می فرمود. به خاطر این ویژگی اوست که من، به شدت، شیفته ایشان هستم.

شب ها نمی توانم بخوابم!؟
علامه طباطبایی پس از رسیدن به چنین شهود و عرفانی گه گاه مکاشفاتی نیز در زندگی خود مشاهده می نمود به نحوی که وحیده احمدی می نویسد:
جناب آقای موسوی مطلق، گفته است: آیت الله شیخ محمدتقی انصاری همدانی که از شاگردان آیت الله شیخ محمد جواد انصاری همدانی بودند، به من فرمودند:
در حرم امام رضا (ع) به حضور علامه طباطبایی رسیدم و از ایشان خواستم: از آن چیزهایی که اهل بیت (ع) به شما عنایت فرموده اند، نکاتی را بیان فرمایید. ایشان از دادنِ جواب، امتناع کردند. بعد از این که دیدم ایشان جواب مرا نمی دهند، عرض کردم: شما را به امام رضا (ع) قسم می دهم، از عنایاتی که اهل بیت به شما مرحمت فرموده اند، چیزهایی را بگویید. وقتی این جمله را به ایشان گفتم، فرمودند: «اهل بیت (ع) چیزهای زیادی به بنده عنایت فرموده اند که دو تای آن ها را به شما می گویم، ولی راضی نیستم قبل از مرگ من، آن ها را به کسی بگویید:

اول این که: وقتی نماز می خوانم، در حال نماز، روحم در بالاست و جسم خود را که در حال نماز است مشاهده می کنم؛ و در حقیقت، روح از بدنم، جدا می شود.
دوم این که: مدتی است شب ها نمی توانم بخوابم؛ چون وقتی می خوابم، ذکر موجودات را می شنوم که به تسبیح خداوند، مشغول هستند و دیگر نمی توانم شب ها درست بخوابم!».